Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,645,437 – 11,645,637 |
Length | 200 |
Max. P | 0.945010 |
Location | 11,645,437 – 11,645,557 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.00 |
Mean single sequence MFE | -40.80 |
Consensus MFE | -38.58 |
Energy contribution | -39.14 |
Covariance contribution | 0.56 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.40 |
Structure conservation index | 0.95 |
SVM decision value | 1.35 |
SVM RNA-class probability | 0.945010 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11645437 120 - 27905053 CCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACCAGCGUCGAUUAAACGCUUGAGUGCCCGUUGCUUGGUUGGAUGCGCUUGAUCCCACCACAGCUGAAGGAAGCUGAUCUCCG ..(((((((((........)))))))))......(((((..(((((((........)))).)))..))))).((((.((((.......)))).))))(((((......)))))....... ( -37.50) >DroSec_CAF1 26289 120 - 1 CCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACCAGCGUCGAUCAAACGCUUUAGUGCCCGUUGCUUGGUGGGAUGCGCCUGAUCCCACCACAGCUGAAGGAAGCUAAUCUCCG ..(((((((((........))))))))).((.((((.....)))).)).........(((((..((...((((((((((((.......))))))))).)))....))..)))))...... ( -41.90) >DroSim_CAF1 28475 120 - 1 CCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACCAGCGUCAAUCAAACGCUUUAGUGCCCGUUGCUUGGUGGGAUGCGCCUGAUCCCACCACAGCUGAAGGAAGCUGAUCUCCG ..(((((((((........)))))))))........((.((((.((..(((...((......)).....((((((((((((.......))))))))).))))))..)).)))).)).... ( -42.10) >DroEre_CAF1 24183 120 - 1 CCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACCAGCGUCGAUCAAACGCUUUAGUGCUCGCUGUUUGGUGGGAUGCGCCUGAUCCCACCACAGCUGAAGGAAACUGAUCUCCG ..(((((((((........)))))))))((((..(((...(((((.......)))))....)))..(((((..((((((((.......)))))))))))))))))(((........))). ( -43.70) >DroYak_CAF1 26771 120 - 1 CCGUCAUCACCCAUCCACCAGUGGUGAUCUCAAUGCGACCAGCGUCGAUCAAACGCUUUAGUGCUCGCUGUUUGGUGGGAUGCGCCUGAUCCCACCACAGCUGUAGGAAACUGAUCUCCG ..((((((((..........))))))))......(((...(((((.......)))))....)))..(((((..((((((((.......)))))))))))))..(((....)))....... ( -38.80) >consensus CCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACCAGCGUCGAUCAAACGCUUUAGUGCCCGUUGCUUGGUGGGAUGCGCCUGAUCCCACCACAGCUGAAGGAAGCUGAUCUCCG ..(((((((((........)))))))))((((..(((...(((((.......)))))....)))..((((..(((((((((.......)))))))))))))))))(((........))). (-38.58 = -39.14 + 0.56)
Location | 11,645,517 – 11,645,637 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 97.50 |
Mean single sequence MFE | -34.57 |
Consensus MFE | -31.52 |
Energy contribution | -31.32 |
Covariance contribution | -0.20 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.28 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 0.24 |
SVM RNA-class probability | 0.650827 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11645517 120 - 27905053 GACAUUCAGGUUGUUCUUUAGCCACUGAUGGCCCUCGAUGAGCUGAUCUAACAUCGGAUAGAUGUGGACAUUCGCCUCAUCCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACC ........((((((......((((....))))....((((((.(((((((.((((.....))))))))...))).)))))).(((((((((........)))))))))......)))))) ( -37.40) >DroSec_CAF1 26369 120 - 1 GACAUUCAGAUUGUUUUUUAGCCACUGAUGGCCCUCGAUGAGCUGAUCUAACAUCGGAUAGAUGUGGACAUUCGCCUCAUCCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACC ..(((.(((...(((....)))..))))))((....((((((.(((((((.((((.....))))))))...))).)))))).(((((((((........)))))))))......)).... ( -32.50) >DroSim_CAF1 28555 120 - 1 GACAUUCAGAUUGUUUUUUAGCCACUGAUGGCCCUCGAUGAGCUGAUCUAACAUCGGAUAGAUGUGGACAUUCGCCUCAUCCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACC ..(((.(((...(((....)))..))))))((....((((((.(((((((.((((.....))))))))...))).)))))).(((((((((........)))))))))......)).... ( -32.50) >DroEre_CAF1 24263 120 - 1 GACAUUCAGAUUGUUUUUAAGCCACUGAUGGCCCUCGAUGAGCUGAUCUAACAUCGGAUAGAUGUGGACAUUCGCCUCAUCCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACC .....((..((((.......((((....))))....((((((.(((((((.((((.....))))))))...))).)))))).(((((((((........)))))))))..))))..)).. ( -32.40) >DroYak_CAF1 26851 120 - 1 GACAUUAAGGUUGUUUUUUAGCCACUGAUGGCCCUCGAUGAGCUGAUCUAGCAUCGGAUAGAUGUGGACAUUCGCCUCAUCCGUCAUCACCCAUCCACCAGUGGUGAUCUCAAUGCGACC ........((((((......(((((((.(((.....(((((((((...))))..(((((.((.((((....)))).))))))))))))......))).))))))).........)))))) ( -38.06) >consensus GACAUUCAGAUUGUUUUUUAGCCACUGAUGGCCCUCGAUGAGCUGAUCUAACAUCGGAUAGAUGUGGACAUUCGCCUCAUCCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACC (.((((.(((((.............(((((((....((((((.(((((((.((((.....))))))))...))).)))))).))))))).(((((....))))).))))).))))).... (-31.52 = -31.32 + -0.20)
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