Locus 4455

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 11,797,285 – 11,797,387
Length 102
Max. P 0.883867
window7282

overview

Window 2

Location 11,797,285 – 11,797,387
Length 102
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.03
Mean single sequence MFE -46.43
Consensus MFE -37.61
Energy contribution -37.12
Covariance contribution -0.49
Combinations/Pair 1.40
Mean z-score -2.14
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.93
SVM RNA-class probability 0.883867
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11797285 102 + 27905053
ACGCUUACGCUUGCCCGGCUUUGAGGUGGAUGCCGAACUGGCGGGAGAUGGUGAACGGCGUCUCUUCUGCUUGCCUCCGCCCGAGCUGGCAGCAGGCUUCUU
........(((((((((((((.(.((((((.((......(((((((((.(..(.....)..)))))))))).)).))))))))))))))..))))))..... ( -44.20)
>DroSim_CAF1 1688 102 + 1
ACGCUUACGCUUGCCCGGCUUUGAGGUGGAUGCCGAAGUGGCGGGAGAUGGUGAACGGCGUCUCUUCUGCUUGCCUCCACCCGAGCUGGUAGCAGGCUUUUU
........(((((((((((((.(.((((((.((..(((..(.((((((((.(....).)))))))))..))))).))))))))))))))..))))))..... ( -47.30)
>DroEre_CAF1 1684 102 + 1
ACGCUUACGCUUGCCCGGCUUGGAGGUGGAUGCCGAAGUAGCGGGAGAUGGUGAGCGACGUCUUUUCUGCUUGCCUCCGCCCGAGCUGGCGGCAGGCUUCUU
........(((((((((((((((..(((((.((..((((((.((((((((........)))))))))))))))).)))))))))))))..)))))))..... ( -47.10)
>DroYak_CAF1 1688 99 + 1
ACGCUUACGCUUGCCCGGCUUUGAGGUGGAUGCCGAAGUAGCGGGAGAUGGUGAGCGACGUCUCUUCUGCUUGCCUCCGCCCGAGCUGG---CAGGCUUCUU
........(((((((.(((((.(.((((((.((..((((((.((((((((........)))))))))))))))).))))))))))))))---)))))..... ( -47.30)
>DroMoj_CAF1 1699 102 + 1
GCGCUUUCGCUUGCCCGGCUUCGAUGUGGAUGUGGAGGUAGUGGGCGAUGGAGAGCGACGUCGCUUCUGUUUACCAGUGCCACUGCUCGUGGUCGGCUUCUU
(((....)))..(((.((((.(((.((((...((((..(((.((((((((........)))))))))))..).)))...))))...))).)))))))..... ( -37.80)
>DroAna_CAF1 1668 99 + 1
CCGCUUGCGUUUGCCGGGCUUCGAGGUGGAAGCCGAGGCGGAGGGCGAGGGAGAUCGCCUUCGCUUCUGCUUGCCCCCG---GAGCUGGCAGCGGGUUUCUU
..((((((...((((((.(((((.((.((((((.((((((.(((((((......))))))))))))).)))).))))))---)))))))))))))))..... ( -54.90)
>consensus
ACGCUUACGCUUGCCCGGCUUUGAGGUGGAUGCCGAAGUAGCGGGAGAUGGUGAGCGACGUCUCUUCUGCUUGCCUCCGCCCGAGCUGGCAGCAGGCUUCUU
........(((((((((((((...((((((.((..((((((.((((((((........)))))))))))))))).)))))).)))))))..))))))..... (-37.61 = -37.12 +  -0.49)

alignment

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secondary structure

Postscript

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