Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,516,733 – 13,516,853 |
Length | 120 |
Max. P | 0.683433 |
Location | 13,516,733 – 13,516,853 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.06 |
Mean single sequence MFE | -44.88 |
Consensus MFE | -26.18 |
Energy contribution | -27.02 |
Covariance contribution | 0.84 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.89 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 0.31 |
SVM RNA-class probability | 0.683433 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 13516733 120 + 27905053 CUGUCCAUGAGCACUCGGGCAUACGGCCCAGUGCAGCAGGCCGUCGAUCAAGGGGCGGGCAAUUAGCUCAUCGUAGCGCGACAGCUCCAAGUGUCCAGCAAUGUUGGCCAUGGCAACAAG .((.((((..(((((.((((.....)))))))))....(((((.((.....(((((((((.....)))).(((.....)))..)))))..((.....))..)).)))))))))))..... ( -45.60) >DroVir_CAF1 5056 120 + 1 UUGGCCAUGCGCACUGGGACACACCGCCCAGUGUAGUAAUCCGUCAAUAAGCGGACGCGCAAUUAAUUCAUCAUAACGAGAAAGUUCCAAAUGCCCAGCUAUAUUAGCCAUGGCCACGAG .((((((((.((((((((........))))))(((((..(((((......))))).(.(((.((((((..((.....))...))))..)).))).).)))))....)))))))))).... ( -37.30) >DroGri_CAF1 3607 120 + 1 CUGGCCGUGCGCACUGGGACAGACCGCCCAGUGGAGCAGGCCAUCGAUGAGUGGACGGGCAAUCAAUUCAUCGUAGCGUGACAGCUCUAAAUGUCCAGCGAUAUUCGCCAUGGCCACCAG .(((((((((.(((((((........)))))))..)).(((...((((((((.((.......)).))))))))..((..((((........))))..)).......)))))))))).... ( -45.90) >DroWil_CAF1 8146 120 + 1 UUGGCCAUGGGCGCUGGGACAGACAGCCCAAUGGAGCAGACCAUCGAUCAAGGGUCGCGCUAUCAAUUCAUCAUAUCGUGACAGCUCCAGAUGGCCAGCUAUAUUGGCCAUGGCCACCAG .(((((.(((((.(((...)))...))))).((((((...((.........))((((((.(((.........))).)))))).)))))).((((((((.....))))))))))))).... ( -49.70) >DroMoj_CAF1 4896 120 + 1 CUGGCCAUGCGCACUGGGGCACACAGCCCAGUGCAGCAAUCCAUCGAUUAGCGGGCGUGCAAUUAGCUCAUCAUAGCGGGAGAGCUCCAGAUGUCCGGCUAUGUUUGCCAUUGCCACGAG ...(((.(((((((((((........))))))))...((((....)))).))))))(((((((..((....((((((.(((.(........).))).))))))...)).)))).)))... ( -47.10) >DroAna_CAF1 14384 120 + 1 CUGGCCGUGGGCACUGGGACACACCGCCCAAUGCAGUAGUCCAUCGAUAAGCGGACGUGCAAUGAGUUCAUCGUAGCGUGACAGCUCCAAGUGCCCAGCUAUGUUAGCCAUGGCCACUAA .((((((((((((((((..(.(((.((....((((...((((..........)))).))))((((.....)))).)))))...)..)).))))))).((((...)))).))))))).... ( -43.70) >consensus CUGGCCAUGCGCACUGGGACACACCGCCCAGUGCAGCAGUCCAUCGAUAAGCGGACGCGCAAUUAAUUCAUCAUAGCGUGACAGCUCCAAAUGUCCAGCUAUAUUAGCCAUGGCCACCAG .((((((((.((((((((........)))))))).((.((((..........))))............(((...(((......)))....)))....)).........)))))))).... (-26.18 = -27.02 + 0.84)
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