Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,841,495 – 12,841,587 |
Length | 92 |
Max. P | 0.509403 |
Location | 12,841,495 – 12,841,587 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 103 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.01 |
Mean single sequence MFE | -23.73 |
Consensus MFE | -18.91 |
Energy contribution | -18.17 |
Covariance contribution | -0.75 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -1.96 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | -0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.509403 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12841495 92 - 27905053 ACCGUAAUCUA--UAUUAAAAUGUGUAAUUUAGAGCAGUUUUGCAAACCGGUAUGUGCUUUAAGUACGCAGAGCUAUUGUGCUUCAUAAUUGGC--------- .(((.......--........((((((.(((((((((....(((......)))..)))))))))))))))((((......))))......))).--------- ( -20.40) >DroSec_CAF1 10788 92 - 1 ACCGUAAUCUA--UAUUAAAAUGUGUAAUUUAGAGCAGUUUUGCAAACCGGUAUGUGCUUUAAGUACGCGGAGCUAUUGUGCUUCAUAAUUGCC--------- ...(((((.((--(........(((((.(((((((((....(((......)))..))))))))))))))(((((......))))))))))))).--------- ( -23.70) >DroSim_CAF1 10969 92 - 1 ACCGUAAUCUA--UAUUAAAAUGUGUAAUUUAGAGCAGUUUUGCAAACCGGUAUGUGCUUUAAGUACGCGGAGCUAUUGUGCUUCAUAAUUGCC--------- ...(((((.((--(........(((((.(((((((((....(((......)))..))))))))))))))(((((......))))))))))))).--------- ( -23.70) >DroEre_CAF1 10959 92 - 1 ACCGUAAUCUA--UAUUAAAAUGUGUAAUUUGGAGCAGUUUUGCAAACCGGUAUGUGCUUUAAGUACGUGGAGCUAUUGUGCUUCAUAAUUGGC--------- .(((.(((.((--(((......))))))))))).((......))...(((((..((((.....))))(((((((......))))))).))))).--------- ( -20.90) >DroYak_CAF1 10849 92 - 1 ACCGUAAUCUA--UAUUAAAAUGUGUAAUUUAGAGCAGUUUUGCAAACCGGUAUGUGCUUUAAGUACGUGGAGCUAUUGUGCUCCAUAAUUGGC--------- ((((...((((--.((((.......)))).))))((......))....))))..((((.....))))(((((((......))))))).......--------- ( -24.00) >DroAna_CAF1 11134 103 - 1 ACCGUAAUUUAUAUAUUAAAAUGCGUAAUUUAGAGCACACAGGUAAACUGGUAUGUGCUUUAAGUACGUGAAGUUAUCAAGCUUCGCAAUUAGCAGCCUCUAG .....................((((((.((((((((((((((.....)))...))))))))))))))((((((((....)))))))).....)))........ ( -29.70) >consensus ACCGUAAUCUA__UAUUAAAAUGUGUAAUUUAGAGCAGUUUUGCAAACCGGUAUGUGCUUUAAGUACGCGGAGCUAUUGUGCUUCAUAAUUGGC_________ ......................(((((.(((((((((....(((......)))..))))))))))))))(((((......))))).................. (-18.91 = -18.17 + -0.75)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:41:04 2006