Locus 4442

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 11,738,790 – 11,738,917
Length 127
Max. P 0.820826
window7261 window7262 window7263

overview

Window 1

Location 11,738,790 – 11,738,880
Length 90
Sequences 6
Columns 99
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.20
Mean single sequence MFE -37.53
Consensus MFE -30.87
Energy contribution -30.57
Covariance contribution -0.30
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.11
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.68
SVM RNA-class probability 0.820826
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11738790 90 + 27905053
CUGCAGGCAGUGGAGGAUGUGGCAUCUGCCGAU---------GUGGCUGCCAUACUAUCAGCAUCCACCGUCAAGUGUUGCACGUGACACGUGGGCUGG
.....((((((.(......((((....))))..---------.).)))))).......((((..((((.((((.(((...))).))))..)))))))). ( -32.70)
>DroSec_CAF1 71561 90 + 1
CUGCAGGCAGUGGAUGAUGUGGCUUCUGCCGAU---------GUGGCUGCCAUACUAUCAGCUUCCACCGUCAAGUGUUGCACUUGACACGUGGGCUGG
.....((((((.(......((((....))))..---------.).)))))).......((((..((((.((((((((...))))))))..)))))))). ( -37.00)
>DroSim_CAF1 73328 90 + 1
CUGCAGGCAGUGGAGGAUGUGGCAUCUGCCGAU---------GUGGCUGCCAUACUAUCAGCAUCCACCGUCAAGUGUUGCACUUGACACGUGGGCUGG
.....((((((.(......((((....))))..---------.).)))))).......((((..((((.((((((((...))))))))..)))))))). ( -36.80)
>DroEre_CAF1 72038 87 + 1
CGGCAGGCAGUGG---AUGUGGCAUCUGCCGAU---------GUGGCUGCCACACCAUCAGCAUCCACCGUCAAGUGUGGCACUUGACACGUGGGCUGG
((((..((.((((---.(((((((.(..(....---------)..).)))))))))))..))..((((.((((((((...))))))))..)))))))). ( -41.50)
>DroYak_CAF1 75579 87 + 1
CGGCAGGCAGUGG---AUGUGGCAUCUGCCGAU---------GUGGCUGCCAUGCUAUCAGCAUCCACCGUCAAGUGUUGCACUUGACACGUGGGCUGG
.((((((((((.(---...((((....))))..---------.).)))))).))))..((((..((((.((((((((...))))))))..)))))))). ( -43.20)
>DroPer_CAF1 75709 96 + 1
CUGCAGGCUGUUG---AUGUUGCCGCUGUUGAUGAGUCCGCAGUUGCGGCCAGAGUAUCAGUGUCCACCGUCAAAUGCUGCGUUUGACAUGGGGCCUGA
...((((((.(((---(((((((.(((((.((....)).))))).)))))......)))))...(((..((((((((...)))))))).))))))))). ( -34.00)
>consensus
CUGCAGGCAGUGG___AUGUGGCAUCUGCCGAU_________GUGGCUGCCAUACUAUCAGCAUCCACCGUCAAGUGUUGCACUUGACACGUGGGCUGG
.....((((((.(......((((....))))............).))))))......(((((..((((.((((((((...))))))))..))))))))) (-30.87 = -30.57 +  -0.30)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 11,738,790 – 11,738,880
Length 90
Sequences 6
Columns 99
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.20
Mean single sequence MFE -34.36
Consensus MFE -25.58
Energy contribution -26.72
Covariance contribution 1.14
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.62
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.56
SVM RNA-class probability 0.782769
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11738790 90 - 27905053
CCAGCCCACGUGUCACGUGCAACACUUGACGGUGGAUGCUGAUAGUAUGGCAGCCAC---------AUCGGCAGAUGCCACAUCCUCCACUGCCUGCAG
.((((((((.(((((.(((...))).)))))))))..))))...(((.(((((((..---------...))).((((...))))......))))))).. ( -31.40)
>DroSec_CAF1 71561 90 - 1
CCAGCCCACGUGUCAAGUGCAACACUUGACGGUGGAAGCUGAUAGUAUGGCAGCCAC---------AUCGGCAGAAGCCACAUCAUCCACUGCCUGCAG
.((((((((.(((((((((...)))))))))))))..))))...(((.(((((....---------...(((....)))..........)))))))).. ( -34.43)
>DroSim_CAF1 73328 90 - 1
CCAGCCCACGUGUCAAGUGCAACACUUGACGGUGGAUGCUGAUAGUAUGGCAGCCAC---------AUCGGCAGAUGCCACAUCCUCCACUGCCUGCAG
