Locus 5246

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 13,695,999 – 13,696,239
Length 240
Max. P 0.999636
window8564 window8565 window8566 window8567

overview

Window 4

Location 13,695,999 – 13,696,119
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.00
Mean single sequence MFE -51.04
Consensus MFE -47.06
Energy contribution -47.58
Covariance contribution 0.52
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.78
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 2.22
SVM RNA-class probability 0.990618
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13695999 120 + 27905053
GUUCUGUGCCGGAGCAGAAGUUCGACUAUACGGCUCACUGCAGCACAAUGCCACUGCCGGUGGGCUGUCACAGCCAGCAACUCGCCGGGAGCGGUAAUGGCUAUGCCUCCACCUCGGCAA
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>DroSec_CAF1 5827 120 + 1
GUUCGGUGCCGGAGCAGAAGUUCGACUAUACGGCUCACUGCAGCACAAUGCCACUGCCGGUGGGCUGUCACAGCCAGCAGCUCGCCGGGAGCGGUAAUGGUUAUGCCUCGACCUCGGCAA
......(((((..(..((.((..((((((((.((((...(((......))).....((((((((((((........)))))))))))))))).)).))))))..)).))..)..))))). ( -54.00)
>DroSim_CAF1 5894 120 + 1
GUUCGGUGCCGGAGCAGAAGUUCGACUAUACGGCUCACUGCAGCACAAUGCCACUGCCGGUGGGCUGUCACAGCCAGCAGCUCGCCGGGAGCGGUAAUGGUUAUGCCUCGACCUCGGCCA
.....(.((((..(..((.((..((((((((.((((...(((......))).....((((((((((((........)))))))))))))))).)).))))))..)).))..)..))))). ( -52.60)
>DroEre_CAF1 6169 120 + 1
GUUCGGUUCCGGAGCAGAAGUUCGACUACACGGCUCACUGCAGCACGAUGCCACUGCCGGUGGGCUGUCACAGCCAGCAGCUCGCCGGGAGCGGUAAUGGCUACGCCUCCACCUCGGCAA
.((((....))))((((.(((.((......)))))..))))(((.((.((((.((.((((((((((((........)))))))))))).)).)))).)))))..(((........))).. ( -51.20)
>DroYak_CAF1 6532 120 + 1
GUUCGGUUCCGGAGCAGAAGUUCGACUAUACGGCUCACUGCAGCACGAUGCCACUGCCGGUGGGCUGUCACAGCCAGCAGCUCGCCGGGAGCGGUAAUGGCUAUGCCUCCACCUCGACAA
(((.(((...(((((((.(((.((......)))))..))))(((.((.((((.((.((((((((((((........)))))))))))).)).)))).))))).....))))))..))).. ( -49.50)
>consensus
GUUCGGUGCCGGAGCAGAAGUUCGACUAUACGGCUCACUGCAGCACAAUGCCACUGCCGGUGGGCUGUCACAGCCAGCAGCUCGCCGGGAGCGGUAAUGGCUAUGCCUCCACCUCGGCAA
......((((((.((((.(((.((......)))))..))))(((.((.((((.((.((((((((((((........)))))))))))).)).)))).)))))...........)))))). (-47.06 = -47.58 +   0.52)

