| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 13,573,307 – 13,573,420 |
| Length | 113 |
| Max. P | 0.668783 |
| Location | 13,573,307 – 13,573,420 |
|---|---|
| Length | 113 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 81.79 |
| Mean single sequence MFE | -31.93 |
| Consensus MFE | -18.93 |
| Energy contribution | -19.85 |
| Covariance contribution | 0.92 |
| Combinations/Pair | 1.30 |
| Mean z-score | -2.20 |
| Structure conservation index | 0.59 |
| SVM decision value | 0.29 |
| SVM RNA-class probability | 0.668783 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 13573307 113 - 27905053 CAUGUGUUGCAGAUAGCACGUAC---CAUCGUC----AUUUUGAACGAGAAGACGUGUUCGGAAAAUUGCACAUAAAACUUUUGUGUGACAAUUUAUAGCCGAAUGGUGAAAACCAACGC ...(((((.......((((((..---..(((((----.....).))))....))))))((((.(((((((((((((.....))))))).))))))....))))..(((....)))))))) ( -34.20) >DroSec_CAF1 15176 113 - 1 CAUGUGCUGCAGAUAGCACGUAC---CAUCGUC----AUUUUAAACGAGAAGACGUGUUCGGAAAAUUGCACAUAAAACUUUUGUGUGACAAUUUAUAGCCGAAUGGCGAAAACCACCGC .((((((((....))))))))..---..(((((----.......(((......)))((((((.(((((((((((((.....))))))).))))))....))))))))))).......... ( -33.70) >DroSim_CAF1 14324 113 - 1 CAUGUCUUGCAGAUAGCACGUAC---CAUCGUC----AUUUUGAACGAGAAGACGUGUUCGGAAAAUUGCACAUAAAACUUUUGUGUGACAAUUUAUAGCCGAAUGGCGAAAACCACCGC ......((((.....((((((..---..(((((----.....).))))....))))))((((.(((((((((((((.....))))))).))))))....))))...)))).......... ( -30.80) >DroEre_CAF1 13838 112 - 1 CAUGUGCUGCAGAUAGCACGUAC---UACCGUC----AUUUUGAACGGGAAGACGUGCUCCCAAAAUUGCACAUAAAACUU-UGUGCGACAAUUUAUAGCCGAAUGGCGAAAACCACCGC (((..((((.(((((((((((..---..(((((----.....).))))....))))))).......(((((((........-)))))))..)))).))))...)))(((........))) ( -32.40) >DroYak_CAF1 13793 113 - 1 CAUGUGCUGCAGAUAGCACGUAC---UACCGUC----AUUUUGAACGAGGAGACGUGUUCAGAAAAUUGCACAUAAAACUUUUGCGUGACAAUUUAUAGCCGGAUGGCGAAAACCGCCGC .((((((((....))))))))..---..(((.(----..((((((((.(....).))))))))(((((((((.(((.....))).))).))))))...).)))..((((.....)))).. ( -35.40) >DroAna_CAF1 12271 117 - 1 UGGGUGUAAGCCAC-ACACAUACACCUUGCGUCUUAUGUCUUGAGGAGAAAUACGUGUUCAGGAAAUUGUUCAUAAAACUUUUGUGUGACAAUUUAUAGCUCAAUAAGUAAAGCAGCU-- .(((((((.(....-...).)))))))(((..(((((.(((((((.(........).)))))))((((((((((((.....))))).))))))).........)))))....)))...-- ( -25.10) >consensus CAUGUGCUGCAGAUAGCACGUAC___CAUCGUC____AUUUUGAACGAGAAGACGUGUUCGGAAAAUUGCACAUAAAACUUUUGUGUGACAAUUUAUAGCCGAAUGGCGAAAACCACCGC .((((((((....))))))))..................((((((((.(....).))))))))(((((((((((((.....))))))).))))))...(((....)))............ (-18.93 = -19.85 + 0.92)
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