Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,927,271 – 11,927,416 |
Length | 145 |
Max. P | 0.970284 |
Location | 11,927,271 – 11,927,376 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.98 |
Mean single sequence MFE | -44.07 |
Consensus MFE | -26.32 |
Energy contribution | -26.85 |
Covariance contribution | 0.53 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -2.77 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | 1.66 |
SVM RNA-class probability | 0.970284 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11927271 105 + 27905053 ACGGAGGCCAUUCGCAACGUAUCCAGCCGGCUCAUAGAUGUGGGUGAGGUGGCUAUGACGCCAUCUGAACAGACAGACAUGACAGACGUGGACAUGGCCACCAUU ..((.((((((((((..(((....(((((.(((((........))))).)))))...)))...((((......))))..........)))))..))))).))... ( -36.60) >DroPse_CAF1 36845 105 + 1 ACCGAGGCCAUACGCAACGUGUCCAGUCGCCUCAGCGAAAUGGGAGAGAUGGCCAUGUCGCCGUCUGUGCAGACAGACAUGGCCGACGUGGACAUGGCCGGCAUC .....(((((((((...)))((((((((..((((......))))......(((((((((...((((....)))).)))))))))))).)))))))))))...... ( -47.40) >DroGri_CAF1 39933 105 + 1 ACCGAGGCCAUACGCAAUGUGGCCAACAGGCUGUGCGAAAUGGGCGAAACGGCUAUGUCGCCAUCGGCCCAAACCGACAUGGGUGAUGUCGAUAUGGCCGGCAUU .....(.((((.((((....((((....)))).))))..)))).)....(((((((((((.(((((.((((........))))))))).)))))))))))..... ( -47.30) >DroMoj_CAF1 36457 105 + 1 ACGGAGGCUAUACGUAAUGUGGCCAGCAGGCUAUGCGAGAUGGGCGAGACGGCCAUGUCUCCAUCAGCACAAACAGAUAUGGCCGAUGUGGAUAUGGCUGGCAUU .....(((((((.....))))))).((.(.((((.....)))).)....((((((((((..((((.((.((........)))).))))..))))))))))))... ( -40.80) >DroAna_CAF1 49652 105 + 1 ACGGAGGCUAUCCGGAAUGUCUCCAGUCGGCUAAUCGAGAUGGGGGAAAUGGCCAUGUCACCGUCAGUCCAGACCGAUAUGGCUGACGUGGAUAUGGCUGGCAUU .((((.....)))).((((((((((.((((....))))..))))).....(((((((((..((((((.(((........)))))))))..))))))))).))))) ( -44.90) >DroPer_CAF1 36697 105 + 1 ACCGAGGCCAUACGCAACGUGUCCAGUCGCCUCAGCGAAAUGGGAGAGAUGGCCAUGUCGCCGUCUGUGCAGACAGACAUGGCCGACGUGGACAUGGCCGGCAUC .....(((((((((...)))((((((((..((((......))))......(((((((((...((((....)))).)))))))))))).)))))))))))...... ( -47.40) >consensus ACCGAGGCCAUACGCAACGUGUCCAGCCGGCUCAGCGAAAUGGGAGAGAUGGCCAUGUCGCCAUCUGUACAGACAGACAUGGCCGACGUGGACAUGGCCGGCAUU ......(((..........((((((..((......))...))))))....(((((((((..((((.((.((........)))).))))..))))))))))))... (-26.32 = -26.85 + 0.53)
Location | 11,927,311 – 11,927,416 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.32 |
Mean single sequence MFE | -40.50 |
Consensus MFE | -26.67 |
Energy contribution | -26.90 |
Covariance contribution | 0.23 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -1.61 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 0.35 |
SVM RNA-class probability | 0.700659 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11927311 105 + 27905053 UGGGUGAGGUGGCUAUGACGCCAUCUGAACAGACAGACAUGACAGACGUGGACAUGGCCACCAUUGCCGAGGACGAGCUUUCCGAGCAGUUCUCCGUACAGGGAA ..((..(((((((((((...(((((((..((........)).))))..))).)))))))))).)..))((((((..((((...)))).))))))........... ( -39.80) >DroGri_CAF1 39973 105 + 1 UGGGCGAAACGGCUAUGUCGCCAUCGGCCCAAACCGACAUGGGUGAUGUCGAUAUGGCCGGCAUUGCCGAGGUGGAACUAUCCGAACAGUUCUCCGUGCAAGGCA ..(((((..(((((((((((.(((((.((((........))))))))).)))))))))))...)))))..((.((((((........)))))))).......... ( -45.70) >DroWil_CAF1 35870 105 + 1 UGGGAGAGACGGCCAUGACGCCAUCCGUACAAACUGAUAUGGCUGAUGUGGAUAUGGCUGGCAUAGCAGAGGAUGAGCUCUCCGAACAAUUUUCUGUCCAGGGCA ..(((.(((((((((((.(((((.((((((.....).))))).))..)))..)))))))).....(.((((......)))).).........))).)))...... ( -29.80) >DroMoj_CAF1 36497 105 + 1 UGGGCGAGACGGCCAUGUCUCCAUCAGCACAAACAGAUAUGGCCGAUGUGGAUAUGGCUGGCAUUGCCGAGGUGGAGCUCUCCGAACAGUUCUCAGUGCAAGGCA ..(((((..((((((((((..((((.((.((........)))).))))..))))))))))...)))))((((((((....))))......))))........... ( -40.30) >DroAna_CAF1 49692 105 + 1 UGGGGGAAAUGGCCAUGUCACCGUCAGUCCAGACCGAUAUGGCUGACGUGGAUAUGGCUGGCAUUGCCGAGGUGGAGCUCUCUGAGCAGUUCUCCGUGCAGGGUA ..((((((..(((((((((..((((((.(((........)))))))))..)))))))))(((...)))........((((...))))..)))))).......... ( -42.90) >DroPer_CAF1 36737 105 + 1 UGGGAGAGAUGGCCAUGUCGCCGUCUGUGCAGACAGACAUGGCCGACGUGGACAUGGCCGGCAUCGCCGAGGUGGAGCUCUCCGAGCAGUUCUCAAGGCAGGGCA ..((((((.(((((((((((((((((((....))))))..))).......))))))))))...((((....))))..)))))).....(((((......))))). ( -44.51) >consensus UGGGAGAGACGGCCAUGUCGCCAUCAGUACAAACAGACAUGGCUGACGUGGAUAUGGCCGGCAUUGCCGAGGUGGAGCUCUCCGAACAGUUCUCCGUGCAGGGCA .........((((((((((..((((.((.((........)))).))))..))))))))))((.((((...((.((((((........))))))))..)))).)). (-26.67 = -26.90 + 0.23)
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