alignment

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secondary structure

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Window 5

Location 13,696,039 – 13,696,159
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.17
Mean single sequence MFE -58.10
Consensus MFE -49.80
Energy contribution -50.40
Covariance contribution 0.60
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -3.07
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 3.82
SVM RNA-class probability 0.999636
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13696039 120 + 27905053
CAGCACAAUGCCACUGCCGGUGGGCUGUCACAGCCAGCAACUCGCCGGGAGCGGUAAUGGCUAUGCCUCCACCUCGGCAAUGACCAGUUCCAUGGGCGGUGGCGGUAUGCCACCACUGCC
..(((....(((((((((.(((((((((((.(((((...((.(((.....)))))..))))).((((........)))).))).))).))))).)))))))))(((.....)))..))). ( -54.80)
>DroSec_CAF1 5867 120 + 1
CAGCACAAUGCCACUGCCGGUGGGCUGUCACAGCCAGCAGCUCGCCGGGAGCGGUAAUGGUUAUGCCUCGACCUCGGCAAUGACCAGUUCCAUGGGCGGUGGCGGUAUGCCACCACUGCC
.(((....((((.((.((((((((((((........)))))))))))).)).)))).((((((((((........))).)))))))))).....((((((((.((....)).)))))))) ( -62.90)
>DroSim_CAF1 5934 120 + 1
CAGCACAAUGCCACUGCCGGUGGGCUGUCACAGCCAGCAGCUCGCCGGGAGCGGUAAUGGUUAUGCCUCGACCUCGGCCAUGACCAGUUCCAUGGGCGGUGGCGGUAUGCCACCACUGCC
.(((....((((.((.((((((((((((........)))))))))))).)).)))).((((((((((........)).))))))))))).....((((((((.((....)).)))))))) ( -62.90)
>DroEre_CAF1 6209 120 + 1
CAGCACGAUGCCACUGCCGGUGGGCUGUCACAGCCAGCAGCUCGCCGGGAGCGGUAAUGGCUACGCCUCCACCUCGGCAAUGACCAGUUCCAUGGGUGGUGGCGGUAUGCCACCACUGCC
..(((...((((.((.((((((((((((........)))))))))))).)).)))).((((..((((.((((((.((.(((.....)))))..)))))).))))....))))....))). ( -60.80)
>DroYak_CAF1 6572 111 + 1
CAGCACGAUGCCACUGCCGGUGGGCUGUCACAGCCAGCAGCUCGCCGGGAGCGGUAAUGGCUAUGCCUCCACCUCGACAAUGACCAGUUCCAUGGCCGGCGGCGGUAUG---------CC
.(((.((.((((.((.((((((((((((........)))))))))))).)).)))).)))))(((((.((.((((......))(((......)))..)).)).))))).---------.. ( -49.10)
>consensus
CAGCACAAUGCCACUGCCGGUGGGCUGUCACAGCCAGCAGCUCGCCGGGAGCGGUAAUGGCUAUGCCUCCACCUCGGCAAUGACCAGUUCCAUGGGCGGUGGCGGUAUGCCACCACUGCC
..(((...((((((((((((((((((((........)))))))))).((((((((...(((...)))...)))..((......)).)))))...))))))))))...))).......... (-49.80 = -50.40 +   0.60)

alignment

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secondary structure

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Window 6

Location 13,696,039 – 13,696,159
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.17
Mean single sequence MFE -53.22
Consensus MFE -45.50
Energy contribution -47.06
Covariance contribution 1.56
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.26
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.584863
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13696039 120 - 27905053
GGCAGUGGUGGCAUACCGCCACCGCCCAUGGAACUGGUCAUUGCCGAGGUGGAGGCAUAGCCAUUACCGCUCCCGGCGAGUUGCUGGCUGUGACAGCCCACCGGCAGUGGCAUUGUGCUG
(((.(((((((....))))))).)))...((.((..((((((((((..(.((..(((((((((..(((((.....))).))...)))))))).)..)))..))))))))))...)).)). ( -60.00)
>DroSec_CAF1 5867 120 - 1
GGCAGUGGUGGCAUACCGCCACCGCCCAUGGAACUGGUCAUUGCCGAGGUCGAGGCAUAACCAUUACCGCUCCCGGCGAGCUGCUGGCUGUGACAGCCCACCGGCAGUGGCAUUGUGCUG
((((((((((((.....))))))))..(((....((((...((((........))))..))))...(((((.((((.(.(((((.......).)))).).)))).))))))))..)))). ( -50.50)
>DroSim_CAF1 5934 120 - 1
GGCAGUGGUGGCAUACCGCCACCGCCCAUGGAACUGGUCAUGGCCGAGGUCGAGGCAUAACCAUUACCGCUCCCGGCGAGCUGCUGGCUGUGACAGCCCACCGGCAGUGGCAUUGUGCUG
(((.((((((((.....)))))))).(((((......))))))))........(((((((......(((((.((((.(.(((((.......).)))).).)))).)))))..))))))). ( -50.90)
>DroEre_CAF1 6209 120 - 1
GGCAGUGGUGGCAUACCGCCACCACCCAUGGAACUGGUCAUUGCCGAGGUGGAGGCGUAGCCAUUACCGCUCCCGGCGAGCUGCUGGCUGUGACAGCCCACCGGCAGUGGCAUCGUGCUG
((((((((((((.....))))))))...........(((((((((..(((((.(((...))).....(((..(((((.....)))))..))).....))))))))))))))....)))). ( -56.30)
>DroYak_CAF1 6572 111 - 1
GG---------CAUACCGCCGCCGGCCAUGGAACUGGUCAUUGUCGAGGUGGAGGCAUAGCCAUUACCGCUCCCGGCGAGCUGCUGGCUGUGACAGCCCACCGGCAGUGGCAUCGUGCUG
((---------(((.((((.((((((((......)))))........(((((..(((((((((...(.((((.....)))).).)))))))).)...)))))))).))))....))))). ( -48.40)
>consensus
GGCAGUGGUGGCAUACCGCCACCGCCCAUGGAACUGGUCAUUGCCGAGGUGGAGGCAUAGCCAUUACCGCUCCCGGCGAGCUGCUGGCUGUGACAGCCCACCGGCAGUGGCAUUGUGCUG
((..((((((((.....))))))))))..((.((..((((((((((.(((((.((.....)).)))))((((.....))))....(((((...)))))...))))))))))...)).)). (-45.50 = -47.06 +   1.56)

