Locus 4842

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	12,681,981 – 12,682,095
Length	114
Max. P	0.997711

overview

Window 2

Location	12,681,981 – 12,682,095
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.16
Mean single sequence MFE	-37.22
Consensus MFE	-32.33
Energy contribution	-32.19
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-3.31
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	2.40
SVM RNA-class probability	0.993459
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12681981 114 + 27905053
CGAUUCUGUGCGACCUCGUAAACGUAUACUGAAUGUAUCCUGAGUGUAUCCUAUCCGGUAUACCUUCAGUAUACGUAACACGAGAGAGCACUAACAACGUGGGAUGU--GAA----ACAC
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>DroVir_CAF1 57046 114 + 1
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>DroPse_CAF1 58387 114 + 1
UGAACCUGUGCGACUUCGUAUACGUAUACUGAAUGUAUCCUGAGUGUAUCCUAUCCGGUAUACCUUCAGUAUACGUAACACGAGGAAACACCAGCAACGCGGGAUAC--GUC----GAAC
....((((((.....((((.(((((((((((((.((((.(((..((.....))..))).)))).)))))))))))))..))))(....)........))))))....--...----.... ( -37.80)
>DroGri_CAF1 101711 118 + 1
AGAACCUGUGCAACUUCGUAUACGUAUACUGAAUGUAUCCUGAGUGUAUCCUAUCCGGUAUACCUUCAGUAUACGUAACACGAGGAAACACCAGCAACGCGGGAUGU--GUUUUGUAUAU
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>DroWil_CAF1 79819 116 + 1
UGAAUCUGUGCAACUUCGUAUACGUAUACUGAAUGUAUCCUGAGUGUAUGCUAUCCGGUAUACCUUCAGUAUACGUAACACGAUGAAACACCAACAACGCGGGAUGUGUGAA----ACAC
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>DroAna_CAF1 45803 113 + 1
UGAUUUUGUGCAACUUCGUAUACGUAUACUGAAUGUAUCCUGAGUGUAUCCUAUCCGGUAUACCUUCAGUAUACGUAACACGAGGUAACACCUUCAACGCGGGACGU--GAA----A-AC
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>consensus
UGAACCUGUGCAACUUCGUAUACGUAUACUGAAUGUAUCCUGAGUGUAUCCUAUCCGGUAUACCUUCAGUAUACGUAACACGAGGAAACACCAGCAACGCGGGAUGU__GAA____ACAC
....((((((...((((((.(((((((((((((.((((.(((..((.....))..))).)))).)))))))))))))..))))))............))))))................. (-32.33 = -32.19 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	12,681,981 – 12,682,095
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.16
Mean single sequence MFE	-39.52
Consensus MFE	-34.98
Energy contribution	-35.12
Covariance contribution	0.14
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-3.67
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	2.91
SVM RNA-class probability	0.997711
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12681981 114 - 27905053
GUGU----UUC--ACAUCCCACGUUGUUAGUGCUCUCUCGUGUUACGUAUACUGAAGGUAUACCGGAUAGGAUACACUCAGGAUACAUUCAGUAUACGUUUACGAGGUCGCACAGAAUCG
..(.----(((--(((........)))..((((..(((((((..((((((((((((.((((.((.((..(....)..)).)))))).)))))))))))).)))))))..)))).))).). ( -39.80)
>DroVir_CAF1 57046 114 - 1
AUAU----CAC--ACAUCCCGCGUCGCUGGUGUUUCCUCGUGUUACGUAUACUGAAGGUAUACCGGAUAGGAUACACUCAGGAUACAUUCAGUAUACGUAUACGAAGUUGCACAGGCUCU
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>DroPse_CAF1 58387 114 - 1
GUUC----GAC--GUAUCCCGCGUUGCUGGUGUUUCCUCGUGUUACGUAUACUGAAGGUAUACCGGAUAGGAUACACUCAGGAUACAUUCAGUAUACGUAUACGAAGUCGCACAGGUUCA
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>DroGri_CAF1 101711 118 - 1
AUAUACAAAAC--ACAUCCCGCGUUGCUGGUGUUUCCUCGUGUUACGUAUACUGAAGGUAUACCGGAUAGGAUACACUCAGGAUACAUUCAGUAUACGUAUACGAAGUUGCACAGGUUCU
...........--............(((.((((..(.((((((.((((((((((((.((((.((.((..(....)..)).)))))).)))))))))))))))))).)..)))).)))... ( -37.70)
>DroWil_CAF1 79819 116 - 1
GUGU----UUCACACAUCCCGCGUUGUUGGUGUUUCAUCGUGUUACGUAUACUGAAGGUAUACCGGAUAGCAUACACUCAGGAUACAUUCAGUAUACGUAUACGAAGUUGCACAGAUUCA
(((.----....))).....(.(((....((((..(.((((((.((((((((((((.((((.((.((..........)).)))))).)))))))))))))))))).)..)))).))).). ( -37.80)
>DroAna_CAF1 45803 113 - 1
GU-U----UUC--ACGUCCCGCGUUGAAGGUGUUACCUCGUGUUACGUAUACUGAAGGUAUACCGGAUAGGAUACACUCAGGAUACAUUCAGUAUACGUAUACGAAGUUGCACAAAAUCA
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>consensus
GUAU____UAC__ACAUCCCGCGUUGCUGGUGUUUCCUCGUGUUACGUAUACUGAAGGUAUACCGGAUAGGAUACACUCAGGAUACAUUCAGUAUACGUAUACGAAGUUGCACAGAUUCA
.........................(((.((((..(.((((((.((((((((((((.((((.((.((..(....)..)).)))))).)))))))))))))))))).)..)))).)))... (-34.98 = -35.12 +   0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

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