Locus 5184

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 13,580,708 – 13,580,828
Length 120
Max. P 0.934852
window8465

overview

Window 5

Location 13,580,708 – 13,580,828
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.78
Mean single sequence MFE -48.90
Consensus MFE -26.79
Energy contribution -27.49
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -3.09
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 1.24
SVM RNA-class probability 0.934852
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13580708 120 + 27905053
GGGGGGACAGGUGAUGGCCAACGCGAGCAGCCAGACGAUUAGGAUCAUGAUGAGGGCCAAUCGUUUGGAGCGCCGUUUACGGGAGUACGUGAGCGGUCUGGUCACGGCCAAAUAUCUGUC
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>DroPse_CAF1 34814 120 + 1
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>DroGri_CAF1 11688 120 + 1
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>DroWil_CAF1 24161 120 + 1
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>DroAna_CAF1 19715 120 + 1
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>DroPer_CAF1 35988 120 + 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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