Locus 5206

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 13,634,542 – 13,634,662
Length 120
Max. P 0.593398
window8494

overview

Window 4

Location 13,634,542 – 13,634,662
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.39
Mean single sequence MFE -46.85
Consensus MFE -26.36
Energy contribution -27.70
Covariance contribution 1.34
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.12
SVM RNA-class probability 0.593398
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13634542 120 + 27905053
CGAGGAGAUCCUCUGGUGGAGAUUUGCGUGCGUCUCCAGGCAUCGCUGCCUGAAGGCUACGGCUUGGGUCAGGUCCAGGAGACAACAAGCGCAUAUGUGCUGGGGCAGCAUAUUCUCUAA
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>DroSec_CAF1 12953 120 + 1
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>DroSim_CAF1 13063 120 + 1
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>DroEre_CAF1 14759 120 + 1
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>DroYak_CAF1 14906 120 + 1
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>DroAna_CAF1 9970 118 + 1
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>consensus
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alignment

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secondary structure

Postscript

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