.((((((((.(((((((((...)))))))))))))..))))...(((.(((((((..---------...))).((((...))))......))))))).. ( -35.50)
>DroEre_CAF1 72038 87 - 1
CCAGCCCACGUGUCAAGUGCCACACUUGACGGUGGAUGCUGAUGGUGUGGCAGCCAC---------AUCGGCAGAUGCCACAU---CCACUGCCUGCCG
.((((((((.(((((((((...)))))))))))))..)))).(((((((((((((..---------...)))...))))))).---))).......... ( -40.00)
>DroYak_CAF1 75579 87 - 1
CCAGCCCACGUGUCAAGUGCAACACUUGACGGUGGAUGCUGAUAGCAUGGCAGCCAC---------AUCGGCAGAUGCCACAU---CCACUGCCUGCCG
.((((((((.(((((((((...)))))))))))))..))))...(((.(((((....---------...(((....)))....---...)))))))).. ( -37.54)
>DroPer_CAF1 75709 96 - 1
UCAGGCCCCAUGUCAAACGCAGCAUUUGACGGUGGACACUGAUACUCUGGCCGCAACUGCGGACUCAUCAACAGCGGCAACAU---CAACAGCCUGCAG
.(((((.((((((((((.......)))))).))))....((((......(((((...((..((....))..)))))))...))---))...)))))... ( -27.30)
>consensus
CCAGCCCACGUGUCAAGUGCAACACUUGACGGUGGAUGCUGAUAGUAUGGCAGCCAC_________AUCGGCAGAUGCCACAU___CCACUGCCUGCAG
.((((((((.(((((((((...)))))))))))))..))))...(((.(((((.............(((....))).............)))))))).. (-25.58 = -26.72 +   1.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 11,738,812 – 11,738,917
Length 105
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.60
Mean single sequence MFE -38.90
Consensus MFE -31.92
Energy contribution -31.65
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.79
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.563931
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11738812 105 + 27905053
CAUCUGCCGAUGUGGCUGCCAUACUAUCAGCAUCCACCGUCAAGUGUUGCACGUGACACGUGGGCUGGCAGGCGGUGGCACUACU---ACUACUGAGGAUCUGGUUCA
.....((((((((((.((((((.((..((((..((((.((((.(((...))).))))..))))))))..))...)))))))))).---.((....)).))).)))... ( -35.70)
>DroSec_CAF1 71583 102 + 1
CUUCUGCCGAUGUGGCUGCCAUACUAUCAGCUUCCACCGUCAAGUGUUGCACUUGACACGUGGGCUGGCAGGCGGUGGCACUA------CUACUGAGGAUCUGGUUCA
((((.......((((.((((((.((..((((..((((.((((((((...))))))))..))))))))..))...)))))))))------)....)))).......... ( -39.50)
>DroSim_CAF1 73350 102 + 1
CAUCUGCCGAUGUGGCUGCCAUACUAUCAGCAUCCACCGUCAAGUGUUGCACUUGACACGUGGGCUGGCAGGCGGUGGCACUA------CUACUGAGGAUCUGGUUCA
.((((......((((.((((((.((..((((..((((.((((((((...))))))))..))))))))..))...)))))))))------)......))))........ ( -39.90)
>DroEre_CAF1 72057 102 + 1
CAUCUGCCGAUGUGGCUGCCACACCAUCAGCAUCCACCGUCAAGUGUGGCACUUGACACGUGGGCUGGCAGGCGGUGGCACUU------CUACUGAGGAUCUGGUUCA
.....((((((((.((((((......(((((..((((.((((((((...))))))))..)))))))))..)))))).)).(((------(....))))))).)))... ( -39.10)
>DroYak_CAF1 75598 108 + 1
CAUCUGCCGAUGUGGCUGCCAUGCUAUCAGCAUCCACCGUCAAGUGUUGCACUUGACACGUGGGCUGGCAGGCGGUGGCACUACUCGUACUACUGAGGAUCUGGUUCA
.....((((((((.((((((.(((...((((..((((.((((((((...))))))))..))))))))))))))))).))....((((......)))).))).)))... ( -42.70)
>DroAna_CAF1 71415 102 + 1
CUUCUGC---UGCUGCUGCCAUACUUUCAGUAUUCACUGUCAAGUUCUGGGCUUGACAUGUGGGCUGACAAUUGGUGGCACUGCC---ACUGCUGAUGGUCUGGUUCA
.....((---....)).((((.(((.(((((.(((((((((((((.....)))))))).))))).........((((((...)))---)))))))).))).))))... ( -36.50)
>consensus
CAUCUGCCGAUGUGGCUGCCAUACUAUCAGCAUCCACCGUCAAGUGUUGCACUUGACACGUGGGCUGGCAGGCGGUGGCACUA______CUACUGAGGAUCUGGUUCA
..((((((.....)))((((((.((.(((((..((((.((((((((...))))))))..))))))))).))...))))))................)))......... (-31.92 = -31.65 +  -0.27)

alignment

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