| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 13,154,950 – 13,155,043 |
| Length | 93 |
| Max. P | 0.947176 |
| Location | 13,154,950 – 13,155,043 |
|---|---|
| Length | 93 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 119 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 74.68 |
| Mean single sequence MFE | -29.67 |
| Consensus MFE | -15.95 |
| Energy contribution | -16.12 |
| Covariance contribution | 0.17 |
| Combinations/Pair | 1.14 |
| Mean z-score | -2.09 |
| Structure conservation index | 0.54 |
| SVM decision value | 1.37 |
| SVM RNA-class probability | 0.947176 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 13154950 93 + 27905053 --CUGCC--------------UGCUGUUGGCUACAGUAAUUUAUUGUUUAGCCGGCAAGUUAUUGGGGUUUUAGUGUCGACGACAUUAGGCCUAAGCCGCAGAAGCCUA---------- --((((.--------------.((((((((((((((((...))))))..))))))).........((((((.((((((...)))))))))))).))).)))).......---------- ( -30.50) >DroVir_CAF1 168604 94 + 1 --UGG-U--------------UGCU----GCUACAGUAAUUUAUUGUUUAGCCCGCAAGUUAUUGGGGUCUUAGUGUCGACGACAUUA----UAAGCCGCAAAUGCUUAGCUGUACAAU --.((-(--------------((((----(...)))))))).(((((.((((....((((..(((.(((..(((((((...)))))))----...))).)))..)))).)))).))))) ( -25.80) >DroPse_CAF1 175619 95 + 1 UGCUGGU--------------GGCUGGGGGCUGUAGUAAUUUAUUGUUUAGCCAGCAAGUUAUUGGGGUUUUAGUGUCGACGACAUUAGGGCAAAGCCGCAGAGGCUUA---------- ..(..((--------------((((...((((((((((...)))))..)))))....))))))..).(((((((((((...))))))))))).(((((.....))))).---------- ( -32.30) >DroGri_CAF1 169321 94 + 1 --GGG-U--------------UGCC----GCUGCAGUAAUUUAUUGUUUAGCCCGCAAGUUAUUGGGGUCUUAGUGUCGACGACAUUA----UAAGCCUCAAAUGCUUAGCUACACAAU --(((-(--------------((..----...((((((...)))))).))))))((((((..(((((((..(((((((...)))))))----...)))))))..)))).))........ ( -28.90) >DroWil_CAF1 168642 86 + 1 --CUGUC--------------U-------GCUGUAGUAAUUUAUUGUUUAGCCCGCAAGUUAUUGGGGUUUUAGUGUCGACGACAUUAGGCAUAAGCCACAAAAGCCUA---------- --.((((--------------(-------(.(((.((....(((((...(((((.(((....)))))))).)))))...)).))).)))))).................---------- ( -19.80) >DroPer_CAF1 242123 109 + 1 UGCUGGUGGCUGGUGGCUGGUGGCUGGGGGCUGUAGUAAUUUAUUGUUUAGCCAGCAAGUUAUUGGGGUUUUAGUGUCGACGACAUUAGGGCAAAGCCGCAGAGGCUUA---------- .(((.((((((((((((((.(((((((..((.((((....)))).))))))))).).)))))))...(((((((((((...)))))))))))..))))))...)))...---------- ( -40.70) >consensus __CUG_U______________UGCU____GCUGCAGUAAUUUAUUGUUUAGCCCGCAAGUUAUUGGGGUUUUAGUGUCGACGACAUUAGG_CUAAGCCGCAAAAGCUUA__________ .............................(((((((((...)))))..))))....(((((.(((.((((((((((((...))))))).....))))).))).)))))........... (-15.95 = -16.12 + 0.17)
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