alignment

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Window 7

Location 13,696,119 – 13,696,239
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.92
Mean single sequence MFE -48.86
Consensus MFE -38.38
Energy contribution -39.86
Covariance contribution 1.48
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.67
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.710122
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13696119 120 - 27905053
CACUAACAUUUCCCAGGGCCACUGAUGCAUUGGCGUAGUGCAUACUGUUGGGCGUCAUGAAGCUGGAGACCUGCGAUGGCGGCAGUGGUGGCAUACCGCCACCGCCCAUGGAACUGGUCA
............((((..(((...((((((((...)))))))).....((((((((((...((.(....)..)).)))))......((((((.....))))))))))))))..))))... ( -48.00)
>DroSec_CAF1 5947 120 - 1
CACUACCAUUUCCGAGGGCCACUGAGGCAUUGGCGUAAUGCAUGCUGUUGGGCGUCAUGAAGCUGGAGACCUGCGAUGGCGGCAGUGGUGGCAUACCGCCACCGCCCAUGGAACUGGUCA
....((((.(((((.((((.((((.(.(((((((...(((.(((((....))))))))...)).(....)...))))).)..))))((((((.....)))))))))).))))).)))).. ( -51.90)
>DroSim_CAF1 6014 120 - 1
CACUACCAUUUCCCAGGGCCACUGAGGCAUUGGCGUAGUGCAUGCUGUUGGGCGUCAUGAAGCUGGAGACCUGCGAUGGCGGCAGUGGUGGCAUACCGCCACCGCCCAUGGAACUGGUCA
....((((.((((....((((.((((((.(..((...(((.(((((....))))))))...))..).).))).)).))))(((.(((((((....))))))).)))...)))).)))).. ( -50.40)
>DroEre_CAF1 6289 120 - 1
CACUUCCAUUUCCCAGGGCCACCGAGGCAUUGGCGUAGUGCAUACUGUUGGGCGUCAUGAAGCUGGAGACCUGCGAUGGCGGCAGUGGUGGCAUACCGCCACCACCCAUGGAACUGGUCA
.....(((.((((..(((((.((((.((.(..(((((.....))).))..))).)).....((.(....)..))...)).))).((((((((.....))))))))))..)))).)))... ( -48.00)
>DroYak_CAF1 6652 111 - 1
CACUACCAUUUCCAAGGGCCACUGAGGCAUUGGCGUAGUGCAUACUGUUGGGCGUCAUGAAGCUGGAGACCUGUGAUGGCGG---------CAUACCGCCGCCGGCCAUGGAACUGGUCA
....((((.(((((..((((.((..(((..((((((...((.....))...))))))....)))..)).........(((((---------(.....)))))))))).))))).)))).. ( -46.00)
>consensus
CACUACCAUUUCCCAGGGCCACUGAGGCAUUGGCGUAGUGCAUACUGUUGGGCGUCAUGAAGCUGGAGACCUGCGAUGGCGGCAGUGGUGGCAUACCGCCACCGCCCAUGGAACUGGUCA
....((((.((((..(((((......((.(..(((((.....))).))..)))(((((...((.(....)..)).)))))))).((((((((.....))))))))))..)))).)))).. (-38.38 = -39.86 +   1.48)

alignment

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