Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,339,562 – 12,339,682 |
Length | 120 |
Max. P | 0.647708 |
Location | 12,339,562 – 12,339,682 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 92.17 |
Mean single sequence MFE | -58.40 |
Consensus MFE | -49.70 |
Energy contribution | -50.82 |
Covariance contribution | 1.11 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.65 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 0.24 |
SVM RNA-class probability | 0.647708 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12339562 120 - 27905053 GGACCUGGGUCUGUUCGGCGGGCCAGUGGAGCAGCUGCUGCUGCUCCAGUCGCAACUCCAGCUCUACGAUGCGGGCGUCCAGCUGUUGGAGGCGCUGCAUCCGUUGCUCCAGCCGCGUCU ((((....))))...((((((((.(.(((((((((....))))))))).).))......(((...(((((((((((.(((((...))))).)).)))))).))).))))).))))..... ( -57.00) >DroPse_CAF1 10437 120 - 1 GAAUCUGGGUCUGUUCGGCGGGCCAGUGGAGCAGCUGCUGCUGCUCGAGCCGCAGCUCCAGCUCGACAAUGCGGGCGUCCAGCUGCUGGAGGCGCUGCAGCCGCAGCUCCAUUCGCGUCU (((..(((..(((..((((.(((...(.(((((((....))))))).))))(((((.((.(((((......))))).(((((...))))))).))))).)))))))..))))))...... ( -58.00) >DroSec_CAF1 8476 120 - 1 GGACCUGGGUCUGUUCGGCGGGCCAGUGGAGCAGCUGCUGCUGCUCCAGUCGUAGCUCCAGCUCCACGAUGCGGGCGUCCAGCUGUUGGAGGCGCUGCAUCCGUUGCUCCAGCCGCGUCU ((((....))))...((((((((..(((((((((((((.((((...)))).))))))...)))))))(((((((((.(((((...))))).)).)))))))....)).)).))))..... ( -59.20) >DroSim_CAF1 7603 120 - 1 GGACCUGGGUCUGUUCGGCGGGCCAGUGGAGCAGCUGCUGCUGCUCCAGUCGCAGCUCCAGCUCCACGAUGCGAGCGUCCAGCUGUUGAAGGCGCUGCAUCCGUUGCUCCAGCCGCGUCU ((((....))))...((((((((..(((((((((((((.((((...)))).))))))...)))))))(((((.((((((...(....)..)))))))))))....)).)).))))..... ( -57.00) >DroYak_CAF1 3959 120 - 1 AGACCUGCGUCUGUUCAGCGGGCCAGUGGAGCAGCUGCUGCUGCUCCAGGCGCAGCUCCAGCUCCACGAUGCGGGCGUCCAGCUGUUGAAGGCGCUGCAUCCGCUGCUCCAGCCGCGUCU ((((..(((.(((..(((((((((..(((((((((....))))))))))))(((((.((.((........)).(((.....)))......)).)))))..))))))...))).))))))) ( -61.20) >DroPer_CAF1 6188 120 - 1 GAAUCUGGGUCUGUUCGGCGGGCCAGUGGAGCAGCUGCUGCUGCUCGAGCCGCAGCUCCAGCUCGACAAUGCGGGCGUCCAGCUGCUGGAGGCGCUGCAGCCGCAGCUCCAUUCGCGUCU (((..(((..(((..((((.(((...(.(((((((....))))))).))))(((((.((.(((((......))))).(((((...))))))).))))).)))))))..))))))...... ( -58.00) >consensus GGACCUGGGUCUGUUCGGCGGGCCAGUGGAGCAGCUGCUGCUGCUCCAGUCGCAGCUCCAGCUCCACGAUGCGGGCGUCCAGCUGUUGGAGGCGCUGCAUCCGCUGCUCCAGCCGCGUCU ((((.((((((((.....))))))..(((((((((((..(((((.......)))))..)))))....(((((((((.(((((...))))).)).)))))))....))))))..)).)))) (-49.70 = -50.82 + 1.11)
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