Locus 5250

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 13,697,412 – 13,697,554
Length 142
Max. P 0.905035
window8572 window8573

overview

Window 2

Location 13,697,412 – 13,697,532
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.58
Mean single sequence MFE -29.92
Consensus MFE -27.22
Energy contribution -26.46
Covariance contribution -0.76
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.43
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 1.04
SVM RNA-class probability 0.905035
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13697412 120 - 27905053
GUAGGAUGAGGUCAAAAGUCUUGUGCGUGUGAGAUAUGUAUGGGGUGUGGAUAGUAUUCAUUCGUAUCAUACAUUAGAUAGUAUUCAUAUUGUCGCUUUGUUACAUUACAUUUUACAUUC
((((((((..((..(((((((..(((((((...)))))))..))(((((((((.((((.....(((...)))....)))).)))))))))....)))))...))....)))))))).... ( -27.60)
>DroSec_CAF1 7233 120 - 1
GUGGGAUGAGGUCAAAAGUCUUGUGCGUGUGAGAUAUGUAUGGGGCGUGGCUAGUAUUCAUUCGUAUCAUACAUUAGAUAGUAUUCAUAUUGUCGCUUUGUUACAUUACAUUUUACAUUC
((((((((.(((((...((((..(((((((...)))))))..)))).)))))...........(((.((.......(((((((....)))))))....)).)))....)))))))).... ( -32.40)
>DroSim_CAF1 7303 120 - 1
AUGGGAUGAGGUCAAAAGUCUUGUGCGUGUGAGAUAUGUAUGGGGCGUGGAUAGUAUUCAUUCGUAUCAUACAUUAGAUAGUAUUCAUAUUGUCGCUUUGUUACAUUACAUUUUACAUUC
...(((((..(((....((((..(((((((...)))))))..))))...)))..)))))....(((....(((...(((((((....)))))))....))).....)))........... ( -28.60)
>DroEre_CAF1 7584 120 - 1
CAGGGAUGAGGUCAAAAGUCUUGUGCGUGUGAGAUAUGUAUGGGGCGUGGAUAGUAUUCAUUCGUAUCAUACAUUAGAUAAUGUUCAUAUUGUCGCUUUGUUACAUUACAUUUUACAUUC
...(((((..(((....((((..(((((((...)))))))..))))...)))..)))))....(((....(((...(((((((....)))))))....))).....)))........... ( -28.30)
>DroYak_CAF1 7915 120 - 1
GAGGGACGAGGUCGAAAGUCUUGUGCGUGUAAGAUAUGUAUGGGGCGUGGAUAGUAUUCAAUCGUAUCAUACAUUAGAUAAUGUUCAUAUUGUCGCUUUGUUACAUUACAUUUUACAUUC
...(.((((((.(....))))))).)((((((((((((((((..(((..((......))...)))..)))))))..(((((((....)))))))...............))))))))).. ( -32.70)
>consensus
GUGGGAUGAGGUCAAAAGUCUUGUGCGUGUGAGAUAUGUAUGGGGCGUGGAUAGUAUUCAUUCGUAUCAUACAUUAGAUAGUAUUCAUAUUGUCGCUUUGUUACAUUACAUUUUACAUUC
...(.((((((.(....))))))).)(((((((((((((((((..((..((......))...))..))))))))..(((((((....)))))))...............))))))))).. (-27.22 = -26.46 +  -0.76)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 13,697,452 – 13,697,554
Length 102
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.33
Mean single sequence MFE -27.80
Consensus MFE -18.73
Energy contribution -19.17
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.83
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.661163
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13697452 102 - 27905053
AAAUCAAAUAUAAGCGGGUGC------------------AGUAGGAUGAGGUCAAAAGUCUUGUGCGUGUGAGAUAUGUAUGGGGUGUGGAUAGUAUUCAUUCGUAUCAUACAUUAGAUA
................(((((------------------(((.(((((..(((....((((..(((((((...)))))))..))))...)))..)))))))).)))))............ ( -21.00)
>DroSec_CAF1 7273 102 - 1
AAAUCAAAAGUAAGCGGGUGC------------------AGUGGGAUGAGGUCAAAAGUCUUGUGCGUGUGAGAUAUGUAUGGGGCGUGGCUAGUAUUCAUUCGUAUCAUACAUUAGAUA
..(((.((.(((....(((((------------------((((((((..(((((...((((..(((((((...)))))))..)))).))))).)).)))))).))))).))).)).))). ( -28.60)
>DroSim_CAF1 7343 102 - 1
AAAUCAAAAGCAAGCGGGUGC------------------AAUGGGAUGAGGUCAAAAGUCUUGUGCGUGUGAGAUAUGUAUGGGGCGUGGAUAGUAUUCAUUCGUAUCAUACAUUAGAUA
................(((((------------------....(((((..(((....((((..(((((((...)))))))..))))...)))..)))))....)))))............ ( -25.70)
>DroEre_CAF1 7624 117 - 1
AAA-C--AAGUAAGCGGGUGUAUUGCGUGUACUGGGUGCACAGGGAUGAGGUCAAAAGUCUUGUGCGUGUGAGAUAUGUAUGGGGCGUGGAUAGUAUUCAUUCGUAUCAUACAUUAGAUA
...-.--.......(..(((((((((((((((...))))))..(((((..(((....((((..(((((((...)))))))..))))...)))..)))))....)))..))))))..)... ( -33.30)
>DroYak_CAF1 7955 114 - 1
AAU-C--AAGUAAGCGGGUGUAUUGGGUGC---GGGUGCUGAGGGACGAGGUCGAAAGUCUUGUGCGUGUAAGAUAUGUAUGGGGCGUGGAUAGUAUUCAAUCGUAUCAUACAUUAGAUA
...-.--.......(..((((((..(((((---((....((((..((...(((.(..((((..(((((((...)))))))..)))).).))).)).)))).)))))))))))))..)... ( -30.40)
>consensus
AAAUCAAAAGUAAGCGGGUGC__________________AGUGGGAUGAGGUCAAAAGUCUUGUGCGUGUGAGAUAUGUAUGGGGCGUGGAUAGUAUUCAUUCGUAUCAUACAUUAGAUA
.............(((((((........................((((..(((....((((..(((((((...)))))))..))))...)))..)))))))))))............... (-18.73 = -19.17 +   0.44)

alignment

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secondary structure

Postscript

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