Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,955,213 – 12,955,318 |
Length | 105 |
Max. P | 0.798469 |
Location | 12,955,213 – 12,955,318 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.14 |
Mean single sequence MFE | -31.47 |
Consensus MFE | -18.59 |
Energy contribution | -18.53 |
Covariance contribution | -0.05 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -1.82 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 0.61 |
SVM RNA-class probability | 0.798469 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12955213 105 + 27905053 CUCAGCAUAUCGUCGUCCCCUUGGAU---CACAGGCUGGGAUAGUUACUGGCAUAGCAGUGACAGUUGCUACAUGGUCCCGAGAUCAUGCUUCUGAUCCAUUCCAGAU ...((((.......(((((((((...---..))))..))))).(((((((......)))))))...)))).(((((((....)))))))..((((........)))). ( -32.00) >DroPse_CAF1 50076 84 + 1 ---------------------UUCAU---CACAGACUGGGAUAGUUGCUGGCAUAGCAGUGGCAGGUCUUGCAGGGUCCGUUUAUCGUGGAUCGAAUCCAGUCCGAGU ---------------------.....---..(.(((((((...((..(((......)))..))...........((((((.......))))))...))))))).)... ( -25.50) >DroSec_CAF1 51959 102 + 1 CUCAGCAUAUCG---UCCCCUUGGAU---CACAGAUUAGGAUAGUUACUAGCAUAGCAGUGACAGUUGCUACAUGGUCCCGAGAUCAUGCUCCUGAUCCAUUCCAGAU ............---.....(((((.---....((((((((..((((((.((...))))))))........(((((((....))))))).))))))))...))))).. ( -28.30) >DroSim_CAF1 51330 102 + 1 CUCAGCAUAUCG---UCCUCUUGGAU---CACAGGUUUGGAUAGUUACUGGCAUAGCAGUGACAUUUGCUACAUGGUCCCGAGAUCAUGCUUCUGAUCCAUUCCAGAU ...((((....(---(((.((((...---..))))...)))).(((((((......)))))))...)))).(((((((....)))))))..((((........)))). ( -30.20) >DroEre_CAF1 45075 102 + 1 CUCAGCUUAUUG---UCCUCUGGGAU---CACAGAUUAGGAUAGUUACUGGCGUAGCAGUGGCAGUUGCUACAUGGUCCCGAGGUCAUGCUCCUAAUCCAUUCCAGAU ............---...((((((((---....((((((((((((.((((.((......)).)))).))))((((..(....)..)))).)))))))).)))))))). ( -34.20) >DroYak_CAF1 43397 105 + 1 CUCAGCUUAUUG---UGUUCUGGGAUGAUAACAGGUUAGGAUAGUUACUGGCGUAGCAGUGACAGUUGCUGCAUGGUCCCGAGGUCAUGCUCCUGAUCCAUUCCAGAU ............---...(((((((((......((((((((..(((((((......))))))).......(((((..(....)..)))))))))))))))))))))). ( -38.60) >consensus CUCAGCAUAUCG___UCCUCUUGGAU___CACAGAUUAGGAUAGUUACUGGCAUAGCAGUGACAGUUGCUACAUGGUCCCGAGAUCAUGCUCCUGAUCCAUUCCAGAU .................................((((((((..(((((((......)))))))........(((((((....))))))).)))))))).......... (-18.59 = -18.53 + -0.05)
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