Locus 5137

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	13,520,790 – 13,520,889
Length	99
Max. P	0.859328

overview

Window 2

Location	13,520,790 – 13,520,889
Length	99
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.86
Mean single sequence MFE	-47.53
Consensus MFE	-39.99
Energy contribution	-40.62
Covariance contribution	0.63
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.99
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	0.71
SVM RNA-class probability	0.830489
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13520790 99 + 27905053
CUGUUGGUGUUGGCCGGCCGCCUGUUGGGCUGCGGUGUGCGGUGAGUGUGGGGGCGGUGGAUGUGGUUGUGGGCCACCGCCUACAGCACCAACAGCU------CC
(((((((((((((((((((((..(.....).)))))...))))........(((((((((.............))))))))).))))))))))))..------.. ( -49.02)
>DroSec_CAF1 5411 99 + 1
CUGUUGGUGUUGGCCGGACGCCUGUUGGGCUGCUGUGUGCGGUGAGUGAGGGGGCGGUGGAUGUGGUUGUGGGCCACCGCCUACAGCACCAACAGCU------CC
((((((((((((((((.((((..((......)).)))).))))........(((((((((.............))))))))).))))))))))))..------.. ( -49.52)
>DroSim_CAF1 4581 99 + 1
CUGUUGGUGUUGGCCGGCCGCCUGUUGGGCUGCUGUGUGCGGUGAGUGUGGGGGCGGUGGAUGUGGUUGUGGGCCACCGCCUACAGCACCAACAGCU------CC
((((((((((((((((((.(((.....))).)))).)).............(((((((((.............))))))))).))))))))))))..------.. ( -49.02)
>DroEre_CAF1 5375 105 + 1
CUGUUGGUGUUGGCCGGCCGCCUGUUGGACUGCGGUGUGCGGUGAGUGUGGGGGCGGUGGAUGUGGUUGCGGGCCACCGCCUACAGCACCAACAGCUCCAGCUCC
((((((((((((((((..((((.((......))))))..))))........(((((((((.(((....)))..))))))))).)))))))))))).......... ( -52.30)
>DroYak_CAF1 4650 93 + 1
CUGUUGGUGUUGGCCGGCCGCCUGUUGGGCUGCGGUGUGCGGUGAGUGUGGGGGCGGUGGAUGUG------GGCCACCGCCUACAGCACCAACAGCU------CC
(((((((((((((((((((((..(.....).)))))...))))........(((((((((.....------..))))))))).))))))))))))..------.. ( -49.90)
>DroAna_CAF1 18488 81 + 1
UUGUUGUUGCUG---------CUGU---GGCGGUGCGUGCGGUGAAUG---GGGCGGUGGUGGUGGUU---GGCCCCCGCCGACAGCAGAAACAGCC------CC
..((((((.(((---------((((---((((((....)).......(---((((.(..........)---.))))))))).))))))).)))))).------.. ( -35.40)
>consensus
CUGUUGGUGUUGGCCGGCCGCCUGUUGGGCUGCGGUGUGCGGUGAGUGUGGGGGCGGUGGAUGUGGUUGUGGGCCACCGCCUACAGCACCAACAGCU______CC
((((((((((((.(((((.....)))))(((((.....)))))........(((((((((.............))))))))).)))))))))))).......... (-39.99 = -40.62 +   0.63)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	13,520,790 – 13,520,889
Length	99
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.86
Mean single sequence MFE	-37.27
Consensus MFE	-29.07
Energy contribution	-29.99
Covariance contribution	0.92
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.60
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.82
SVM RNA-class probability	0.859328
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13520790 99 - 27905053
GG------AGCUGUUGGUGCUGUAGGCGGUGGCCCACAACCACAUCCACCGCCCCCACACUCACCGCACACCGCAGCCCAACAGGCGGCCGGCCAACACCAACAG
..------..(((((((((.((..((((((((.............))))))))..)).............((((.(((.....))).).)))....))))))))) ( -37.32)
>DroSec_CAF1 5411 99 - 1
GG------AGCUGUUGGUGCUGUAGGCGGUGGCCCACAACCACAUCCACCGCCCCCUCACUCACCGCACACAGCAGCCCAACAGGCGUCCGGCCAACACCAACAG
((------.(((((((((((.((.((((((((.............)))))))).........)).)))).)))))))))....(((.....)))........... ( -38.42)
>DroSim_CAF1 4581 99 - 1
GG------AGCUGUUGGUGCUGUAGGCGGUGGCCCACAACCACAUCCACCGCCCCCACACUCACCGCACACAGCAGCCCAACAGGCGGCCGGCCAACACCAACAG
((------.(((((((((((((..((((((((.............))))))))..))........)))).)))))))))....(((.....)))........... ( -39.72)
>DroEre_CAF1 5375 105 - 1
GGAGCUGGAGCUGUUGGUGCUGUAGGCGGUGGCCCGCAACCACAUCCACCGCCCCCACACUCACCGCACACCGCAGUCCAACAGGCGGCCGGCCAACACCAACAG
.(.(((((.((.((.((((.((..((((((((.............))))))))..)))))).)).))...((((..........))))))))))........... ( -39.02)
>DroYak_CAF1 4650 93 - 1
GG------AGCUGUUGGUGCUGUAGGCGGUGGCC------CACAUCCACCGCCCCCACACUCACCGCACACCGCAGCCCAACAGGCGGCCGGCCAACACCAACAG
..------..(((((((((.((..((((((((..------.....))))))))..)).............((((.(((.....))).).)))....))))))))) ( -38.20)
>DroAna_CAF1 18488 81 - 1
GG------GGCUGUUUCUGCUGUCGGCGGGGGCC---AACCACCACCACCGCCC---CAUUCACCGCACGCACCGCC---ACAG---------CAGCAACAACAA
..------.(.((((.(((((((.(((((((((.---.............))))---).......(....)..))))---))))---------))).)))).).. ( -30.94)
>consensus
GG______AGCUGUUGGUGCUGUAGGCGGUGGCCCACAACCACAUCCACCGCCCCCACACUCACCGCACACAGCAGCCCAACAGGCGGCCGGCCAACACCAACAG
..........(((((((((.(((.((((((((.............))))))))............((.....))......)))(((.....)))..))))))))) (-29.07 = -29.99 +   0.92)

alignment

secondary structure

dotplot

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