Locus 4859

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 12,758,801 – 12,758,942
Length 141
Max. P 0.999628
window7959 window7960 window7961

overview

Window 9

Location 12,758,801 – 12,758,902
Length 101
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.30
Mean single sequence MFE -42.47
Consensus MFE -39.17
Energy contribution -39.33
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.38
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 1.63
SVM RNA-class probability 0.968448
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12758801 101 - 27905053
GCGCUCUCUACGACCCCCACGAUGUCUCGGCAGUCGGGUCGCACGCCGCUGCCGGGGCGUGGUGGGGGC---AUCACACA----CACACCCACACCCA------CGUACC------CACC
...........(.(((((((.((((((((((((.(((........))))))))))))))).))))))))---........----..............------......------.... ( -44.90)
>DroVir_CAF1 157753 98 - 1
GCGCUCUUUACGACCCCCACGAUGUCUCGGCAGUCGGGUCGCACGCCGCUGCCGGGGCUUGGUGGGGGCCACAUCAUACA------CAUCCACAUCCGCACCCC----------------
(((.((.....))(((((((.(.((((((((((.(((........))))))))))))).).)))))))............------..........))).....---------------- ( -42.20)
>DroGri_CAF1 220126 102 - 1
GCGCUCUCUACGACCCCCACGAUGUCUCGGCAGUCGGGUCGCACGCCGCUGCCGGGGCUUGGUGGGGGCCACAUCACACA------CACCCACAUCCC---CCACAUCCGC---------
...........(.(((((((.(.((((((((((.(((........))))))))))))).).))))))).)..........------............---..........--------- ( -41.00)
>DroWil_CAF1 176870 105 - 1
GCGCUCUCUACGACCCCCACGAUGUCUCGGCAGUCGGGUCGCACGCCGCUGCCGGGGCUUGGUGGGGGC---AUCAUACACACCCACAUCCACACCCA------CAUCCC------CAUC
...........(.(((((((.(.((((((((((.(((........))))))))))))).).))))))))---..........................------......------.... ( -41.00)
>DroMoj_CAF1 164466 114 - 1
GCGCUCUCUACGACCCCCACGAUGUCUCGGCAGUCGGGUCGCACGCCACUGCCGGGGCUUGGUGGGGGCCGCAUCAUACA------CAUCCUCAUCCACAUCCACAUCCACACCCCCACC
..........((.(((((((.(.(((((((((((.((........))))))))))))).).))))))).)).........------.................................. ( -40.80)
>DroAna_CAF1 120959 104 - 1
GCGCUUUAUACGACCCCCACGAUGUCUCGGCAGUCGGGUCGCACGCCGCUGCCGGGGCGUGGUGGGGGC---ACCACACAC-CACACACCCACUCCCA------CACCCC------CACG
...........(.(((((((.((((((((((((.(((........))))))))))))))).))))))))---.........-................------......------.... ( -44.90)
>consensus
GCGCUCUCUACGACCCCCACGAUGUCUCGGCAGUCGGGUCGCACGCCGCUGCCGGGGCUUGGUGGGGGC___AUCACACA______CACCCACACCCA______CAUCCC______CACC
.............(((((((.(.((((((((((.(((........))))))))))))).).))))))).................................................... (-39.17 = -39.33 +   0.17)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 0

Location 12,758,825 – 12,758,942
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.01
Mean single sequence MFE -59.10
Consensus MFE -56.65
Energy contribution -56.52
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 3.81
SVM RNA-class probability 0.999628
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12758825 117 + 27905053
UGUGUGAU---GCCCCCACCACGCCCCGGCAGCGGCGUGCGACCCGACUGCCGAGACAUCGUGGGGGUCGUAGAGAGCGCACGCCAGCGGGAUGGUUGGGGUUUGGGGGAGGGGUGGAAU
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>DroVir_CAF1 157771 120 + 1
UGUAUGAUGUGGCCCCCACCAAGCCCCGGCAGCGGCGUGCGACCCGACUGCCGAGACAUCGUGGGGGUCGUAAAGAGCGCACGCCAGCGGGAUGGUUGGGGUUUGGGGAAGGGGUGGAAU
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>DroPse_CAF1 142541 117 + 1
UGUGUGAU---GCCCCCACCACGCCCCGGCAGCGGCGUGCGACCCGACUGCCGAGACAUCGUGGGGGUCGUAGAGAGCGCACGCCAGCGGGAUGGUUGGGGUUUGGGGGAGGGGUGGAAU
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>DroSim_CAF1 135603 117 + 1
NNNNNNNU---GCCCCCACCACGCCCCGGCAGCGGCGUGCGACCCGACUGCCGAGACAUCGUGGGGGUCGUAGAGAGCGCACGCCAGCGGGAUGGUUGGGGUUUGGGGGAGGGGUGGAAU
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>DroMoj_CAF1 164500 120 + 1
UGUAUGAUGCGGCCCCCACCAAGCCCCGGCAGUGGCGUGCGACCCGACUGCCGAGACAUCGUGGGGGUCGUAGAGAGCGCACGCCAGCGGGAUGGUUGGGGUUUGGGGGAGGGGUGGAAU
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>DroPer_CAF1 149292 117 + 1
UGUGUGAU---GCCCCCACCACGCCCCGGCAGCGGCGUGCGACCCGACUGCCGAGACAUCGUGGGGGUCGUAGAGAGCGCACGCCAGCGGGAUGGUUGGGGUUUGGGGGAGGGGUGGAAU
....(.((---.(((((.(((.((((((((.((((((((((..((((((.(((.(....).))).)))))....)..)))))))).))......)))))))).)))))).)).)).)... ( -58.20)
>consensus
UGUGUGAU___GCCCCCACCACGCCCCGGCAGCGGCGUGCGACCCGACUGCCGAGACAUCGUGGGGGUCGUAGAGAGCGCACGCCAGCGGGAUGGUUGGGGUUUGGGGGAGGGGUGGAAU
...........(((((..(((.((((((((.((((((((((..((((((.(((.(....).))).)))))....)..)))))))).))......)))))))).)))....)))))..... (-56.65 = -56.52 +  -0.14)

