Locus 5015

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	13,222,967 – 13,223,081
Length	114
Max. P	0.865892

overview

Window 7

Location	13,222,967 – 13,223,081
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.55
Mean single sequence MFE	-43.40
Consensus MFE	-31.64
Energy contribution	-32.92
Covariance contribution	1.28
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.61
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	0.85
SVM RNA-class probability	0.865892
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13222967 114 + 27905053
AGCACCGGGCGCCUGGUUCACCG------UCUGCAGCUCGUACUGAUAGUAGCAGUCGCUGCCCACGUAGACGGUGCGCCAAACGCCGUCCACAUCUCACAUCUGGCGGUAUGGUGAGUG
..(((((((((..((((.(((((------(((((((......))....(((((....)))))....)))))))))).))))..))))(.(((.((.....)).))))....))))).... ( -44.90)
>DroVir_CAF1 252437 108 + 1
------CUGCGUCUGUUGCUCCG------UCUGCAGCUCGUACUGAUAGUAGCAGUCGCUGCCCACAUAGACGGUGCGCCAGACGCCAUCCACAUCUCACAUUUGCCGAUAAGGCGAGUG
------..(((((((.(((.(((------((((((((....((((.......)))).)))))......)))))).))).))))))).............((((((((.....)))))))) ( -46.30)
>DroGri_CAF1 235943 117 + 1
GGC---AUGCGUCUGUUGCUCCGUUCCCGUAUGCAGCUCGUACUGAUAGUAGCAAUCGCUGCCCACGUACACGGUGCGCCAGACGCCAUCCACAUCUCACAUUUGCCGGUAUGGCGAGUG
((.---(((((((((.(((.((((...(((..(((((.....(((....))).....)))))..)))...)))).))).)))))).)))))........((((((((.....)))))))) ( -45.10)
>DroWil_CAF1 241424 106 + 1
--------GCGUCUGUGGCACCG------UCUGCAGUUCAUACUGAUAAUAGUAAUCGCUGCCCACAUAGACGGUACGCCAGACGCCAUCCACAUCUCACAUUUGCCGAUAUGGUGAAUG
--------(((((((((..((((------((((((((...(((((....)))))...)))))......))))))).)).))))))).............((((..((.....))..)))) ( -38.60)
>DroMoj_CAF1 260645 108 + 1
------CUGCGUCUGUUGCGCCG------CCUGCAGCUCGUACUGAUAGUAGCAGUCGCUGCCAACGUAAACGGUGCGCCAGACGCCAUCCACAUCUCACAUCUGCCGAUAGGGUGAGUG
------..(((((((.(((((((------..(((((......))....(((((....)))))....)))..))))))).)))))))......((.(((((.((((....))))))))))) ( -39.30)
>DroAna_CAF1 237793 109 + 1
-----CCGGCGCCUGGCUCACCG------UUUGUAGCUCGUACUGGUAAUAGCAGUCGCUGCCCACAUACACGGUGCGCCAGACGCCGUCUACAUCUCACAUUUGCCUAUAAGGUGAAUG
-----.(((((.(((((.(((((------(.(((.((.((.((((.......))))))..))..)))...)))))).))))).)))))...........((((..((.....))..)))) ( -46.20)
>consensus
______CUGCGUCUGUUGCACCG______UCUGCAGCUCGUACUGAUAGUAGCAGUCGCUGCCCACAUAGACGGUGCGCCAGACGCCAUCCACAUCUCACAUUUGCCGAUAUGGUGAGUG
........(((((((.(((((((.........(((((....((((.......)))).))))).........))))))).))))))).............((((((((.....)))))))) (-31.64 = -32.92 +   1.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	13,222,967 – 13,223,081
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.55
Mean single sequence MFE	-45.90
Consensus MFE	-31.45
Energy contribution	-31.04
Covariance contribution	-0.41
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.56
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.68
SVM RNA-class probability	0.820651
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13222967 114 - 27905053
CACUCACCAUACCGCCAGAUGUGAGAUGUGGACGGCGUUUGGCGCACCGUCUACGUGGGCAGCGACUGCUACUAUCAGUACGAGCUGCAGA------CGGUGAACCAGGCGCCCGGUGCU
....((((.....((((.((.....)).))).)(((((((((..((((((((......(((((.((((.......))))....))))))))------)))))..))))))))).)))).. ( -50.40)
>DroVir_CAF1 252437 108 - 1
CACUCGCCUUAUCGGCAAAUGUGAGAUGUGGAUGGCGUCUGGCGCACCGUCUAUGUGGGCAGCGACUGCUACUAUCAGUACGAGCUGCAGA------CGGAGCAACAGACGCAG------
(((..(((.....)))....)))...........(((((((..((.((((((......(((((.((((.......))))....))))))))------))).))..)))))))..------ ( -42.50)
>DroGri_CAF1 235943 117 - 1
CACUCGCCAUACCGGCAAAUGUGAGAUGUGGAUGGCGUCUGGCGCACCGUGUACGUGGGCAGCGAUUGCUACUAUCAGUACGAGCUGCAUACGGGAACGGAGCAACAGACGCAU---GCC
(((..(((.....)))....)))......((...(((((((..((.((((...((((.(((((...((((......))))...))))).))))...)))).))..)))))))..---.)) ( -48.50)
>DroWil_CAF1 241424 106 - 1
CAUUCACCAUAUCGGCAAAUGUGAGAUGUGGAUGGCGUCUGGCGUACCGUCUAUGUGGGCAGCGAUUACUAUUAUCAGUAUGAACUGCAGA------CGGUGCCACAGACGC--------
....(((((((((.((....))..))))))).))(((((((..(((((((((......((((....((((......))))....)))))))------))))))..)))))))-------- ( -43.20)
>DroMoj_CAF1 260645 108 - 1
CACUCACCCUAUCGGCAGAUGUGAGAUGUGGAUGGCGUCUGGCGCACCGUUUACGUUGGCAGCGACUGCUACUAUCAGUACGAGCUGCAGG------CGGCGCAACAGACGCAG------
..(((((...(((....)))))))).........(((((((..((.((((((......(((((.((((.......))))....))))))))------))).))..)))))))..------ ( -41.40)
>DroAna_CAF1 237793 109 - 1
CAUUCACCUUAUAGGCAAAUGUGAGAUGUAGACGGCGUCUGGCGCACCGUGUAUGUGGGCAGCGACUGCUAUUACCAGUACGAGCUACAAA------CGGUGAGCCAGGCGCCGG-----
....((.((((((......)))))).))....(((((((((((.((((((...(((((....((((((.......)))).))..))))).)------))))).))))))))))).----- ( -49.40)
>consensus
CACUCACCAUAUCGGCAAAUGUGAGAUGUGGAUGGCGUCUGGCGCACCGUCUACGUGGGCAGCGACUGCUACUAUCAGUACGAGCUGCAGA______CGGUGCAACAGACGCAG______
..(((((.............))))).........(((((((..((.(((.........(((((...((((......))))...))))).........))).))..)))))))........ (-31.45 = -31.04 +  -0.41)

alignment

secondary structure

dotplot

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