Locus 5165

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 13,557,837 – 13,557,957
Length 120
Max. P 0.959751
window8440

overview

Window 0

Location 13,557,837 – 13,557,957
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.61
Mean single sequence MFE -38.52
Consensus MFE -22.82
Energy contribution -24.05
Covariance contribution 1.23
Combinations/Pair 1.47
Mean z-score -2.33
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 1.51
SVM RNA-class probability 0.959751
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13557837 120 + 27905053
UUCCGAUGGAAAAUCGCGAUGUGUACGACACCAUUUACCUGAUUGCCAUUCUGGGCUCCAACGGAGUGGCCUUCUCCAUCAUAGCCGUCUGCUAUGCCCAGAUCUAUUUGUCCUUGGGUC
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>DroVir_CAF1 7724 120 + 1
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>DroEre_CAF1 24380 120 + 1
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>DroWil_CAF1 29616 120 + 1
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>DroYak_CAF1 11149 120 + 1
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>DroAna_CAF1 10273 120 + 1
UGCCGAUGGAAGUUCGUGAUACAUUCGACACUGUGUAUCUGAUUGGAAUUCUGGGGUGCAACGGAGUGGCCUUCUUCAUCAUCGCCGUGUGCUAUGCCAAAAUUUAUUUUUCCUUGGGUC
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>consensus
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alignment

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Postscript

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