Locus 4997

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 13,155,104 – 13,155,201
Length 97
Max. P 0.750728
window8170

overview

Window 0

Location 13,155,104 – 13,155,201
Length 97
Sequences 6
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.86
Mean single sequence MFE -39.77
Consensus MFE -25.95
Energy contribution -26.39
Covariance contribution 0.45
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.12
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.47
SVM RNA-class probability 0.750728
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13155104 97 + 27905053
ACCGCCAAAGCCCGAGGUUUGAGGCUGCU--------GGGCUGGUAGGUU--------GUCAGUGUGUCAGUUCCCAACUGGCUUAUCCAGCAUUGAUGUAUGUUUGGUGGUC
(((((((((((((((...))).)))((((--------(((((((......--------.)))))..((((((.....))))))....))))))..........))))))))). ( -35.80)
>DroSec_CAF1 184479 105 + 1
ACCGCCAAAGCCCGAGAUUUGAGGCUGCU--------GGGCUGGUAGGUUGGUAGCCUGUCAGUGUGUCAGUUCCCAACUGGCUUAUCCAGCAUUGAUGUAUGUUUGGUGGUC
(((((((((((((((...))).)))((((--------((((((..((((.....))))..))))..((((((.....))))))....))))))..........))))))))). ( -44.90)
>DroSim_CAF1 169749 105 + 1
ACCGCCAAAGCCCGAGAUUUGAGGCUGCU--------GGGCUGGUAGGUUGGUAGCCUGUCAGUGUGUCAGUUCCCAACUGGCUUAUCCAGCAUUGAUGUAUGUUUGGUGGUC
(((((((((((((((...))).)))((((--------((((((..((((.....))))..))))..((((((.....))))))....))))))..........))))))))). ( -44.90)
>DroEre_CAF1 175529 113 + 1
GCCGCCAAAGCCCGAGAUUUGAGGCUGCUUGGCUGCUGGGCUGCUGGGCUGUUGGGCUGUCAGUGUGUCAGUUCCCAACUGGCUUAUCCGGCAUUGAUGUAUGUUCGGUGGUC
((((((..(((((.((......((((....)))).)))))))(((((((((((((((((.(.....).)))..)))))).)))....)))))..............)))))). ( -44.00)
>DroYak_CAF1 183214 100 + 1
ACCGCCAAAGCCCGAGAUUUGAGGCUGCUAG-------------UGGGCUAGUGGGCUGUCAGUGUGUCAGUUCCCAACUGGCUUAUCCAGCAUUGAUGUAUGUUUGGUGGUC
(((((((((((((((...))).)))((((.(-------------(((((((((((((((.(.....).)))..))).))))))))))..))))..........))))))))). ( -39.80)
>DroAna_CAF1 172865 88 + 1
ACCGCCAAAGCCCGAGAUUUGAGGCUGG------------CUGGC----------GCUGUCAGUGUGUCAGUCCCCGGCCGGCUUAUCUAGCAUUGAUGUAU---UGUGUGUC
.....(((.((...((((...(((((((------------((((.----------((((.(.....).))))..))))))))))))))).)).)))......---........ ( -29.20)
>consensus
ACCGCCAAAGCCCGAGAUUUGAGGCUGCU________GGGCUGGUAGGUUGGU_GGCUGUCAGUGUGUCAGUUCCCAACUGGCUUAUCCAGCAUUGAUGUAUGUUUGGUGGUC
(((((((((((((((...))).))))................................(((((((((((((((...))))))).......))))))))......)))))))). (-25.95 = -26.39 +   0.45)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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