Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,652,175 – 12,652,270 |
Length | 95 |
Max. P | 0.873354 |
Location | 12,652,175 – 12,652,270 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 101 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.67 |
Mean single sequence MFE | -33.23 |
Consensus MFE | -21.77 |
Energy contribution | -24.13 |
Covariance contribution | 2.36 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -2.24 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 0.88 |
SVM RNA-class probability | 0.873354 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12652175 95 - 27905053 GGCCAUUUGCAUAUUAG-----UACUACUGUAUGGGCACUCCAUGUGCAUGUACAGUGAACCCUGCUGUGCGUG-GGCGUGUUCGGGAUUAGUGUGCAAUU ......(((((((((((-----(..((((((((..((((.....))))..))))))))...((((..(..((..-..))..).)))))))))))))))).. ( -36.60) >DroVir_CAF1 19168 76 - 1 GGCCAUUUGCAUAC--GC----------------------CCAUGAGCAAGAGCUGGGA-CCUCGCCGCGGGCGUAUCGUUUACGGAAUUAGUGACAAAUU ..((.(..((((((--((----------------------((...(((....)))(((.-...).))..)))))))).))..).))............... ( -20.60) >DroSec_CAF1 28632 95 - 1 GGCCAUUUGCAUAUUAG-----UACUACUGUAUGGGCACUCCAUGUGCAUGUACAGUGAACCCUGCUGCGCGUG-GGCGUGUUCAGGAUUAGUGUGCAAUU ......(((((((((((-----(..((((((((..((((.....))))..))))))))...((((..(((((..-..))))).)))))))))))))))).. ( -40.20) >DroSim_CAF1 26640 95 - 1 GGCCAUUUGCAUAUUAG-----UACUACUGUAUGGGCACUCCAUGUGCAUGUACAGUGAACCCUGCUGUGCGUG-GGCGUGUUCAGGAUUAGUGUGCAAUU ......(((((((((((-----(..((((((((..((((.....))))..))))))))...((((..(..((..-..))..).)))))))))))))))).. ( -37.30) >DroEre_CAF1 31968 95 - 1 GGCCAUUUGCAUAUUAG-----UACUACUGUAUGGGCACUCGACGGGCAUGUACAGUGAACCCUGCUGUGCGUG-GGCGUGUUCGGGAUUAGUGCGCAAUU .(((((((((......(-----(((....))))..)))(((((((.(((((((((((.......))))))))).-.)).)).)))))...)))).)).... ( -29.00) >DroYak_CAF1 20635 100 - 1 GGCCAUUUGCAUAUUAGUAUGGUACUACUGUAUGGGCACUCCGUGUGCAUGUACAGUGAACCCUGCUGUGCGAG-GGCGUGUUCGGGAUUAGUGUGCAAUU ......((((((((((((.......((((((((..((((.....))))..))))))))...((((..(..((..-..))..).)))))))))))))))).. ( -35.70) >consensus GGCCAUUUGCAUAUUAG_____UACUACUGUAUGGGCACUCCAUGUGCAUGUACAGUGAACCCUGCUGUGCGUG_GGCGUGUUCGGGAUUAGUGUGCAAUU ......(((((((((((........(((((((((.((((.....)))).)))))))))...((((..((((.....))))...)))).))))))))))).. (-21.77 = -24.13 + 2.36)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:40:02 2006