Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,014,092 – 13,014,203 |
Length | 111 |
Max. P | 0.999767 |
Location | 13,014,092 – 13,014,203 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 5 |
Columns | 111 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.78 |
Mean single sequence MFE | -25.26 |
Consensus MFE | -22.32 |
Energy contribution | -22.84 |
Covariance contribution | 0.52 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -2.82 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 4.03 |
SVM RNA-class probability | 0.999767 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 13014092 111 + 27905053 CUGACCAUUAUUUGCAACAAAUUGUUUAGUUUACAGCCAAAUGCUGGUCAUACAAGUGCAUGUUAUAACAAUGUGAGUAAAUACUCUAAACAUAAUUGCAAACAGAAUGAU .....((((.(((((((.....(((((((..((((((.....))))....(((...(((((((....)).))))).)))..))..)))))))...)))))))...)))).. ( -21.50) >DroSec_CAF1 34185 111 + 1 CUGACCAUUAUUUGCAACAAAUUGUUUAGUUUACAGCCAAAUGCUUGUCAUACAAGUGCAUGUUAUAACAAUGUGAGUAAAUACUCUAAACAUAAUUGCAAAUAGAAUGGU ...((((((((((((((.....((((((((((((........(((((.....))))).((((((.....)))))).)))))....)))))))...)))))))))..))))) ( -27.30) >DroSim_CAF1 26597 111 + 1 CUGACCAUUAUUUGCAACAAAUUGUUUAGUUUACAGCCAAAUGCUUGUCAUACAAGUGCAUGUUAUAACAAUGUGAGUAAAUACUCUAAACAUAAUUGCAAAUAGAAUGGU ...((((((((((((((.....((((((((((((........(((((.....))))).((((((.....)))))).)))))....)))))))...)))))))))..))))) ( -27.30) >DroEre_CAF1 34729 111 + 1 CUGACCAUUAUGUGCAACAAACUGUUUAGUUUACAACUAAAUGCCUGUCGCACAAGUGCAUGUUAUAACAAUGUGAGUAAAAACUCUAAGCAUAAUUGCGAACAGAAUGGU ...((((((..............(((((((.....)))))))..((((((((...((((.(((....)))....((((....))))...))))...)))).)))))))))) ( -26.90) >DroYak_CAF1 35423 111 + 1 CUGACCAUUAUUUGCAACAAAUUGUUUAGUUUACAACUAAAUGCUUGUCAUACAAGUGCACGUUAUAACAAUGUGAGUAAAUACUCUAAACAUAAUUGCAAACACAAUGCU .....((((.(((((((.....((((((((((((........(((((.....))))).((((((.....)))))).)))))....)))))))...)))))))...)))).. ( -23.30) >consensus CUGACCAUUAUUUGCAACAAAUUGUUUAGUUUACAGCCAAAUGCUUGUCAUACAAGUGCAUGUUAUAACAAUGUGAGUAAAUACUCUAAACAUAAUUGCAAACAGAAUGGU ...((((((.(((((((.....((((((((((((........(((((.....))))).((((((.....)))))).)))))....)))))))...)))))))...)))))) (-22.32 = -22.84 + 0.52)
Location | 13,014,092 – 13,014,203 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 5 |
Columns | 111 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.78 |
Mean single sequence MFE | -28.88 |
Consensus MFE | -24.60 |
Energy contribution | -24.72 |
Covariance contribution | 0.12 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -3.24 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 3.76 |
SVM RNA-class probability | 0.999593 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 13014092 111 - 27905053 AUCAUUCUGUUUGCAAUUAUGUUUAGAGUAUUUACUCACAUUGUUAUAACAUGCACUUGUAUGACCAGCAUUUGGCUGUAAACUAAACAAUUUGUUGCAAAUAAUGGUCAG (((((..((((((((((..((((((((((....)))).....(((....(((((....)))))..((((.....))))..)))))))))....)))))))))))))))... ( -28.00) >DroSec_CAF1 34185 111 - 1 ACCAUUCUAUUUGCAAUUAUGUUUAGAGUAUUUACUCACAUUGUUAUAACAUGCACUUGUAUGACAAGCAUUUGGCUGUAAACUAAACAAUUUGUUGCAAAUAAUGGUCAG (((((..((((((((((..(((((((....(((((......(((((((.((......)))))))))(((.....)))))))))))))))....)))))))))))))))... ( -29.70) >DroSim_CAF1 26597 111 - 1 ACCAUUCUAUUUGCAAUUAUGUUUAGAGUAUUUACUCACAUUGUUAUAACAUGCACUUGUAUGACAAGCAUUUGGCUGUAAACUAAACAAUUUGUUGCAAAUAAUGGUCAG (((((..((((((((((..(((((((....(((((......(((((((.((......)))))))))(((.....)))))))))))))))....)))))))))))))))... ( -29.70) >DroEre_CAF1 34729 111 - 1 ACCAUUCUGUUCGCAAUUAUGCUUAGAGUUUUUACUCACAUUGUUAUAACAUGCACUUGUGCGACAGGCAUUUAGUUGUAAACUAAACAGUUUGUUGCACAUAAUGGUCAG ((((((......(((..........((((....))))....(((....))))))...((((((((((((.((((((.....))))))..)))))))))))).))))))... ( -30.90) >DroYak_CAF1 35423 111 - 1 AGCAUUGUGUUUGCAAUUAUGUUUAGAGUAUUUACUCACAUUGUUAUAACGUGCACUUGUAUGACAAGCAUUUAGUUGUAAACUAAACAAUUUGUUGCAAAUAAUGGUCAG .((....((((((((((..(((((((..(((..(((....((((((((.((......))))))))))......))).)))..)))))))....))))))))))...))... ( -26.10) >consensus ACCAUUCUGUUUGCAAUUAUGUUUAGAGUAUUUACUCACAUUGUUAUAACAUGCACUUGUAUGACAAGCAUUUGGCUGUAAACUAAACAAUUUGUUGCAAAUAAUGGUCAG (((((..((((((((((..(((((((....(((((......(((((((.((......)))))))))(((.....)))))))))))))))....)))))))))))))))... (-24.60 = -24.72 + 0.12)
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