Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,614,577 – 11,614,697 |
Length | 120 |
Max. P | 0.566290 |
Location | 11,614,577 – 11,614,697 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.39 |
Mean single sequence MFE | -46.98 |
Consensus MFE | -34.57 |
Energy contribution | -31.88 |
Covariance contribution | -2.68 |
Combinations/Pair | 1.50 |
Mean z-score | -2.30 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.566290 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11614577 120 - 27905053 CAGAUCGCACAGAUUGUUUGCAUUCACGGCAUGAUCGCCCAGAGUCGGAAGAUUCUGGAAUGUUAUCCAGGCGGCGCUGUGCGUGUUCUUGCCUAGGGAAUAAUUGUGUAACGCACGCCA ..((((.....))))....((((((..(((......)))(((((((....)))))))))))))......(((((((.((..(.(((((((.....)))))))...)..)).))).)))). ( -44.80) >DroSec_CAF1 4528 120 - 1 CAGAUCGCACAGAUUGUUGGCAUUCACGGCAUGAUCGCCCAGAGUCGGAAGAUUCUGGAAUGUUAUCCAGGCGGCGCUGUGCGUGUUCUUGCCUAGGGAAUAAUUGUGCAACGCCCGCCA ..((((.....))))..((((((((..(((......)))(((((((....)))))))))))))))....(((((((.((..(.(((((((.....)))))))...)..)).)).))))). ( -49.30) >DroSim_CAF1 4535 120 - 1 CAGAUCGCACAGAUUGUUGGCAUUUACGGCAUGAUCGCCCAGAGUCGGAAGAUUCUGGAAUGUUAUCCAGGCGGCGCUGUGCGUGUUCUUGCCUUGGGAAUAAUUGUGCAACGCCCGCCA ..((((.....))))..((((((((..(((......)))(((((((....)))))))))))))))....(((((((.((..(.(((((((.....)))))))...)..)).)).))))). ( -47.00) >DroEre_CAF1 2098 120 - 1 CAGAUCGCACAGAUUAUUCGCAUUCACGGCGUGGUCGCCCAGGGUCGAAAGAUUCUGGAAUGUAAGCCAAGCGGCGCUGUGAGUGUUCUUUCCCAAGGAGUAAUUGUGCAACGCCCGCCA ......((((((.(((((((((((((((((((.((.((((((((((....)))))))).......))...)).))))))))))))).(((....)))))))))))))))........... ( -49.41) >DroYak_CAF1 2097 120 - 1 CAGGUCGCACAGAUUAUUCGCAUUUACGGCGUGGUCGCCCAGAGUUGAAAGAUUCUGGAAUGUAAUCCAGGCGGCGCUGUGGGUGUUCUUCCCCAAGGAGUAGUUGUGUAACGCCCGCCA ...((..((((.((((((((((((((((((((.(((..((((((((....))))))))..((.....))))).))))))))))))).(((....))))))))))))))..))........ ( -46.70) >DroAna_CAF1 2078 120 - 1 CAGAUCACACAGGUUAUGGGCGUUCGCGGCAUGAUCACCCAUAGUGGGUAGAUUCUGAAGGGUAAACCAGGCCGCGUUGUGGGUGCUCCUUCCCAGGGCGUAGUUGUGUAAAGGGCGCCA ..((((.....))))...((((((((((((..((((((((.....)))).)))).....((.....))..)))))(((.((((........)))).))).............))))))). ( -44.70) >consensus CAGAUCGCACAGAUUAUUGGCAUUCACGGCAUGAUCGCCCAGAGUCGGAAGAUUCUGGAAUGUAAUCCAGGCGGCGCUGUGCGUGUUCUUGCCCAGGGAAUAAUUGUGCAACGCCCGCCA ......(((((.((((((.(((..((((((........((((((((....))))))))..(((.......)))..))))))..)))(((......))))))))))))))........... (-34.57 = -31.88 + -2.68)
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