Locus 4560

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 12,065,197 – 12,065,397
Length 200
Max. P 0.992116
window7453 window7454 window7455

overview

Window 3

Location 12,065,197 – 12,065,317
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.91
Mean single sequence MFE -45.62
Consensus MFE -41.30
Energy contribution -41.06
Covariance contribution -0.24
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.62
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 1.38
SVM RNA-class probability 0.948524
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12065197 120 + 27905053
GUGGUGUUUUUGUGGGUGGGUGGUGUCCUCAGGGGGUGGCGCAGCCUCUGGGCCACCAACAUACAUGUAUGUGUGAAUAGCGAAUGCUGGCAAAAUAUUUGCACGACGCAGCCUCGCCAA
..............(((((((.(((((..(((.(((((((.(((...))).))))))..((((((....)))))).........).)))((((.....))))..))))).))).)))).. ( -44.80)
>DroSec_CAF1 1786 120 + 1
GUGGUGUUUUUGUGGGUGGGUGUUGUCCUCAGGGGGUGGCGCAGCCUCUGGGCCACCAACAUACAUGUAUGUGUGAAUAGCGAAUGCUGGCAAAAUAUUUGCACGACGCAGCCUCGCCAA
.(((((.......((((..(((((((...(((.(((((((.(((...))).))))))..((((((....)))))).........).)))((((.....))))))))))).))))))))). ( -44.41)
>DroSim_CAF1 2255 120 + 1
GUGGUGUUUUUGUGGGUGGGUGUUGUCCUCAGGGGGUGGCGCAGCCUCUGGGCCACCAACAUACGUGUAUGUGUGAAUAGCGAAUGCUGGCAAAAUAUUUGCACGACGCAGCCUCGCCAA
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>DroEre_CAF1 3764 119 + 1
GUGGUGUUUCUGUGGGUGGGUGGUGUCCUCAGGGGGUGACGCAGCCUCUGGGCCACCAAC-UACAUGUAUGUGUGAAUACCGAAUGCUGGCAAAAUAUUUGCACGACGCAGCCUCGCCAA
.(((((...(((((.((((.(((((.((.((((((.((...)).)))))))).))))).)-))).....((((..(((((((.....))).....))))..)))).)))))...))))). ( -48.90)
>DroYak_CAF1 3800 119 + 1
GUGGUGUUUCUGUGGGUGGGUGUUGUCCUCAGGGGGUGUCGCAGCCUCUGGGCCACCAAC-UACAUGUAUGUGUGAAUAGCGAAUGCUAGCAAAAUAUUUGCACGACGCAGCCUCGCCAA
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>consensus
GUGGUGUUUUUGUGGGUGGGUGUUGUCCUCAGGGGGUGGCGCAGCCUCUGGGCCACCAACAUACAUGUAUGUGUGAAUAGCGAAUGCUGGCAAAAUAUUUGCACGACGCAGCCUCGCCAA
.(((((...((((((((((........((((((((.((...)).)))))))))))))............((((..((((.....((....))...))))..)))).)))))...))))). (-41.30 = -41.06 +  -0.24)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 4

Location 12,065,237 – 12,065,357
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.00
Mean single sequence MFE -41.82
Consensus MFE -38.40
Energy contribution -37.92
Covariance contribution -0.48
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -1.90
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 2.31
SVM RNA-class probability 0.992116
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12065237 120 - 27905053
GCCGCUGCUGUUAGCUUUUCUAAAUGUGUGUGCGUGUGUUUUGGCGAGGCUGCGUCGUGCAAAUAUUUUGCCAGCAUUCGCUAUUCACACAUACAUGUAUGUUGGUGGCCCAGAGGCUGC
((.(((.(((...(((...(((((((..((((.(((((...(((((((((((......((((.....)))))))).)))))))..))))).))))..))).)))).))).))).))).)) ( -43.40)
>DroSec_CAF1 1826 120 - 1
GCCGCUGCCGUUAGCUUUUCUAAAUGUGUAUGCGUGUGUUUUGGCGAGGCUGCGUCGUGCAAAUAUUUUGCCAGCAUUCGCUAUUCACACAUACAUGUAUGUUGGUGGCCCAGAGGCUGC
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>DroSim_CAF1 2295 120 - 1
GCCGCUGCCGUUAGCUUUUCUAAAUGUGUAUGCGUGUGUUUUGGCGAGGCUGCGUCGUGCAAAUAUUUUGCCAGCAUUCGCUAUUCACACAUACACGUAUGUUGGUGGCCCAGAGGCUGC
(((.((((((..(((........(((((((((.(((.....(((((((((((......((((.....)))))))).)))))))..))).)))))))))..)))..))))..)).)))... ( -43.70)
>DroEre_CAF1 3804 119 - 1
ACUGCUGCCGUUAGCUUUUCUAAAUGUGUGUGCGUGUGUUUUGGCGAGGCUGCGUCGUGCAAAUAUUUUGCCAGCAUUCGGUAUUCACACAUACAUGUA-GUUGGUGGCCCAGAGGCUGC
...((.(((....(((...((((.((..((((.(((((...((.((((((((......((((.....)))))))).)))).))..))))).))))..))-.)))).))).....))).)) ( -38.00)
>DroYak_CAF1 3840 119 - 1
GCCGCUGCCGUUAGCUUUUCUAAAUGUGUGUGCGUGUGUUUUGGCGAGGCUGCGUCGUGCAAAUAUUUUGCUAGCAUUCGCUAUUCACACAUACAUGUA-GUUGGUGGCCCAGAGGCUGC
(((.((((((..((((.........(..((((.(((((...(((((((((((((..(((....)))..))).))).)))))))..))))).))))..))-)))..))))..)).)))... ( -42.80)
>consensus
GCCGCUGCCGUUAGCUUUUCUAAAUGUGUGUGCGUGUGUUUUGGCGAGGCUGCGUCGUGCAAAUAUUUUGCCAGCAUUCGCUAUUCACACAUACAUGUAUGUUGGUGGCCCAGAGGCUGC
(((.((((((..(((........(((((((((.(((.....(((((((((((......((((.....)))))))).)))))))..))).)))))))))..)))..))))..)).)))... (-38.40 = -37.92 +  -0.48)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 5

