Locus 5075

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	13,385,286 – 13,385,493
Length	207
Max. P	0.543510

overview

Window 4

Location	13,385,286 – 13,385,393
Length	107
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.98
Mean single sequence MFE	-43.71
Consensus MFE	-28.38
Energy contribution	-27.75
Covariance contribution	-0.63
Combinations/Pair	1.43
Mean z-score	-1.26
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	-0.01
SVM RNA-class probability	0.527423
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13385286 107 + 27905053
GGCGGCAA-------UCACUUCCAUCACAGUCCCAGCGGAGGCGCUGUGCCGCCGGCGGUGUUGCACCAUCAUCUGCAGCACCAUCUGAGCAGCCUGGGCAGCCAUCCGGUGGC
(((((((.-------.(.(((((..............))))).)...)))))))((((((((((((........))))))))).........((....)).))).......... ( -44.64)
>DroPse_CAF1 19756 114 + 1
GGCGGCCACAACGGGCCACUACCACCACAGUCCCAAUGGAGGCGCCGUGCCGCCGGCGGUGUUGCACCACCAUCUGCAACAUCAUCUGAGCACGCUGGGCGGCCAUCCGGUGGC
(((((((......))))............(((((...)).))))))..((((((((.(((((((((........)))))))))...((.((.(((...))))))).)))))))) ( -49.40)
>DroGri_CAF1 20425 104 + 1
GCGGUUCC-------ACACUAUCAUCACAGUCCCAAUGG---CGCUGUGCCGCCGGCGGUGCUCCAUCAUCAUCUGCAGCAUCAUCUCAGCUCGCUCAGCGGCCAUCCUGUCGC
((((....-------..........((((((.((...))---.))))))))))((((((((((.((........)).))))))......((.(((...)))))......)))). ( -28.53)
>DroMoj_CAF1 20007 104 + 1
ACCGUGCC-------GCACUAUCACCACAGUCCCAACGG---CGCAGUGCCGCCGGCAGUGCUGCACCACCAUCUGCAGCAUCAUCUCAGCUCGCUCAGUGGCCAUCCGGUGGC
...(((((-------(.(((........))).....)))---)))...((((((((..((((((((........)))))))).......((.(((...)))))...)))))))) ( -38.00)
>DroAna_CAF1 17868 107 + 1
GGGGGUCA-------UCACUUCCAUCACAGUCCGAAUAGUGGGGCUGUGCCGCCGGCGGUGCUGCACCACCACCUGCAGCAUCACCUGAGCACCCUGGGCGGUCACCCAGUGGC
((((((..-------..))))))..((((((((........))))))))..(((((.(((((((((........))))))))).)).).)).(((((((......))))).)). ( -48.20)
>DroPer_CAF1 20373 114 + 1
GGCGGCCACAACGGGCCACUACCACCACAGUCCCAAUGGAGGGGCCGUGCCGCCGGCGGUGUUGCACCACCAUCUGCAACAUCAUCUGAGCACGCUGGGCGGCCAUCCGGUGGC
((.((((......)))).)).(((((((.(((((......))))).))((((((((((((((((((........)))))))))....(....)))).)))))).....))))). ( -53.50)
>consensus
GGCGGCCA_______CCACUACCACCACAGUCCCAAUGGAGGCGCUGUGCCGCCGGCGGUGCUGCACCACCAUCUGCAGCAUCAUCUGAGCACGCUGGGCGGCCAUCCGGUGGC
.....................(((((.........((((.....))))((((((((.(((((((((........))))))))).))..((....)).)))))).....))))). (-28.38 = -27.75 +  -0.63)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	13,385,393 – 13,385,493
Length	100
Sequences	6
Columns	100
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.08
Mean single sequence MFE	-39.37
Consensus MFE	-23.45
Energy contribution	-24.95
Covariance contribution	1.50
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.35
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.543510
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13385393 100 - 27905053
CUGCUGGCCGGUGGGCGUGAGUGCGUGCUGCAGCAGGGCGGGAUGUGUGGCCCCGUGGGCGGGAUGCAAGUGGCCAAAGGUGUGGAGCGCGUGAUGCAGC
((((((((((.(..((....))((((.((((.((.((((.(......).)))).))..)))).)))).).))))))...(((.....))).....)))). ( -42.30)
>DroVir_CAF1 20089 91 - 1
---------UGUCGGCGCCACAGCAUGCUGCAACAGGGCGGGAUGCUGUGCCGCAUGGGCCGGAUGCAGAUGGCCGAAACUGUGCAGCGCAUGAUGCAGG
---------.((((((((((((((((.((((......)))).))))))))..((((((((((........))))).....))))).)))).))))..... ( -40.00)
>DroPse_CAF1 19870 100 - 1
GUGGUGGGCUGUGGGGGUCAGGGCGUGCUGCAGCAGUGCGGGAUGUGUGGCCGGAUGUCCGGAGUGCAGAUGGCCGAAACUGUGCAGCGCGUGAUGCAGG
........((((....(((...((((((((((.((((((.(..((..(..((((....)))).)..))..).))....))))))))))))))))))))). ( -40.30)
>DroGri_CAF1 20529 91 - 1
---------UGUGGGCGCCACAGCAUGUUGCAGCAGCGCGGGAUGCUGUGCCGCAUGAGCCGGAUGCAGAUGUCCAAAACUGUGUAGGGCAUGAUGCAGC
---------....(((...(((((((.((((......)))).))))))))))((((.((((..((((((.(......).))))))..))).).))))... ( -35.50)
>DroMoj_CAF1 20111 91 - 1
---------UGUCGGCGCAAUGGCGUGGUGCAGCAGAGCGGGAUGCGAUGCGGUGUGAGCCGGAUGCAGAUGGCCAAAGCUGUGCAGCGCGUGGUGCAGC
---------.....((((....((((.(..((((...((.(..(((.((.((((....)))).)))))..).))....))))..).))))...))))... ( -37.80)
>DroPer_CAF1 20487 100 - 1
GUGGUGGGCUGUGGGGGUCAGGGCGUGCUGCAGCAGUGCGGGAUGUGUGGCCGGAUGUCCGGAGUGCAGAUGGCCGAAACUGUGCAGCGCGUGAUGCAGG
........((((....(((...((((((((((.((((((.(..((..(..((((....)))).)..))..).))....))))))))))))))))))))). ( -40.30)
>consensus
_________UGUGGGCGCCAGGGCGUGCUGCAGCAGGGCGGGAUGCGUGGCCGCAUGAGCCGGAUGCAGAUGGCCAAAACUGUGCAGCGCGUGAUGCAGC
..............(((((...((((((((((.(((....((.(((....((((....))))...))).....))....))))))))))))))))))... (-23.45 = -24.95 +   1.50)

alignment

secondary structure

dotplot

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