| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 13,393,521 – 13,393,628 |
| Length | 107 |
| Max. P | 0.551875 |
| Location | 13,393,521 – 13,393,628 |
|---|---|
| Length | 107 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 113 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 83.24 |
| Mean single sequence MFE | -51.55 |
| Consensus MFE | -31.99 |
| Energy contribution | -34.16 |
| Covariance contribution | 2.17 |
| Combinations/Pair | 1.29 |
| Mean z-score | -2.25 |
| Structure conservation index | 0.62 |
| SVM decision value | 0.04 |
| SVM RNA-class probability | 0.551875 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 13393521 107 - 27905053 GGGGUCUCGGGGGGCUGGUGUUGCGUGC------CGCCGCAUAGUACUGCAUGGGGUGGUGGUGCGGCGGCGGCGGUGGCACAAAUCCGGCCGUUGUGCCAUCGUGGUAGAGC ..((((....(((....((((..(.(((------((((((...((((..(........)..)))).))))))))))..))))...)))))))(((.((((.....)))).))) ( -53.20) >DroVir_CAF1 29081 113 - 1 GCGGCCGUGGUGGGCUGGUGUUGCGGGCAGCGGCCGCAGCAUAAUAUUGCAUGGGAUGAUGAUGCGGUGGCGGUGGAGGGACAAAGCCGGCUGUGGUUCCAUCAUGGUAGAGC ((.((((((((((((((.(......).))))(((((((((.....(((((((.(.....).)))))))(((..((......))..))).)))))))))))))))))))...)) ( -51.70) >DroPse_CAF1 27522 113 - 1 GCGGCCGCGGGGGGCUGGUGUUGCGUGCGGCGGCCGCUGCAUAAUACUGCAUCGGGUGGUGGUGCGGCGGCGGUGGCGGAACGAAGCCAGCUGUUGUCCCGUCGUGAUAGAGC ...((.(((((((((((((.(((..(((.((.((((((((((..(((..(.....)..))))))))))))).)).)))...))).)))))))....)))))).))........ ( -56.10) >DroGri_CAF1 29328 113 - 1 GCGGUCGCGGUGGGCUAUUGUUGCGGGCAACUGCCGAUGCAUAAUACUGCAUCGGAUGAUGAUGCGGCGGCGGUGGUGGCACAAAUCCAGCUGUGGUCCCAUCAUGAUAGAGG ...((((.((((((((((.(((((((....)))).((((((......))))))((((..((.(((.((.......)).))))).))))))).)))).)))))).))))..... ( -44.40) >DroWil_CAF1 38308 113 - 1 GCGGACGCGGUGGGCUUGUGUUGCGUGCCGCUGCCGCUGCAUAAUAUUGCAUGGGAUGAUGAUGCGGCGGCGGCGGUGGAACAAAGCCAGCUGUUGUACCAUCAUGAUAGAGC ..(((((((((.(((((.((((.(..((((((((((((((((..((((......))))...))))))))))))))))).))))))))).)))).))).))............. ( -54.20) >DroMoj_CAF1 29085 113 - 1 GCGGCCGCGGUGGGCUGGUGUUGCGGGCAGCGGCGGCAGCAUAAUACUGCAUGGGAUGAUGAUGCGGCGGCGGUGGGGGCACAAAGCCAGCCGUGGUGCCAUCGUGAUAGAGC ((....((((((.((((.((((((.....)))))).))))....)))))).....((.((((((..((.(((((...(((.....))).))))).))..)))))).))...)) ( -49.70) >consensus GCGGCCGCGGUGGGCUGGUGUUGCGGGCAGCGGCCGCUGCAUAAUACUGCAUGGGAUGAUGAUGCGGCGGCGGUGGUGGCACAAAGCCAGCUGUGGUCCCAUCAUGAUAGAGC .....((((((((((((((.(((...((.((.((((((((((..((((......))))...)))))))))).)).))....))).)))))).......))))))))....... (-31.99 = -34.16 + 2.17)
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