Locus 5013

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 13,213,572 – 13,213,692
Length 120
Max. P 0.975457
window8195

overview

Window 5

Location 13,213,572 – 13,213,692
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.56
Mean single sequence MFE -44.08
Consensus MFE -40.62
Energy contribution -40.20
Covariance contribution -0.42
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.64
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 1.75
SVM RNA-class probability 0.975457
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13213572 120 + 27905053
CCUACUUCUCAGUCAAUCGCGUCUGUUCGAGGAGCCCGAGCUGAUGCAACGUUGCUGGGAAGUGAUCGACGCCCAGGCCGAGAUGGCGGUUAAGUCCGAGGACUUUGUGGAUAUUGAUCU
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>DroVir_CAF1 243631 120 + 1
CCUACUUCUCAGUCAAUCGCGUCUUUUCGAGGAGCCCGAACUGAUGCAACGUUGCUGGGAAGUGAUCGAUGCUCAGGCCGAGAUGGCGGUUAAGUCCGAAGACUUUGUGGACAUUGACCU
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>DroGri_CAF1 226881 120 + 1
CCUACUUCUCAGUCAAUCGCGUCUAUUCGAGGAGCCCGAACUGAUGCAACGUUGCUGGGAAGUGAUCGAUGCCCAGGCCGAGAUGGCGGUUAAGUCCGAAGAUUUCGUGGACAUUGACCU
..((((((((((.((((.(((((..((((.(....)))))..)))))...)))))))))))))).((((((.(((...((((((..(((......)))...))))))))).))))))... ( -45.20)
>DroWil_CAF1 231717 120 + 1
CCUACUUCUCAGUCAAUCGCGUCUUUUCGAGGAGCCCGAACUGAUGCAGCGUUGCUGGGAAGUGAUCGACGCUCAGGCCGAGAUGGCGGUUAAGUCCGAGGAUUUCGUGGAUAUUGAUCU
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>DroMoj_CAF1 251226 120 + 1
CCUACUUCUCAGUCAAUCGCGUCUUUUCGAGGAGCCCGAACUGAUGCAACGUUGCUGGGAAGUGAUAGAUGCCCAGGCCGAGAUGGCGGUUAAGUCCGAAGAUUUUGUGGACAUUGACCU
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>DroAna_CAF1 228522 120 + 1
CCUACUUCUCAGUCAAUCGCGUCUGUUCGAGGAGCCAGAACUGAUGCAGCGUUGCUGGGAAGUGAUAGACGCGCAGGCCGAGAUGGCGGUUAAGUCCGAGGAUUUUGUGGACAUUGACCU
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>consensus
CCUACUUCUCAGUCAAUCGCGUCUUUUCGAGGAGCCCGAACUGAUGCAACGUUGCUGGGAAGUGAUCGACGCCCAGGCCGAGAUGGCGGUUAAGUCCGAAGAUUUUGUGGACAUUGACCU
..((((((((((.((((.(((((..((((.(....)))))..)))))...))))))))))))))............(((.....)))(((((((((((.........))))).)))))). (-40.62 = -40.20 +  -0.42)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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