Locus 5121

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	13,484,102 – 13,484,214
Length	112
Max. P	0.873865

overview

Window 4

Location	13,484,102 – 13,484,214
Length	112
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.99
Mean single sequence MFE	-30.43
Consensus MFE	-24.03
Energy contribution	-24.03
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.22
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.63
SVM RNA-class probability	0.804641
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13484102 112 + 27905053
-UGGAGAUGCGGGGCAUCGAUCCCCGUACCUCUCACAUGCUAAGCGAGCGCUCUACCAUCUGAGCUACAUCCCCGUGUUGUGGAUUC--CU-GAAAAGAGGUUCAAUAUUCAC--UGC--
-.((((.(((((((.......))))))).)))).....(((.....)))((((........)))).........(((...(((((..--((-....))..))))).....)))--...-- ( -34.00)
>DroVir_CAF1 35160 114 + 1
-UGGAGAUGCGGGGCAUCGAUCCCCGUACCUCUCACAUGCUAAGCGAGCGCUCUACCAUCUGAGCUACAUCCCCUUGUUGUACUGAC--UC-AUAAAAAGGCUCAAUAACUAU--CGCAG
-.((((.(((((((.......))))))).))))..........((((..((((........)))).......((((.((((......--..-)))).))))...........)--))).. ( -30.90)
>DroGri_CAF1 41536 100 + 1
UUGGAGAUGCGGGGCAUUGAUCCCCGUACCUCUCACAUGCUAAGCGAGCGCUCUACCAUCUGAGCUACAUCCCCGUGUGCUUCUCAC--CC-AUAUAACGGU-----------------A
..((((.(((((((.......))))))).))))((((((((.....)))((((........)))).........)))))......((--(.-.......)))-----------------. ( -29.20)
>DroWil_CAF1 34246 114 + 1
-UGGAGAUGCGGGGCAUCGAUCCCCGUACCUCUCACAUGCUAAGCGAGCGCUCUACCAUCUGAGCUACAUCCCCAUAU-GAAUAUUG--UCCACAUAACGGUUCAAUAUCUAGUCUAA--
-.((((.(((((((.......))))))).))))..((((((.....)))((((........))))...........))-).((((((--.((.......))..)))))).........-- ( -28.40)
>DroMoj_CAF1 35792 114 + 1
-UGGAGAUGCGGGGUAUCGAUCCCCGUACCUCUCACAUGCUAAGCGAGCGCUCUACCAUCUGAGCUACAUCCCCAUGAAGUACUCCC--AU-ACACAACGGUUUUAUAACAAC--UGCAG
-.((((.(((((((.......))))))).......((((((.....)))((((........)))).........))).....)))).--..-......(((((.......)))--))... ( -27.70)
>DroAna_CAF1 35147 112 + 1
-UGGAGAUGCGGGGUAUCGAUCCCCGUACCUCUCACAUGCUAAGCGAGCGCUCUACCAUCUGAGCUACAUCCCCUUCUUG--GAUUUCAUU-GAAUAACGUUGAAAUAUCAGU--AGC--
-..(((.(((((((.......))))))).)))(((.(((.(((((....))).)).))).)))(((((....((.....)--)((((((.(-(.....)).))))))....))--)))-- ( -32.40)
>consensus
_UGGAGAUGCGGGGCAUCGAUCCCCGUACCUCUCACAUGCUAAGCGAGCGCUCUACCAUCUGAGCUACAUCCCCAUGUUGUACAUUC__UC_AAAUAACGGUUCAAUAUCAAC__UGC__
..((((.(((((((.......))))))).)))).....(((.....)))((((........))))....................................................... (-24.03 = -24.03 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	13,484,102 – 13,484,214
Length	112
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.99
Mean single sequence MFE	-36.77
Consensus MFE	-32.90
Energy contribution	-32.90
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.39
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	0.88
SVM RNA-class probability	0.873865
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13484102 112 - 27905053
--GCA--GUGAAUAUUGAACCUCUUUUC-AG--GAAUCCACAACACGGGGAUGUAGCUCAGAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGUGAGAGGUACGGGGAUCGAUGCCCCGCAUCUCCA-
--...--(((.((.(((((......)))-))--..)).))).....((((((((..((((.(((.(.((((....))))).))).))))......((((.......)))))))))))).- ( -37.60)
>DroVir_CAF1 35160 114 - 1
CUGCG--AUAGUUAUUGAGCCUUUUUAU-GA--GUCAGUACAACAAGGGGAUGUAGCUCAGAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGUGAGAGGUACGGGGAUCGAUGCCCCGCAUCUCCA-
.....--...((.(((((..(((.....-))--)))))))).....((((((((..((((.(((.(.((((....))))).))).))))......((((.......)))))))))))).- ( -36.40)
>DroGri_CAF1 41536 100 - 1
U-----------------ACCGUUAUAU-GG--GUGAGAAGCACACGGGGAUGUAGCUCAGAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGUGAGAGGUACGGGGAUCAAUGCCCCGCAUCUCCAA
.-----------------.((((...))-))--(((.....)))..((((((((..((((.(((.(.((((....))))).))).))))......((((.......)))))))))))).. ( -36.50)
>DroWil_CAF1 34246 114 - 1
--UUAGACUAGAUAUUGAACCGUUAUGUGGA--CAAUAUUC-AUAUGGGGAUGUAGCUCAGAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGUGAGAGGUACGGGGAUCGAUGCCCCGCAUCUCCA-
--........(((((((..(((.....))).--))))))).-...(((((((((..((((.(((.(.((((....))))).))).))))......((((.......)))))))))))))- ( -37.80)
>DroMoj_CAF1 35792 114 - 1
CUGCA--GUUGUUAUAAAACCGUUGUGU-AU--GGGAGUACUUCAUGGGGAUGUAGCUCAGAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGUGAGAGGUACGGGGAUCGAUACCCCGCAUCUCCA-
..(((--(..(((....)))..))))((-((--....))))....(((((((((..((((.(((.(.((((....))))).))).))))......((((.......)))))))))))))- ( -37.00)
>DroAna_CAF1 35147 112 - 1
--GCU--ACUGAUAUUUCAACGUUAUUC-AAUGAAAUC--CAAGAAGGGGAUGUAGCUCAGAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGUGAGAGGUACGGGGAUCGAUACCCCGCAUCUCCA-
--...--.((...((((((.........-..)))))).--..))..((((((((..((((.(((.(.((((....))))).))).))))......((((.......)))))))))))).- ( -35.30)
>consensus
__GCA__AUAGAUAUUGAACCGUUAUAU_AA__GAAAGUACAACAAGGGGAUGUAGCUCAGAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGUGAGAGGUACGGGGAUCGAUGCCCCGCAUCUCCA_
..............................................((((((((..((((.(((.(.((((....))))).))).))))......((((.......)))))))))))).. (-32.90 = -32.90 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:46:49 2006