Locus 5255

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	13,710,166 – 13,710,274
Length	108
Max. P	0.740774

overview

Window 0

Location	13,710,166 – 13,710,274
Length	108
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.48
Mean single sequence MFE	-49.67
Consensus MFE	-33.34
Energy contribution	-34.48
Covariance contribution	1.14
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.23
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.45
SVM RNA-class probability	0.740774
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13710166 108 + 27905053
AAUGGGUGGGGAAUCUGCUGCCGCAAGAGCGGCCAGCUGCUGCAGUUGCUCCAGCUGCUCCAGCAACACCAACUGCUGGGCACCGCCAAC------CGGCAGAUAGUCGCAGUC
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>DroVir_CAF1 8761 108 + 1
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....(((((((...((((((((((....))))))..((((((.(((..........))).))))))........))))..)))))------))(((((((.....)))).))). ( -54.20)
>DroSim_CAF1 21743 108 + 1
AAUGGGUGGGGAAUCUGCUGCCGCCAGAGCGGCCAGCUGCUGCAGUUGCUCCAGCUGCUCCAGCAACACCAACUGCUGGGCACCGCCCAC------CGGCAGAUAGUCGCAGUC
..(((((((.......((((((((....)))).))))(((.(((((((...))))))).((((((........)))))))))))))))).------((((.....))))..... ( -49.10)
>DroEre_CAF1 20542 108 + 1
AAUGGGUGGGGAGUCUGCUGCUGCCAGAGCGGCCAGCUGCUGCAGUUGCUCCAGCUGCUCCAGCAACACCAACUGCUGGGCACCGCCCAC------CGGCAGAUAGUCGCAGUC
..((((((((((((((((.((((((.....)).))))....))))..)))))...(((.((((((........)))))))))))))))).------((((.....))))..... ( -50.20)
>DroYak_CAF1 28764 108 + 1
AAUGGGUGGAGAGUCUGCUGCCGCCAGAGCGGCCAGCUGCUGCAGUUGCUCCAGCUGCUCCAGCAACACCAACUGCUGGGCACCGCCCGC------CGGCAGAUAGUCGCAGUC
...((((((.......((((((((....)))).))))(((.(((((((...))))))).((((((........)))))))))))))))((------.(((.....))))).... ( -49.10)
>DroMoj_CAF1 10481 111 + 1
GUUGGGCGGCGAGUCGGCGGCAGCCAAGGCGGCUAGCUGCUGCAGUUGCUCGAGCUGCUCCAGCAGCAGGAGCUGAUGAGCCCCGCC---ACCACUGGAGAGAUAGUCGCAGUC
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>consensus
AAUGGGUGGGGAAUCUGCUGCCGCCAGAGCGGCCAGCUGCUGCAGUUGCUCCAGCUGCUCCAGCAACACCAACUGCUGGGCACCGCCCAC______CGGCAGAUAGUCGCAGUC
....(((((.......((((((((....))))).))).((.(((((((...))))))).((((((........)))))))).))))).........((((.....))))..... (-33.34 = -34.48 +   1.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	13,710,166 – 13,710,274
Length	108
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.48
Mean single sequence MFE	-49.95
Consensus MFE	-34.38
Energy contribution	-34.97
Covariance contribution	0.59
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.94
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.32
SVM RNA-class probability	0.685768
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13710166 108 - 27905053
GACUGCGACUAUCUGCCG------GUUGGCGGUGCCCAGCAGUUGGUGUUGCUGGAGCAGCUGGAGCAACUGCAGCAGCUGGCCGCUCUUGCGGCAGCAGAUUCCCCACCCAUU
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>DroVir_CAF1 8761 108 - 1
GACUGCGACUAUCUGUCGAGCGG------CGGCACACAGCAGCUAUUGCUGCUGGAGCAAUUGGAGCAGCUGCAGCAGUUGGCGGCUUUAGCCGCCGCCGAUUCGCCGCCCAAU
(.((.((((.....)))))))((------((((...(((((((....)))))))..(.((((((...(((((...)))))((((((....)))))).))))))))))))).... ( -54.00)
>DroSim_CAF1 21743 108 - 1
GACUGCGACUAUCUGCCG------GUGGGCGGUGCCCAGCAGUUGGUGUUGCUGGAGCAGCUGGAGCAACUGCAGCAGCUGGCCGCUCUGGCGGCAGCAGAUUCCCCACCCAUU
..((((......((((((------(..(((((((((((((((......))))))).))(((((..((....))..))))).)))))))))))))..)))).............. ( -48.10)
>DroEre_CAF1 20542 108 - 1
GACUGCGACUAUCUGCCG------GUGGGCGGUGCCCAGCAGUUGGUGUUGCUGGAGCAGCUGGAGCAACUGCAGCAGCUGGCCGCUCUGGCAGCAGCAGACUCCCCACCCAUU
..((((......((((((------(..(((((((((((((((......))))))).))(((((..((....))..))))).)))))))))))))..)))).............. ( -48.80)
>DroYak_CAF1 28764 108 - 1
GACUGCGACUAUCUGCCG------GCGGGCGGUGCCCAGCAGUUGGUGUUGCUGGAGCAGCUGGAGCAACUGCAGCAGCUGGCCGCUCUGGCGGCAGCAGACUCUCCACCCAUU
..(((((.....)(((((------.(((((((((((((((((......))))))).))(((((..((....))..))))).))))).))).))))))))).............. ( -50.80)
>DroMoj_CAF1 10481 111 - 1
GACUGCGACUAUCUCUCCAGUGGU---GGCGGGGCUCAUCAGCUCCUGCUGCUGGAGCAGCUCGAGCAACUGCAGCAGCUAGCCGCCUUGGCUGCCGCCGACUCGCCGCCCAAC
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>consensus
GACUGCGACUAUCUGCCG______GUGGGCGGUGCCCAGCAGUUGGUGUUGCUGGAGCAGCUGGAGCAACUGCAGCAGCUGGCCGCUCUGGCGGCAGCAGACUCCCCACCCAUU
..((((......(((((..........)))))...((((((((....))))))))..((((((..((....))..))))))(((((....))))).)))).............. (-34.38 = -34.97 +   0.59)

alignment

secondary structure

dotplot

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