Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,893,559 – 12,893,700 |
Length | 141 |
Max. P | 0.994204 |
Location | 12,893,559 – 12,893,662 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.54 |
Mean single sequence MFE | -27.05 |
Consensus MFE | -18.98 |
Energy contribution | -18.85 |
Covariance contribution | -0.13 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -2.72 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 2.46 |
SVM RNA-class probability | 0.994204 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12893559 103 + 27905053 CAAAUGAACCCAUAAACAGACUCUGUGGGUUUGUGCACUAAUAUAUGUUCAUAU--------AUACA---------CACAGCCAGCCGAGCGGGCCGAUAUACAUACAUAUGCGCAAAUG .....(((((((((.........)))))))))(((((......(((((...(((--------((...---------....(((.((...)).)))..)))))...))))))))))..... ( -24.00) >DroSec_CAF1 11165 100 + 1 CAAAUGAACCCAUAAACAGACUCUGUGGGUUUGUGCACUA---UAUAUACAUAU--------AUAUA---------CACAUACAGCCGAGCGGGCAGAUAUACAUACAUAUGCGCAAAUG .....(((((((((.........)))))))))(((((.((---(((((....))--------)))))---------........(((.....)))...............)))))..... ( -23.60) >DroSim_CAF1 10177 104 + 1 CAAAUGAACCCAUAAACAGACUCUGUGGGUUUGUGCACUA---UAUACACAUAUAUGU----AUAUA---------CACGUACAGCCGAGCGGGCCGAUAUACAUACAUAUGCGCAAAUG .....(((((((((.........)))))))))(((((.((---((((((......)))----)))))---------...((((.(((.....))).)...))).......)))))..... ( -26.10) >DroYak_CAF1 11439 113 + 1 CAAAUGAACCCAUAAACAGACUCUGUGGGUUUGCGUACUA---UAUAUACAGACAUACAUACAUAUGUAUGUAUAUCAAACAGAGCCGAGCAGGCUGAUAUACA----UAUGCGCAAAUG .....(((((((((.........)))))))))(((((.((---(.((((..((.((((((((....)))))))).))......((((.....))))..)))).)----)))))))..... ( -34.50) >consensus CAAAUGAACCCAUAAACAGACUCUGUGGGUUUGUGCACUA___UAUAUACAUAU________AUAUA_________CACAUACAGCCGAGCGGGCCGAUAUACAUACAUAUGCGCAAAUG .....(((((((((.........)))))))))((((................................................(((.....)))..((((......))))))))..... (-18.98 = -18.85 + -0.13)
Location | 12,893,559 – 12,893,662 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.54 |
Mean single sequence MFE | -30.90 |
Consensus MFE | -16.22 |
Energy contribution | -17.29 |
Covariance contribution | 1.06 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.66 |
Structure conservation index | 0.52 |
SVM decision value | 0.81 |
SVM RNA-class probability | 0.855506 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12893559 103 - 27905053 CAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCGGCCCGCUCGGCUGGCUGUG---------UGUAU--------AUAUGAACAUAUAUUAGUGCACAAACCCACAGAGUCUGUUUAUGGGUUCAUUUG ....((((((((((((((((((((((((.((...)).))))).)---------)))))--------))....))))))....)))))..((((((.(((.....))).))))))...... ( -29.00) >DroSec_CAF1 11165 100 - 1 CAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCUGCCCGCUCGGCUGUAUGUG---------UAUAU--------AUAUGUAUAUA---UAGUGCACAAACCCACAGAGUCUGUUUAUGGGUUCAUUUG ....(((((((((((((((((((.((((.((......))..).)---------)).))--------)))))))))))---).)))))..((((((.(((.....))).))))))...... ( -26.30) >DroSim_CAF1 10177 104 - 1 CAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCGGCCCGCUCGGCUGUACGUG---------UAUAU----ACAUAUAUGUGUAUA---UAGUGCACAAACCCACAGAGUCUGUUUAUGGGUUCAUUUG .........(((((((((((((((((((.....)))))...)))---------)))))----)))))).(((((((.---..)))))))((((((.(((.....))).))))))...... ( -32.20) >DroYak_CAF1 11439 113 - 1 CAUUUGCGCAUA----UGUAUAUCAGCCUGCUCGGCUCUGUUUGAUAUACAUACAUAUGUAUGUAUGUCUGUAUAUA---UAGUACGCAAACCCACAGAGUCUGUUUAUGGGUUCAUUUG ...(((((..((----(((((((.((((.....))))......(((((((((((....))))))))))).)))))))---))...)))))(((((.(((.....))).)))))....... ( -36.10) >consensus CAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCGGCCCGCUCGGCUGUAUGUG_________UAUAU________AUAUGUAUAUA___UAGUGCACAAACCCACAGAGUCUGUUUAUGGGUUCAUUUG ....(((((.....((((((((((((((.....)))))..............................))))))))).....)))))..((((((.(((.....))).))))))...... (-16.22 = -17.29 + 1.06)
Location | 12,893,599 – 12,893,700 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 4 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.57 |
Mean single sequence MFE | -31.50 |
Consensus MFE | -18.61 |
Energy contribution | -19.93 |
Covariance contribution | 1.31 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -2.33 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 1.12 |
SVM RNA-class probability | 0.918440 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12893599 101 - 27905053 ACAGACCGGCGUCGCGUAUUCUGUAUGUGUGUGGUAUUCAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCGGCCCGCUCGGCUGGCUGUG---------UGUAU--------AUAUGAACAUAUAU (((((...(((...)))..)))))((((((((.(((......))).((((((((..((((((((((.....)))))).))))---------..)))--------))))).)))))))) ( -33.00) >DroSec_CAF1 11205 98 - 1 ACAGACCGGCGACGCGUAUUCUGUAUUUGUGUGGUAUUCAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCUGCCCGCUCGGCUGUAUGUG---------UAUAU--------AUAUGUAUAUA--- ((((.((((((.((.((((...((((.((((..(.......)..))))...))))..)))).))..))).))))))).((((---------((((.--------...))))))))--- ( -25.50) >DroSim_CAF1 10217 102 - 1 ACAGACCGGCGACGCGUAUUCUGUAUGUGUGUGGUAUUCAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCGGCCCGCUCGGCUGUACGUG---------UAUAU----ACAUAUAUGUGUAUA--- ....((((.(.((((((((...))))))))))))).......((((((((((((((((((((((((.....)))))...)))---------)))))----)))..))))))))..--- ( -34.30) >DroYak_CAF1 11479 111 - 1 ACAGACCGGCGACGCGUAUUCUGUAUUUGAGUGGUAUUCAUUUGCGCAUA----UGUAUAUCAGCCUGCUCGGCUCUGUUUGAUAUACAUACAUAUGUAUGUAUGUCUGUAUAUA--- (((((((((((..((..((((.......))))(((((.(((........)----)).))))).)).))).))).)))))..(((((((((((....)))))))))))........--- ( -33.20) >consensus ACAGACCGGCGACGCGUAUUCUGUAUGUGUGUGGUAUUCAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCGGCCCGCUCGGCUGUAUGUG_________UAUAU________AUAUGUAUAUA___ .(((.((((((..((((((.(..((((((((..(.......)..))))))))...).))))..)).))).)))))).......................................... (-18.61 = -19.93 + 1.31)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:41:51 2006