alignment

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secondary structure

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Window 1

Location 12,758,825 – 12,758,942
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.01
Mean single sequence MFE -46.90
Consensus MFE -44.90
Energy contribution -45.40
Covariance contribution 0.50
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 3.20
SVM RNA-class probability 0.998734
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12758825 117 - 27905053
AUUCCACCCCUCCCCCAAACCCCAACCAUCCCGCUGGCGUGCGCUCUCUACGACCCCCACGAUGUCUCGGCAGUCGGGUCGCACGCCGCUGCCGGGGCGUGGUGGGGGC---AUCACACA
...............................(((......)))........(.(((((((.((((((((((((.(((........))))))))))))))).))))))))---........ ( -48.00)
>DroVir_CAF1 157771 120 - 1
AUUCCACCCCUUCCCCAAACCCCAACCAUCCCGCUGGCGUGCGCUCUUUACGACCCCCACGAUGUCUCGGCAGUCGGGUCGCACGCCGCUGCCGGGGCUUGGUGGGGGCCACAUCAUACA
......(((((...((((.((((...((....((.((((((((.......)(((((......(((....)))...))))))))))))))))..)))).)))).)))))............ ( -44.80)
>DroPse_CAF1 142541 117 - 1
AUUCCACCCCUCCCCCAAACCCCAACCAUCCCGCUGGCGUGCGCUCUCUACGACCCCCACGAUGUCUCGGCAGUCGGGUCGCACGCCGCUGCCGGGGCGUGGUGGGGGC---AUCACACA
...............................(((......)))........(.(((((((.((((((((((((.(((........))))))))))))))).))))))))---........ ( -48.00)
>DroSim_CAF1 135603 117 - 1
AUUCCACCCCUCCCCCAAACCCCAACCAUCCCGCUGGCGUGCGCUCUCUACGACCCCCACGAUGUCUCGGCAGUCGGGUCGCACGCCGCUGCCGGGGCGUGGUGGGGGC---ANNNNNNN
...............................(((......)))........(.(((((((.((((((((((((.(((........))))))))))))))).))))))))---........ ( -48.00)
>DroMoj_CAF1 164500 120 - 1
AUUCCACCCCUCCCCCAAACCCCAACCAUCCCGCUGGCGUGCGCUCUCUACGACCCCCACGAUGUCUCGGCAGUCGGGUCGCACGCCACUGCCGGGGCUUGGUGGGGGCCGCAUCAUACA
...........((((((....((((...(((((((((((((((.......)(((((......(((....)))...)))))))))))))..).))))).))))))))))............ ( -44.60)
>DroPer_CAF1 149292 117 - 1
AUUCCACCCCUCCCCCAAACCCCAACCAUCCCGCUGGCGUGCGCUCUCUACGACCCCCACGAUGUCUCGGCAGUCGGGUCGCACGCCGCUGCCGGGGCGUGGUGGGGGC---AUCACACA
...............................(((......)))........(.(((((((.((((((((((((.(((........))))))))))))))).))))))))---........ ( -48.00)
>consensus
AUUCCACCCCUCCCCCAAACCCCAACCAUCCCGCUGGCGUGCGCUCUCUACGACCCCCACGAUGUCUCGGCAGUCGGGUCGCACGCCGCUGCCGGGGCGUGGUGGGGGC___AUCACACA
...............................(((......)))..........(((((((.((((((((((((.(((........))))))))))))))).)))))))............ (-44.90 = -45.40 +   0.50)

alignment

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