Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,913,009 – 12,913,129 |
Length | 120 |
Max. P | 0.933702 |
Location | 12,913,009 – 12,913,129 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 97.36 |
Mean single sequence MFE | -54.30 |
Consensus MFE | -52.24 |
Energy contribution | -52.93 |
Covariance contribution | 0.69 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -2.23 |
Structure conservation index | 0.96 |
SVM decision value | 1.23 |
SVM RNA-class probability | 0.933702 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12913009 120 - 27905053 UGGCUGGCAUGGUUGGUGGCCACAUGCUCCUCGUGGCUGUGGUUGUUGCUACUGCUGCUGCAGCUGGCAACCAGCGCGGCGUUAUUUGCAUGGAAUGAUUCACGUUGGCUGCUGCGGCGC ..((..((...))..)).(((.((.((.((.((((((((((.(.(((((((((((....)))).))))))).).))))))(((((((.....))))))).))))..))..)))).))).. ( -48.20) >DroSec_CAF1 9613 120 - 1 UGGCUGGCAUGGUUGGUGGCCACAUGCUCCUCGUGGCUGUGGUUGUUGCUACUGCUGCUGCAGCUGGCAGCCAGCGCGGCGUUAGUUGCAUGGAAUGAUUCACGUUGGCUGCUGCGGCGC .(((.((((((((.((..((((((.(((......)))))))))..)))))).)))))))((.((.(((((((((((((((....))))).((((....)))).)))))))))))).)).. ( -54.50) >DroEre_CAF1 1485 120 - 1 UGGCUGGCAUGGUUGGUGGCCACAUGCUCCUCGUGGCUGUGGUUGUUACUACUGCUGCUGCUGCUGGCAGCCAGCGCGGCGUUAGUUGCAUGGAAUGAUUCUCGUUGGCUGCUGCGGCGC .(((.((((((((.((..((((((.(((......)))))))))..)))))).)))))))(((((.(((((((((((((((....)))))..(((.....))).))))))))))))))).. ( -58.50) >DroYak_CAF1 1485 120 - 1 UGGCUGGCAUGGUUGGUGGCCACAUGCUCCUCGUGGCUGUGGUUGUUGCUACUGCUGCUGCUGCUGGCAGCCAGCGCGGCGUUAGUUGCAUGGAAUGAUUCACGUUGGUUGCUGCGGCGC .(((.((((((((.((..((((((.(((......)))))))))..)))))).)))))))(((((.(((((((((((((((....))))).((((....)))).))))))))))))))).. ( -56.00) >consensus UGGCUGGCAUGGUUGGUGGCCACAUGCUCCUCGUGGCUGUGGUUGUUGCUACUGCUGCUGCAGCUGGCAGCCAGCGCGGCGUUAGUUGCAUGGAAUGAUUCACGUUGGCUGCUGCGGCGC .(((.((((((((.((..((((((.(((......)))))))))..)))))).)))))))(((((.(((((((((((((((....)))))..(((....)))..))))))))))))))).. (-52.24 = -52.93 + 0.69)
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