Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,921,356 – 12,921,448 |
Length | 92 |
Max. P | 0.617093 |
Location | 12,921,356 – 12,921,448 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 110 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 72.43 |
Mean single sequence MFE | -22.45 |
Consensus MFE | -5.74 |
Energy contribution | -6.08 |
Covariance contribution | 0.34 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.26 |
Structure conservation index | 0.26 |
SVM decision value | 0.17 |
SVM RNA-class probability | 0.617093 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12921356 92 - 27905053 --AAUGGAUGUGG-----UA-------UGCUAUGUUCUAUGUGGAUCCCGUACAUA----CAUAUGUAUGUGAGUGGGAAAUACAUAAGAAGAGUGUCCUAUAUUUGACC --...((((((((-----.(-------((((...(..((((((..((((.((((((----(....)))))))...))))..))))))..)..))))).)))))))).... ( -31.10) >DroSec_CAF1 17963 76 - 1 --AAUGGAUGUGG-----UA-------UACGAUGUUCUAUGUGGAUCCCAUACAUA--------U------------GAAAUACAUAAGAAGAGUGUCCUAUAUUUGACC --...((((((((-----.(-------(((....(((((((((..((.........--------.------------))..))))).))))..)))).)))))))).... ( -14.20) >DroSim_CAF1 16658 76 - 1 --AAUGGAUGUGG-----UA-------UACGAUGUUCUAUGUGGAUCCCAUACAUA--------U------------GAAAUACAUAAGAAGAGUGUCCUAUAUUUGACC --...((((((((-----.(-------(((....(((((((((..((.........--------.------------))..))))).))))..)))).)))))))).... ( -14.20) >DroEre_CAF1 9551 96 - 1 --CAUGGAUGUGG-----UA-------UACGAUGUUCUAUGUGGAACACAUAUGUAUAUACGUACAUAUGUGAGUGGGAAAUACAUAGAAAGAGUGUCCUAUAUUUGACC --...((((((((-----.(-------(((....(((((((((...(((((((((((....))))))))))).........)))))))))...)))).)))))))).... ( -30.50) >DroYak_CAF1 9622 95 - 1 --AAUGGAUGUGG-----UAUACGGUAUACGAUGUUCUAUGUGGAUCACAAAUG--------UACAUAUGUGAGUGGGAAAUACAUAAAAAGAGUGUCCUAUAUUUGACC --.........((-----(....((((((.((..(((((((((..((((..(((--------(....))))..))))....)))))....))))..)).))))))..))) ( -18.10) >DroAna_CAF1 9887 87 - 1 UAUAUAGGUGUGUUCCUAUA-------UACGA--UUCUAUGUGGACCAUCC------------ACAUAUGUGAGUUGGGA--ACAUAAAAAGUGUGUCCUAUAUUUGACC .(((((((((((((((((..-------((((.--...(((((((.....))------------)))))))))...)))))--)))))..........)))))))...... ( -26.60) >consensus __AAUGGAUGUGG_____UA_______UACGAUGUUCUAUGUGGAUCACAUACAUA_______ACAUAUGUGAGUGGGAAAUACAUAAAAAGAGUGUCCUAUAUUUGACC ....(((((((((.................((..(((((((((..((..............................))..)))))....))))..)))))))))))... ( -5.74 = -6.08 + 0.34)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:42:11 2006