Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,500,780 – 13,500,878 |
Length | 98 |
Max. P | 0.926010 |
Location | 13,500,780 – 13,500,878 |
---|---|
Length | 98 |
Sequences | 6 |
Columns | 103 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.69 |
Mean single sequence MFE | -40.83 |
Consensus MFE | -26.32 |
Energy contribution | -26.82 |
Covariance contribution | 0.50 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -2.79 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 0.95 |
SVM RNA-class probability | 0.889040 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 13500780 98 + 27905053 GGGCA---AAAGUAAUUACCGUCUUGGUGACCAGCUGGGUGAGCUUGUCGUUGCACUCCCGCAGCUGCAGGUUCUGUUUGUGCAGCUCCUGCUGCUCGGCG-- ((((.---...))..(((((.....))))))).(((((..((((((((.(((((......))))).)))))))).......(((((....)))))))))).-- ( -37.10) >DroVir_CAF1 1882 103 + 1 AUUCAACUCUGCCGCUUACCGUCUUUGUGACCAGCUGCGUAAGCUCAUCGUUGCGCUUGCGCAGCUUUAGGUUCUGUGUGUGCAGCUCCUGCUGCUCGGCAGC ........(((((((..((((((.....))).((((((((((((.((....)).))))))))))))...)))...))..(.(((((....))))).)))))). ( -47.40) >DroGri_CAF1 1980 100 + 1 AGAUC---GUUUGGCUUACCGUCUUUGUGACCAGCUGCGUGAGCUCAUCGUUGCGCUUGCGCAGCUUUAGGUUCUGUGUGUGCAGCUCCUGCUGCUCGACAGC .....---.........((((((.....))).(((((((..(((.((....)).)))..)))))))...))).((((.((.(((((....))))).)))))). ( -40.60) >DroEre_CAF1 1462 98 + 1 AGGCA---AAAGCACUUACCGUCUUGGUGACCAGCUGGGUGAGCUUGUCGUUGCACUCCCGCAGCUGCAGGUUCUGUUUGUGCAGCUCCUGCUGCUCGGCA-- ..(((---(..(((((((((..((.(....).))...))))))..)))..))))....(((.(((.(((((..((((....))))..))))).))))))..-- ( -39.30) >DroMoj_CAF1 1955 100 + 1 AGGCG---GUCGAGCUUACCGUUUUGGUGACCAGCUGCGUGAGCUCAUCGUUUCGCUUGCGCAGCUUCAGGUUCUGUGUGUGCAGCUCCUGCUGCUCGGCAGC ..((.---((((((((((((.....)))))..(((((((..(((..........)))..))))))).((((..((((....))))..))))..))))))).)) ( -46.10) >DroAna_CAF1 1785 98 + 1 AGUUA---AUAG--CUUACAGUCUUGGUGACCAGCUGCGUGAGCUUGUCGUUGCACUCGCGCAACUGCAGGUUCUGUUUUUGCAGCUCCUUCUGCUCGGCUAC .....---.(((--((..(((....((.....(((((((.((((((((.(((((......))))).))))))))......)))))))))..)))...))))). ( -34.50) >consensus AGGCA___AUAGCGCUUACCGUCUUGGUGACCAGCUGCGUGAGCUCAUCGUUGCACUCGCGCAGCUGCAGGUUCUGUGUGUGCAGCUCCUGCUGCUCGGCAGC ....................(((.....(((((((((((((((............)))))))))))...))))......(.(((((....))))).))))... (-26.32 = -26.82 + 0.50)
Location | 13,500,780 – 13,500,878 |
---|---|
Length | 98 |
Sequences | 6 |
Columns | 103 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.69 |
Mean single sequence MFE | -36.72 |
Consensus MFE | -27.68 |
Energy contribution | -27.98 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -2.75 |
Structure conservation index | 0.75 |
SVM decision value | 1.17 |
SVM RNA-class probability | 0.926010 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 13500780 98 - 27905053 --CGCCGAGCAGCAGGAGCUGCACAAACAGAACCUGCAGCUGCGGGAGUGCAACGACAAGCUCACCCAGCUGGUCACCAAGACGGUAAUUACUUU---UGCCC --....((.((((.(.(((((((...........))))))).)(((.(.((........)).).))).)))).))........(((((......)---)))). ( -34.30) >DroVir_CAF1 1882 103 - 1 GCUGCCGAGCAGCAGGAGCUGCACACACAGAACCUAAAGCUGCGCAAGCGCAACGAUGAGCUUACGCAGCUGGUCACAAAGACGGUAAGCGGCAGAGUUGAAU .((((((.(((((....))))).........(((...(((((((.((((.((....)).)))).))))))).(((.....))))))...))))))........ ( -43.40) >DroGri_CAF1 1980 100 - 1 GCUGUCGAGCAGCAGGAGCUGCACACACAGAACCUAAAGCUGCGCAAGCGCAACGAUGAGCUCACGCAGCUGGUCACAAAGACGGUAAGCCAAAC---GAUCU ((((((..(((((....))))).......((.((...(((((((..(((.((....)).)))..))))))))))).....)))))).........---..... ( -35.70) >DroEre_CAF1 1462 98 - 1 --UGCCGAGCAGCAGGAGCUGCACAAACAGAACCUGCAGCUGCGGGAGUGCAACGACAAGCUCACCCAGCUGGUCACCAAGACGGUAAGUGCUUU---UGCCU --.....(((.(((((..(((......)))..))))).)))(((((((..(...(((.((((.....)))).)))(((.....)))..)..))))---))).. ( -37.40) >DroMoj_CAF1 1955 100 - 1 GCUGCCGAGCAGCAGGAGCUGCACACACAGAACCUGAAGCUGCGCAAGCGAAACGAUGAGCUCACGCAGCUGGUCACCAAAACGGUAAGCUCGAC---CGCCU ((.(.(((((..((((..(((......)))..)))).(((((((..(((..........)))..)))))))....(((.....)))..))))).)---.)).. ( -36.90) >DroAna_CAF1 1785 98 - 1 GUAGCCGAGCAGAAGGAGCUGCAAAAACAGAACCUGCAGUUGCGCGAGUGCAACGACAAGCUCACGCAGCUGGUCACCAAGACUGUAAG--CUAU---UAACU (((((...((((.(((..(((......)))..))).((((((((.((((..........)))).))))))))..........))))..)--))))---..... ( -32.60) >consensus GCUGCCGAGCAGCAGGAGCUGCACAAACAGAACCUGAAGCUGCGCAAGCGCAACGACAAGCUCACGCAGCUGGUCACCAAGACGGUAAGCGCUAU___UGCCU ...((((.(((((....))))).......((.((...(((((((.((((..........)))).))))))))))).......))))................. (-27.68 = -27.98 + 0.31)
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