Locus 439

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 1,663,851 – 1,664,005
Length 154
Max. P 0.994661
window714 window715

overview

Window 4

Location 1,663,851 – 1,663,965
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 68.71
Mean single sequence MFE -48.55
Consensus MFE -21.85
Energy contribution -24.27
Covariance contribution 2.42
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -2.54
Structure conservation index 0.45
SVM decision value 2.50
SVM RNA-class probability 0.994661
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1663851 114 + 27905053
GCUCUUCGGCG---UGCUCAAUG---CUGGCGGUGCUGAUGUGCCGUUCUGGUUCUUCAGCGCCUGGAUGGGGGUGGCCACUGCCUACGUUGCCAUCGCCUUGCAGGAGACGAAGGGCAA
((((((((...---..(((..((---(.(((((((((((...(((.....)))...))))))))..((((((.(((((....))).)).)..))))))))..))).))).)))))))).. ( -53.80)
>DroVir_CAF1 6802 117 + 1
AUGCUUUGGCAUCAUGAUCACCG---ACUGGGGCUCGGACAUGACCUUCUGGUUCUUUGCCGGCUGCAUGGCCGUUGCCACAGUGUAUGUGGCACUUGCGGUGGUCGAAACAAAGGGCAA
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>DroWil_CAF1 10804 117 + 1
AUCAUUUGGCACCAUGAACGAUU---CAUUGGGAUCGGAUGUCACCUUUUGGUUCUUUGCCGUUUGCAUGGCUCUGGCCACCAUAUUUGUGGCAUUGGCCGUGCAGGAGACAAAGGGCAA
..(((((((..((((((.....)---)).)))..)))))))..........((((((((.(.(((((((((((...(((((.......)))))...))))))))))).).)))))))).. ( -45.90)
>DroYak_CAF1 2487 114 + 1
GCUCUUUGGUC---UGCUUACGG---CUGCUGGUGCUGAUGUGCCGUUCUGGUUCUUUAGCGCCUGGAUGGCGGUGGCCACUGCUUACGUGGCCAUUGCCUUGCAGGAGACGAAGGGCAA
((((((((.((---(((......---.....((((((((...(((.....)))...)))))))).....((((((((((((.......))))))))))))..)))))...)))))))).. ( -57.50)
>DroMoj_CAF1 2503 117 + 1
AUGCUUCGGCAUCAUGAUAACAG---AGUGGGGCUCGGAUGUAACGUUCUGGUUCUUUGCCGGCUGCAUGGCCCUGGCUACGGUUUAUGUGGCCGUAGCCGUGGUGGAAACAAAGGGCCG
((((.((((((....((...(((---((((..((......))..)))))))..))..))))))..))))((((((((((((((((.....))))))))))....((....)).)))))). ( -56.90)
>DroAna_CAF1 2005 117 + 1
GUGCUUCGGAA---UGAUGAACACAACCCUCGGAUCGGACAUAACGUUCUGGUUCUUUGCCACCUGGAUGGCUGUGGCCACCGUUUACGUUGCCCUUGCAGUGCGGGAGACAAAAGGAAA
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>consensus
AUGCUUCGGCA___UGAUCAACG___CCUGGGGAUCGGAUGUGACGUUCUGGUUCUUUGCCGCCUGCAUGGCCGUGGCCACCGUUUACGUGGCCAUUGCCGUGCAGGAGACAAAGGGCAA
...................................((((........))))((((((((...((((.(((((...((((((.......))))))...))))).))))...)))))))).. (-21.85 = -24.27 +   2.42)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 1,663,885 – 1,664,005
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 72.89
Mean single sequence MFE -45.12
Consensus MFE -22.23
Energy contribution -24.57
Covariance contribution 2.34
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.83
Structure conservation index 0.49
SVM decision value 0.64
SVM RNA-class probability 0.809441
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1663885 120 + 27905053
GUGCCGUUCUGGUUCUUCAGCGCCUGGAUGGGGGUGGCCACUGCCUACGUUGCCAUCGCCUUGCAGGAGACGAAGGGCAAGAGUGCCAGUCAAAUCCAGAGCUGGUUGAGCGGACGUUGA
((.((((((.......(((((..((((((((.((((((.((.......)).)))))).)).....(....)((..((((....))))..))..)))))).)))))..))))))))..... ( -48.80)
>DroVir_CAF1 6839 120 + 1
AUGACCUUCUGGUUCUUUGCCGGCUGCAUGGCCGUUGCCACAGUGUAUGUGGCACUUGCGGUGGUCGAAACAAAGGGCAAGACCUCCAGCCAAAUACAAACGUGGCUAAGCGGCCAUUAA
........(((((.....)))))....((((((((((((((..(((((.((((......((.((((....(....)....)))).)).)))).)))))...)))))..)))))))))... ( -45.70)
>DroPse_CAF1 6085 120 + 1
GUCACUUUCUGGUUCUUCGCCACGUGCAUGGCCGCUGCCACCAUCUAUGUGGCCACAAUGCUGCAGGAGACGAAGGGCAAGAGUGCCAGCCAAAUACAGUCCUGGCUAAAUGGACGCUAA
((((((((...((((((((.(.(.(((((((((((.............)))))))......)))).).).)))))))).)))))(((((............)))))......)))..... ( -39.82)
>DroWil_CAF1 10841 120 + 1
GUCACCUUUUGGUUCUUUGCCGUUUGCAUGGCUCUGGCCACCAUAUUUGUGGCAUUGGCCGUGCAGGAGACAAAGGGCAAGAGUGCCAGUCAGAUACAAAGCUGGCUGAGUGGUCGUCAA
...(((....)))...(((((.(((((((((((...(((((.......)))))...)))))))).(....)))).)))))((.((((((((((........))))))).))).))..... ( -50.00)
>DroMoj_CAF1 2540 120 + 1
GUAACGUUCUGGUUCUUUGCCGGCUGCAUGGCCCUGGCUACGGUUUAUGUGGCCGUAGCCGUGGUGGAAACAAAGGGCCGAAGUUCCAGUCAAAUACAAACGUGGCUCAGCGGACAUUAA
.....((((((((.....))))((((..(((((((((((((((((.....))))))))))....((....)).))))))).......(((((..........)))))))))))))..... ( -47.40)
>DroAna_CAF1 2042 120 + 1
AUAACGUUCUGGUUCUUUGCCACCUGGAUGGCUGUGGCCACCGUUUACGUUGCCCUUGCAGUGCGGGAGACAAAAGGAAAAACCGCCGGCCAAAUCCAGGACUGGCUCAGUGGACACUAA
.....((((.....((..(((((((((((.....(((((...((((.((((((....)))..)))..))))....((........))))))).)))))))..))))..)).))))..... ( -39.00)
>consensus
GUAACGUUCUGGUUCUUUGCCGCCUGCAUGGCCGUGGCCACCGUCUAUGUGGCCAUAGCCGUGCAGGAGACAAAGGGCAAGAGUGCCAGCCAAAUACAAACCUGGCUAAGCGGACAUUAA
.......(((.((((((((.(.(((((((.((...((((((.......))))))...)).))))))).).)))))))).))).....(((((..........)))))............. (-22.23 = -24.57 +   2.34)

alignment

Postscript

secondary structure

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