Locus 4599

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 12,095,218 – 12,095,338
Length 120
Max. P 0.577284
window7558 window7559

overview

Window 8

Location 12,095,218 – 12,095,338
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.67
Mean single sequence MFE -49.34
Consensus MFE -27.24
Energy contribution -27.33
Covariance contribution 0.09
Combinations/Pair 1.54
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.545931
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12095218 120 + 27905053
CGCUAUGGACUGCGGUGCAUACCGCUGCUGAAAGAGAUGCGCCACCAGUAGCUCAGUAGCCAUAUCAGGCCACAAGCCAUCGUCCAGCAGUUGUGUGGCCAGCCAGCGCUUGGCCAACAG
.(((.(((((.(((((....))))).(((....(((.(((.......))).))).((.(((......))).)).)))....)))))..)))(((.((((((((....)).))))))))). ( -42.60)
>DroVir_CAF1 992 120 + 1
GACAGUAGUGUGUGGCGUCUGUCGCUGCUGGAACAGAUGCGCCACAAGCAGCUCCGUCGCUAUGGACGGCCACAGACCAUCGUCCAGCAGCUGUGCAGCCAGCCAGCGCUUUGCAAUGAG
....((((.(((((((..((((.(((((((((...((((.((.....))....(((((......)))))........)))).)))))))))...))))...)))).))).))))...... ( -47.30)
>DroPse_CAF1 2283 120 + 1
CGCUAUGGCCUGAGGAGCAUUUCGCUGCUGGUACAGAUGGGCAACCAGCAGCUCUGUGGCCAUCGGGGGCCAGAUCCCGUCAUCCAGCAGUUGAGUGGCCAGCCAGCGCUUGGCAAUCAG
.((((.((((((.((..(((((.((((((((....((((((....(((.....)))(((((......)))))...))))))..)))))))).))))).))...))).)))))))...... ( -49.60)
>DroGri_CAF1 1593 120 + 1
GGCUGUUGUAUGUGGCAUCUGUCGCUGUUGGAAGAGAUGCGCCACCAACAGUUCCGUUGCCAUGUCUGGCCACAGACCAUUGUCUAGCAGCUGGGUGGCCAGCCAACGCUUGGCAAUGAG
((((((((...(((((((((.((.(....)))..))))..))))))))))))).((((((((.((((((((((...((((((.....))).))))))))))).....)).)))))))).. ( -48.60)
>DroAna_CAF1 1122 120 + 1
GGCAAUGGGCUGGGGGGCAUGGCGUUGCUGGAAGAGAUGCGCCACCAGCAACUCAGUGGCCAUAGCUGGCCACAAGCCCUCAUCCAGAAGCUGAGUGGCUAUCCAGCGCUUUGCCAGGAG
(((((.(.((((((((((.(((.((((((((.............)))))))))))(((((((....)))))))..)))))).......((((....))))...)))).).)))))..... ( -58.32)
>DroPer_CAF1 2267 120 + 1
CGCUAUGGCCUGAGGAGCAUUUCGCUGCUGGUACAGAUGGGCAACCAGCAGCUCUGUGGCCAUCGGGGGCCAGAUCCCGUCAUCCAGCAGUUGAGUGGCCAGCCAGCGCUUGGCAAUCAG
.((((.((((((.((..(((((.((((((((....((((((....(((.....)))(((((......)))))...))))))..)))))))).))))).))...))).)))))))...... ( -49.60)
>consensus
CGCUAUGGCCUGAGGAGCAUGUCGCUGCUGGAACAGAUGCGCCACCAGCAGCUCAGUGGCCAUAGCGGGCCACAAACCAUCAUCCAGCAGCUGAGUGGCCAGCCAGCGCUUGGCAAUCAG
.((((.(((....(((.(((((.(((((((((...((((.((.....))......((.(((......))).))....)))).))))))))).)))))....)))...)))))))...... (-27.24 = -27.33 +   0.09)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 12,095,218 – 12,095,338
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.67
Mean single sequence MFE -47.65
Consensus MFE -26.44
Energy contribution -26.84
Covariance contribution 0.40
Combinations/Pair 1.48
Mean z-score -1.60
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.577284
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12095218 120 - 27905053
CUGUUGGCCAAGCGCUGGCUGGCCACACAACUGCUGGACGAUGGCUUGUGGCCUGAUAUGGCUACUGAGCUACUGGUGGCGCAUCUCUUUCAGCAGCGGUAUGCACCGCAGUCCAUAGCG
.(((((((((.((....)))))))).)))...(((((((..((((((((((((......)))))).))))))...((((.((((((((......)).)).)))).)))).))))..))). ( -50.30)
>DroVir_CAF1 992 120 - 1
CUCAUUGCAAAGCGCUGGCUGGCUGCACAGCUGCUGGACGAUGGUCUGUGGCCGUCCAUAGCGACGGAGCUGCUUGUGGCGCAUCUGUUCCAGCAGCGACAGACGCCACACACUACUGUC
..(((((...(((((((((.....)).)))).)))...)))))(.((((((....)))))))(((((((.((..(((((((..((((((.(....).))))))))))))))))).))))) ( -46.20)
>DroPse_CAF1 2283 120 - 1
CUGAUUGCCAAGCGCUGGCUGGCCACUCAACUGCUGGAUGACGGGAUCUGGCCCCCGAUGGCCACAGAGCUGCUGGUUGCCCAUCUGUACCAGCAGCGAAAUGCUCCUCAGGCCAUAGCG
.(((..((((.((....))))))...)))...(((......((((........))))((((((.....(((((((((.((......)))))))))))((........)).))))))))). ( -46.00)
>DroGri_CAF1 1593 120 - 1
CUCAUUGCCAAGCGUUGGCUGGCCACCCAGCUGCUAGACAAUGGUCUGUGGCCAGACAUGGCAACGGAACUGUUGGUGGCGCAUCUCUUCCAACAGCGACAGAUGCCACAUACAACAGCC
.((((((.(.(((...((((((....))))))))).).))))))(((((.((((....)))).))))).(((((((((..((((((.((.(....).)).))))))..))).)))))).. ( -44.40)
>DroAna_CAF1 1122 120 - 1
CUCCUGGCAAAGCGCUGGAUAGCCACUCAGCUUCUGGAUGAGGGCUUGUGGCCAGCUAUGGCCACUGAGUUGCUGGUGGCGCAUCUCUUCCAGCAACGCCAUGCCCCCCAGCCCAUUGCC
.....(((((.(.(((((.....((..(((...)))..)).((((..(((((((....)))))))...((((((((.((.......)).)))))))).....)))).))))).).))))) ( -53.00)
>DroPer_CAF1 2267 120 - 1
CUGAUUGCCAAGCGCUGGCUGGCCACUCAACUGCUGGAUGACGGGAUCUGGCCCCCGAUGGCCACAGAGCUGCUGGUUGCCCAUCUGUACCAGCAGCGAAAUGCUCCUCAGGCCAUAGCG
.(((..((((.((....))))))...)))...(((......((((........))))((((((.....(((((((((.((......)))))))))))((........)).))))))))). ( -46.00)
>consensus
CUCAUUGCCAAGCGCUGGCUGGCCACUCAACUGCUGGACGAUGGCAUGUGGCCAGCCAUGGCCACAGAGCUGCUGGUGGCGCAUCUCUUCCAGCAGCGACAUGCGCCACAGACCAUAGCC
...........((.(((((.((........)))))))....((((((((((((......)))))))).((((((((.............)))))))).......)))).........)). (-26.44 = -26.84 +   0.40)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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