Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,576,902 – 12,577,006 |
Length | 104 |
Max. P | 0.987199 |
Location | 12,576,902 – 12,577,006 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 104 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.88 |
Mean single sequence MFE | -29.53 |
Consensus MFE | -15.13 |
Energy contribution | -17.00 |
Covariance contribution | 1.87 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -3.05 |
Structure conservation index | 0.51 |
SVM decision value | 2.07 |
SVM RNA-class probability | 0.987199 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12576902 104 + 27905053 AUCGGACACCACAUACCCAAUAGUAUGUUCCGAUAGAAUGCGAUCCACGAUUGUUCCAUUCUGGUGAAUCACCUUCUCGAGAAUGCGAUUCAUUAUUUUAAGUG ((((((....((((((......))))))))))))(((((((((((...)))))...))))))((((((((.(.(((....))).).)))))))).......... ( -27.90) >DroVir_CAF1 70538 100 + 1 AUCAGAGACCACAUAGCCCAGUGUAUUCUCAGCUGUAAUGCGAUCCGUGUUGGCAGCGUGUCUGUGGAUCACAUCCUCCAGCACGCGAUUCAUUGUGGC----U ....((((..((((......))))..))))(((..(((((.((((((((((((.((.(((((....)).)))...)))))))))).)))))))))..))----) ( -37.10) >DroSim_CAF1 65679 104 + 1 AUCGGACACCACAUACCCAAUAGUAUGUUCCGAUAGAAUGCGAUCCACGAUGGUUCCAUUCUGGUGAAUCACCUUCUCGAGAAUGCGAUUCAUUAUUUCAAGUG ((((((....((((((......))))))))))))((((((.((.((.....)).))))))))((((((((.(.(((....))).).)))))))).......... ( -31.00) >DroEre_CAF1 64348 104 + 1 AUCGGACACCACAUACCCUAUAGUAUGUUCCGAUAGAAUGCGAUCCACGAUCGUUCCAUUCUGGUGAAUCACCUUCUCCAGAAUCCGAUUCAUUAUUUCAAAAG ((((((....((((((......)))))))))))).((((((((((...))))))...(((((((.(((.....))).)))))))...))))............. ( -29.00) >DroWil_CAF1 37057 104 + 1 AUCCGAGACCACAUAGCCCAUUGUGUUCUCAGAUGUAAUACGCUCCACCAUCGGUUUAUUCUUGCGGAUCACAUCUUCCAGAAUGCGAUUCAUUUUAUUGCCUU ....((((.((((........)))).))))((((((.((.(((.((......)).........))).)).))))))........(((((.......)))))... ( -21.80) >DroYak_CAF1 64665 104 + 1 AUCGGACACCACAUACCCUAUGGUAUGUUCCGAUAGAAUGCGAUCCACGAUUGUUCCAUUCUGGUGAAUUACCUUCUCCAGAAUACGAUUCAUUAUUUCAAGUG ((((((....(((((((....))))))))))))).((((((((((...))))))...(((((((.(((.....))).)))))))...))))............. ( -30.40) >consensus AUCGGACACCACAUACCCAAUAGUAUGUUCCGAUAGAAUGCGAUCCACGAUCGUUCCAUUCUGGUGAAUCACCUUCUCCAGAAUGCGAUUCAUUAUUUCAAGUG ((((((....((((((......))))))))))))((((((.(((........))).))))))((((((((.(.(((....))).).)))))))).......... (-15.13 = -17.00 + 1.87)
Location | 12,576,902 – 12,577,006 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 104 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.88 |
Mean single sequence MFE | -30.86 |
Consensus MFE | -15.88 |
Energy contribution | -17.49 |
Covariance contribution | 1.62 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -2.18 |
Structure conservation index | 0.51 |
SVM decision value | 0.77 |
SVM RNA-class probability | 0.845907 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12576902 104 - 27905053 CACUUAAAAUAAUGAAUCGCAUUCUCGAGAAGGUGAUUCACCAGAAUGGAACAAUCGUGGAUCGCAUUCUAUCGGAACAUACUAUUGGGUAUGUGGUGUCCGAU ............((((((((.(((....))).))))))))..((((((((.((....))..)).))))))(((((((((((((....)))))))....)))))) ( -30.10) >DroVir_CAF1 70538 100 - 1 A----GCCACAAUGAAUCGCGUGCUGGAGGAUGUGAUCCACAGACACGCUGCCAACACGGAUCGCAUUACAGCUGAGAAUACACUGGGCUAUGUGGUCUCUGAU .----.............((((((((..((((...)))).))).)))))......((.(((((((((...((((.((......)).))))))))))))).)).. ( -33.30) >DroSim_CAF1 65679 104 - 1 CACUUGAAAUAAUGAAUCGCAUUCUCGAGAAGGUGAUUCACCAGAAUGGAACCAUCGUGGAUCGCAUUCUAUCGGAACAUACUAUUGGGUAUGUGGUGUCCGAU ............((((((((.(((....))).))))))))..((((((((.((.....)).)).))))))(((((((((((((....)))))))....)))))) ( -33.50) >DroEre_CAF1 64348 104 - 1 CUUUUGAAAUAAUGAAUCGGAUUCUGGAGAAGGUGAUUCACCAGAAUGGAACGAUCGUGGAUCGCAUUCUAUCGGAACAUACUAUAGGGUAUGUGGUGUCCGAU ...............((((((((((((((((.(((((((((...............))))))))).)))).)))))(((((((....)))))))...))))))) ( -32.66) >DroWil_CAF1 37057 104 - 1 AAGGCAAUAAAAUGAAUCGCAUUCUGGAAGAUGUGAUCCGCAAGAAUAAACCGAUGGUGGAGCGUAUUACAUCUGAGAACACAAUGGGCUAUGUGGUCUCGGAU ...((...........(((((((......)))))))(((((..(.......)....))))))).......((((((((.((((........)))).)))))))) ( -27.10) >DroYak_CAF1 64665 104 - 1 CACUUGAAAUAAUGAAUCGUAUUCUGGAGAAGGUAAUUCACCAGAAUGGAACAAUCGUGGAUCGCAUUCUAUCGGAACAUACCAUAGGGUAUGUGGUGUCCGAU ....((..((.((((.((.((((((((.(((.....))).))))))))))....))))..))..))....(((((((((((((....)))))))....)))))) ( -28.50) >consensus CACUUGAAAUAAUGAAUCGCAUUCUGGAGAAGGUGAUUCACCAGAAUGGAACAAUCGUGGAUCGCAUUCUAUCGGAACAUACUAUAGGGUAUGUGGUGUCCGAU ...........................((((.(((((((((...............))))))))).))))(((((((((((((....)))))))....)))))) (-15.88 = -17.49 + 1.62)
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