Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,132,373 – 12,132,482 |
Length | 109 |
Max. P | 0.849802 |
Location | 12,132,373 – 12,132,482 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 6 |
Columns | 109 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.07 |
Mean single sequence MFE | -46.25 |
Consensus MFE | -40.03 |
Energy contribution | -41.20 |
Covariance contribution | 1.17 |
Combinations/Pair | 1.20 |
Mean z-score | -1.93 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 0.78 |
SVM RNA-class probability | 0.849802 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12132373 109 - 27905053 GUGGGUGUGGUAGCGUUGCCUUCGGUGGGUUUCAGCAGGUGGCUGUUUCGGAUGCUGUGACCCCGCUCGAAAGCGGCGCCAGCCUCAUCCUUCUGAUGAUGAUGGACAU ..(((((.(((.(((((((.(((((((((((.(((((..(((.....)))..))))).)).))))).)))).)))))))..))).)))))................... ( -45.90) >DroSec_CAF1 38706 109 - 1 GUGGGUGUGGUAGCAUUGCCUUCGGUGGGUUUCAGCAGGUGGCUGUUUCGGAUGCUGUGACCCCGUUCGAAGGCGGCGCCAGCCUCAUCCUUCUGAUGAUGAUGGACAU ..(((((.(((.((.((((((((((.(((((.(((((..(((.....)))..))))).)))))...)))))))))).))..))).)))))................... ( -45.60) >DroSim_CAF1 38459 109 - 1 GUGGGUGUGGUAGCGUUGCCUUCGGUGGGUUUCAGCAGGUGGCUGUUUCGGAUGCUGUGACCCCGCUCGAAGGCGGCGCCAGCCUCAUCCUUCUGAUGAUGAUGGACAU ..(((((.(((.(((((((((((((((((((.(((((..(((.....)))..))))).)).))))).))))))))))))..))).)))))................... ( -52.40) >DroEre_CAF1 38793 109 - 1 GAGGGUGUGGUAUUGUUGCCUUCGGUGGGUUUCAUCAGGUGGCUGUUCCGGAUGCUAUGACCCCGCUCGAAGGCGGCGCCCGCCUCAUCCUUCUGAUGAUGAUGGACAU (((((((.(((..((((((((((((((((((.((((.((........)).))))....)).))))).)))))))))))...))).)))))))................. ( -44.80) >DroYak_CAF1 47755 109 - 1 GAGGGUGUGGUUGUGUUGCCUUCGGUGGGUUUCAGCAGGUGGCUGUUCCGGAUGCUGUGACCCCGCUCAAAGGCGGCGCCCGCCUCAUCCUUUUGAUGAUGAUGGACAU (((((((.(((.((((((((((.((((((((.(((((..(((.....)))..))))).)).))))).).))))))))))..))).)))))))................. ( -48.40) >DroAna_CAF1 34306 109 - 1 AGGGGAGGGGCAGUAGCACCAUCGGUGGGCUUCAUCAGGUGACUGUUCCGGAUGCUGUGGCCACGUUCAAAGGCCGCACCGGCUUCGUCCUUUUGGUGGUGGUGGACAU .............((.(((((((((.((((.....(((....)))..((((....(((((((.........)))))))))))....))))..))))))))).))..... ( -40.40) >consensus GUGGGUGUGGUAGCGUUGCCUUCGGUGGGUUUCAGCAGGUGGCUGUUCCGGAUGCUGUGACCCCGCUCGAAGGCGGCGCCAGCCUCAUCCUUCUGAUGAUGAUGGACAU ..(((((.(((.(((((((((((((((((((.(((((..(((.....)))..))))).)))).))).))))))))))))..))).)))))................... (-40.03 = -41.20 + 1.17)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:34:42 2006