Location 12,065,277 – 12,065,397
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.83
Mean single sequence MFE -41.90
Consensus MFE -37.86
Energy contribution -37.82
Covariance contribution -0.04
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.24
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 0.17
SVM RNA-class probability 0.614901
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12065277 120 + 27905053
CGAAUGCUGGCAAAAUAUUUGCACGACGCAGCCUCGCCAAAACACACGCACACACAUUUAGAAAAGCUAACAGCAGCGGCAGGCGCAGCGCGUGUGGGCGGUUGCGCAACGUCGCUGCCG
........((((........(((((.(((((((..(((....(((((((........((((.....))))..((.(((.....))).)))))))))))))))))))...))).)))))). ( -41.30)
>DroSec_CAF1 1866 120 + 1
CGAAUGCUGGCAAAAUAUUUGCACGACGCAGCCUCGCCAAAACACACGCAUACACAUUUAGAAAAGCUAACGGCAGCGGCAGGCGCAGCGCGUGUGGGCGGUUGCGCAACGUCGCUGCCG
.(.((((((((((.....)))).....((......)).......)).)))).)....((((.....))))((((((((((..(((((((.(((....))))))))))...)))))))))) ( -44.60)
>DroSim_CAF1 2335 120 + 1
CGAAUGCUGGCAAAAUAUUUGCACGACGCAGCCUCGCCAAAACACACGCAUACACAUUUAGAAAAGCUAACGGCAGCGGCAGGCGCAGCGCGUGUGGGCGGUUGCGCAACGUCGCUGCCG
.(.((((((((((.....)))).....((......)).......)).)))).)....((((.....))))((((((((((..(((((((.(((....))))))))))...)))))))))) ( -44.60)
>DroEre_CAF1 3843 120 + 1
CGAAUGCUGGCAAAAUAUUUGCACGACGCAGCCUCGCCAAAACACACGCACACACAUUUAGAAAAGCUAACGGCAGCAGUAGGCGCUCCGCGUGUGGGCGGUUGCGCAACGUCGCUGCUG
(((.(((..((((.....)))).....((((((..(((....(((((((........((((.....)))).((.(((.......))))))))))))))))))))))))...)))...... ( -38.60)
>DroYak_CAF1 3879 120 + 1
CGAAUGCUAGCAAAAUAUUUGCACGACGCAGCCUCGCCAAAACACACGCACACACAUUUAGAAAAGCUAACGGCAGCGGCAGGCGUAGCGCGUGUGGGCGGUUGCGCAACGUCGCUGCCG
.......((((.......((((.....))))....((..........))................)))).((((((((((..(((((((.(((....))))))))))...)))))))))) ( -40.40)
>consensus
CGAAUGCUGGCAAAAUAUUUGCACGACGCAGCCUCGCCAAAACACACGCACACACAUUUAGAAAAGCUAACGGCAGCGGCAGGCGCAGCGCGUGUGGGCGGUUGCGCAACGUCGCUGCCG
........((((........(((((.(((((((..(((....(((((((................((.....)).((.((....)).)))))))))))))))))))...))).)))))). (-37.86 = -37.82 +  -0.04)

alignment

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