Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,421,646 – 12,421,750 |
Length | 104 |
Max. P | 0.582053 |
Location | 12,421,646 – 12,421,750 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 72.79 |
Mean single sequence MFE | -31.28 |
Consensus MFE | -17.69 |
Energy contribution | -17.80 |
Covariance contribution | 0.11 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -1.41 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 0.10 |
SVM RNA-class probability | 0.582053 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12421646 104 + 27905053 CCACUGGUGCGGGGCGGUGCUGAUCCACCAGUACUGGAUCCUCUCCGCCGCCCACUGUGUUCACAAGUAAG--UUG--AAUCAA-----CACAAACCCCAUAAACUGGAU-----UUU .(((.((((.(((((((.(..((((((.......))))))..).))))).)))))))))...........(--(((--...)))-----).......(((.....)))..-----... ( -31.50) >DroGri_CAF1 21589 116 + 1 CCACUGGUGUGGUGCUGUUCUUAUUCACCAGUACUGGAUACUCUCCGCAGCCCACUGUGUGCAUAAGUAAG--UGCCAAAUAAAGCGUGCAAAAUCCGCAGUAACAGAAGCAACAGCU ...(((...(((..((...(((((.(((((((.((((........).)))...)))).))).)))))..))--..)))......((.(((.......)))))..))).(((....))) ( -29.00) >DroEre_CAF1 20848 104 + 1 CCACUGGUGCGGGGCGGUGCUGAUCCACCAGUAUUGGAUACUCUCCGCCGCCCACUGUGUUCACAAGUAAG--UCG--AAUCAG-----CAGAAACCCCUUGCACCGUGG-----CCU ((((.((((((((((((((..((((((.......))))...))..)))))))).((((((((((......)--).)--)))..)-----)))........))))))))))-----... ( -42.00) >DroWil_CAF1 23078 99 + 1 UCACUGGUGCGGAGCCGUGCUGAUACAUCAGUAUUGGAUACUCUCGGCAGCACAUUGUGUUCACAAGUAAG--UAC--AAGUAA-----C----ACCACAUAAUGACCA------UUU ....((((((.(((..((((..((((....))))..).))).))).))....((((((((...........--...--......-----.----...))))))))))))------... ( -23.56) >DroYak_CAF1 21202 104 + 1 CCACUGGUGCGGGGCGGUGCUGAUCCACCAGCACUGGAUCCUCUCCGCCGCCCACUGUGUUCACAAGUAAG--UCG--AAUCAA-----GAGAAACCCCAUACACCGGAU-----UUU ...((((((..(((((((((((......))))...(((.....)))))))))).((..((((((......)--).)--)))..)-----)............))))))..-----... ( -34.90) >DroAna_CAF1 20004 104 + 1 GCACUGGUGUGGUGCGGUGCUCAUACACCAGUACUGGAUACUCUCAGCAGCACACUGUGUUCAUAAGUAAAGAUUA--GGUCAA-----UAU--AUUCCAUUUAAUGGGU-----ACU ((((.((((((.(((((((......))))((((.....))))....))).)))))))))).....((((..(((..--.)))..-----...--..(((((...))))))-----))) ( -26.70) >consensus CCACUGGUGCGGGGCGGUGCUGAUCCACCAGUACUGGAUACUCUCCGCAGCCCACUGUGUUCACAAGUAAG__UCG__AAUCAA_____CAGAAACCCCAUAAACAGGAU_____UCU .(((.((((.(.(((((.....(((((.......))))).....))))).).)))))))........................................................... (-17.69 = -17.80 + 0.11)
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