Locus 5006

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 13,193,071 – 13,193,200
Length 129
Max. P 0.998871
window8183 window8184 window8185

overview

Window 3

Location 13,193,071 – 13,193,166
Length 95
Sequences 5
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.74
Mean single sequence MFE -38.58
Consensus MFE -25.12
Energy contribution -26.78
Covariance contribution 1.66
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.72
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 1.15
SVM RNA-class probability 0.922351
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13193071 95 - 27905053
GGCUAUGG------CUAUGGCUAUCCGGCG--------AUCCGGGUAUCUGGGCAACUUUGUCCAAAAAAUGUUGCCGGGGC---CGA--GCUGCGAUGCUUUGUUAACUUUUU
((((.(((------((.(((((((((((..--------..)))))))..((((((....)))))).........)))).)))---)))--)))((((....))))......... ( -33.90)
>DroSec_CAF1 220984 104 - 1
GGCUAUGGCUAUGGCUAUGGCUAUCCGGCG--------AUCCGGGUAUCUGGGCAACUUUGUCCAAAAAAUGUUGCCGGGGCCGCCGA--GCUGCGAUGCUUUGUUAACUUUUU
(((((((((....)))))))))...(((((--------..((.((((.(((((((....))))))......).)))).))..)))))(--((......)))............. ( -41.00)
>DroSim_CAF1 207042 98 - 1
GGCUAUGG------CUAUGGCUAUCCGGCG--------AUCCGGGUAUCUGGGCAACUUUGUCCAAAAAAUGUUGCCGGGGCCGCCGA--GCUGCGAUGCUUUGUUAACUUUUU
(((...((------((.(((((((((((..--------..)))))))..((((((....)))))).........)))).)))))))((--((......))))............ ( -35.20)
>DroEre_CAF1 211724 109 - 1
GGCUAUAGCUAUAGCUAUAGCUAUCCGGCGAUCCGGGGAUCCGGGUUGCCGGGCAACUUUGUCCAAAAAAUGUUGCCGGGGC---CGA--GCGGCGAUGCUUUGUUAACUUUUU
(((((((((....)))))))))..((((((((((((....)))))))))).(((((((((.......))).))))))))(((---.((--(((....))))).)))........ ( -49.30)
>DroYak_CAF1 220769 91 - 1
UGCUAUAGC------------UAUCCGGCG--------AUCCGGGUAGCUGGGCAACUUUGUCCAAAAAAUGUUGCCGGGGC---CGAAAGCAACGAUGCUUUGUUAACUUUUU
.(((.((((------------(((((((..--------..)))))))))))(((((((((.......))).))))))..)))---..((((((....))))))........... ( -33.50)
>consensus
GGCUAUGGC_____CUAUGGCUAUCCGGCG________AUCCGGGUAUCUGGGCAACUUUGUCCAAAAAAUGUUGCCGGGGC___CGA__GCUGCGAUGCUUUGUUAACUUUUU
(((((((((....)))))))))((((((............))))))....(((((....))))).(((((.((((.((((((...((.......))..)))))).))))))))) (-25.12 = -26.78 +   1.66)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 13,193,100 – 13,193,200
Length 100
Sequences 5
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.73
Mean single sequence MFE -37.71
Consensus MFE -24.42
Energy contribution -24.86
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -2.92
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.61
SVM RNA-class probability 0.799967
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13193100 100 + 27905053
CCCGGCAACAUUUUUUGGACAAAGUUGCCCAGAUACCCGGAU--------CGCCGGAUAGCCAUAG------CCAUAGCCAUGGCCGUGCAGUCCGGCCGUAUAUCGCCAUAUA
...(((.........(((.((....)).)))((((..((...--------.(((((((.((.(..(------((((....)))))..))).)))))))))..)))))))..... ( -35.20)
>DroSec_CAF1 221016 106 + 1
CCCGGCAACAUUUUUUGGACAAAGUUGCCCAGAUACCCGGAU--------CGCCGGAUAGCCAUAGCCAUAGCCAUAGCCAUGGCCGUGCAGUCCGGCCGUAUAUCGCCAUAUA
...(((.........(((.((....)).)))((((..((...--------.(((((((.((.(..(((((.((....)).)))))..))).)))))))))..)))))))..... ( -38.20)
>DroSim_CAF1 207074 100 + 1
