| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 11,526,515 – 11,526,612 |
| Length | 97 |
| Max. P | 0.500000 |
| Location | 11,526,515 – 11,526,612 |
|---|---|
| Length | 97 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 112 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 75.06 |
| Mean single sequence MFE | -30.40 |
| Consensus MFE | -7.48 |
| Energy contribution | -8.54 |
| Covariance contribution | 1.06 |
| Combinations/Pair | 1.10 |
| Mean z-score | -2.45 |
| Structure conservation index | 0.25 |
| SVM decision value | -0.07 |
| SVM RNA-class probability | 0.500000 |
| Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11526515 97 + 27905053 ------GAGCUAGUGUUAGUGUGUGUGUGUGUGCAGCGUGUUUGAGCCAUUAAAAUUACGCC-------UAACGGAGUUGCACAAAACACACCCA--AAAACAUACACACGA ------......(((((..((.((((((.((((((((((((((((....)))))..))).((-------....)).))))))))..)))))).))--..)))))........ ( -30.50) >DroPse_CAF1 37661 91 + 1 GCGUGAGUGUUUGUGUUUCUAUCUGUGUGUUUGCAUCGUGUUUGAGCCAUUAAAAUUACGCC-------UAACGGAGUCACACA-----CACACA--AACAACCU------- ((....))((((((((........((((((..((..(((((((((....)))))..))))((-------....)).)).)))))-----))))))--))).....------- ( -22.60) >DroSec_CAF1 59995 101 + 1 GUGGGUGAGCUAGUGUUAGUGUGU--GUGUGUGCAGCGUGUUUGAGCCAUUAAAAUUACGCC-------UAACGGAGUUGCACAAAACACACCCA--AAGUCAUACAGACGA .(((((..((((....))))((((--...((((((((((((((((....)))))..))).((-------....)).))))))))..)))))))))--..(((.....))).. ( -32.70) >DroEre_CAF1 63542 108 + 1 GUGGCAGAGUUAGUGUUAGUGUG----UGUGUGCAGCGUGUUUGAGCCAUUAAAAUUACGCCUAACGCCUAACGGCGUUGCACAAAACACACCCAUACAGUCAUACAGACAA ............((((..(((((----(.(((((.((((((((((....)))))..)))))..((((((....)))))))))))..))))))..)))).(((.....))).. ( -37.70) >DroYak_CAF1 58758 99 + 1 GUGGGUGGGCUAGUGUUAGUGUG----UGUGUGCAGCGUGUUUGAGCCAUUAAAAUUACGCC-------UAACGGAGUUGCACAAAACACACCCA--AAGUCACACACACAA (((.(((((((..((...(((((----(.((((((((((((((((....)))))..))).((-------....)).))))))))..)))))).))--.)))).))).))).. ( -35.10) >DroPer_CAF1 37341 93 + 1 GCGUGAGUGUUUGUGUUUCUAUCUGUGUGUUUGCAUCGUGUUUGAGCCAUUAAAAUUACGCC-------UAACGGAGUCACACA---CACACACA--AACAACCU------- ((....))((((((((........((((((.(((..(((((((((....)))))..))))((-------....)).).)).)))---))))))))--))).....------- ( -23.80) >consensus GUGGGAGAGCUAGUGUUAGUGUGU__GUGUGUGCAGCGUGUUUGAGCCAUUAAAAUUACGCC_______UAACGGAGUUGCACAAAACACACCCA__AAGACACACA_AC_A ..................(((((....(((((((..(((.(((((....))))).................)))..).))))))...))))).................... ( -7.48 = -8.54 + 1.06)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:27:25 2006