CCCGGCAACAUUUUUUGGACAAAGUUGCCCAGAUACCCGGAU--------CGCCGGAUAGCCAUAG------CCAUAGCCAUGGCCGUGCAGUCCGGCCGUAUAUCGCCAUAUA
...(((.........(((.((....)).)))((((..((...--------.(((((((.((.(..(------((((....)))))..))).)))))))))..)))))))..... ( -35.20)
>DroEre_CAF1 211753 114 + 1
CCCGGCAACAUUUUUUGGACAAAGUUGCCCGGCAACCCGGAUCCCCGGAUCGCCGGAUAGCUAUAGCUAUAGCUAUAGCCAUGGCCGUGCAGUUCGGCCGUAUAUCGCCAUAUA
...((((((..............))))))((((...((((....))))...))))((((((((((((....)))))))).(((((((.......))))))).))))........ ( -46.84)
>DroYak_CAF1 220800 94 + 1
CCCGGCAACAUUUUUUGGACAAAGUUGCCCAGCUACCCGGAU--------CGCCGGAUA------------GCUAUAGCAAUGGCCGUGCACUCCGGCCGUAUAUCGCCAUAUA
...(((.................(((((..(((((.((((..--------..)))).))------------)))...)))))(((((.......))))).......)))..... ( -33.10)
>consensus
CCCGGCAACAUUUUUUGGACAAAGUUGCCCAGAUACCCGGAU________CGCCGGAUAGCCAUAG_____GCCAUAGCCAUGGCCGUGCAGUCCGGCCGUAUAUCGCCAUAUA
...(((.........(((.((....)).)))((((.((((............))))........................(((((((.......))))))).)))))))..... (-24.42 = -24.86 +   0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 13,193,100 – 13,193,200
Length 100
Sequences 5
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.73
Mean single sequence MFE -48.56
Consensus MFE -37.86
Energy contribution -39.52
Covariance contribution 1.66
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -4.56
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 3.26
SVM RNA-class probability 0.998871
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13193100 100 - 27905053
UAUAUGGCGAUAUACGGCCGGACUGCACGGCCAUGGCUAUGG------CUAUGGCUAUCCGGCG--------AUCCGGGUAUCUGGGCAACUUUGUCCAAAAAAUGUUGCCGGG
....(((((((((....(((((.(((..(((((((((....)------)))))))).....)))--------.))))).....((((((....))))))....))))))))).. ( -44.80)
>DroSec_CAF1 221016 106 - 1
UAUAUGGCGAUAUACGGCCGGACUGCACGGCCAUGGCUAUGGCUAUGGCUAUGGCUAUCCGGCG--------AUCCGGGUAUCUGGGCAACUUUGUCCAAAAAAUGUUGCCGGG
....(((((((((....(((((.(((.(((..(((((((((((....)))))))))))))))))--------.))))).....((((((....))))))....))))))))).. ( -49.80)
>DroSim_CAF1 207074 100 - 1
UAUAUGGCGAUAUACGGCCGGACUGCACGGCCAUGGCUAUGG------CUAUGGCUAUCCGGCG--------AUCCGGGUAUCUGGGCAACUUUGUCCAAAAAAUGUUGCCGGG
....(((((((((....(((((.(((..(((((((((....)------)))))))).....)))--------.))))).....((((((....))))))....))))))))).. ( -44.80)
>DroEre_CAF1 211753 114 - 1
UAUAUGGCGAUAUACGGCCGAACUGCACGGCCAUGGCUAUAGCUAUAGCUAUAGCUAUCCGGCGAUCCGGGGAUCCGGGUUGCCGGGCAACUUUGUCCAAAAAAUGUUGCCGGG
....(((((((((..(((((.......)))))(((((((((((....)))))))))))..((((((((((....))))))))))(((((....))))).....))))))))).. ( -59.50)
>DroYak_CAF1 220800 94 - 1
UAUAUGGCGAUAUACGGCCGGAGUGCACGGCCAUUGCUAUAGC------------UAUCCGGCG--------AUCCGGGUAGCUGGGCAACUUUGUCCAAAAAAUGUUGCCGGG
....(((((((((..(((((.......))))).(((((.((((------------(((((((..--------..)))))))))))))))).............))))))))).. ( -43.90)
>consensus
UAUAUGGCGAUAUACGGCCGGACUGCACGGCCAUGGCUAUGGC_____CUAUGGCUAUCCGGCG________AUCCGGGUAUCUGGGCAACUUUGUCCAAAAAAUGUUGCCGGG
....(((((((((..(((((.......)))))..(((((((((....)))))))))((((((............))))))....(((((....))))).....))))))))).. (-37.86 = -39.52 +   1.66)

alignment

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