Locus 4284

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 11,408,589 – 11,408,741
Length 152
Max. P 0.999991
window6965 window6966 window6967 window6968

overview

Window 5

Location 11,408,589 – 11,408,707
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.12
Mean single sequence MFE -32.54
Consensus MFE -26.91
Energy contribution -27.91
Covariance contribution 1.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.42
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.586326
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11408589 118 + 27905053
GCGGACGUGGACAUGGGAUC--GAGUUUGACUAAUAAAGGUAACCAGAAAUUAACAUAUUCCCAGCUCCCAUGCAUUGAUUGCUGCAACUUAUCAGCAGCUAAUCAGCAGCAUGAGGCCA
..((.(..(((..(((((((--..(((...((.....))..)))..))...........)))))..)))(((((.(((((((((((.........))))).))))))..))))).).)). ( -31.40)
>DroSec_CAF1 156215 118 + 1
UCGGACGUGGACAUGGUAUC--GGGUUUGACUAAUAAAGGCAACCAGAAAUUAACAUAUUCCCUGCUCCCAUGCAUUGAUUGCUGCAACUUAUCAGCAGCUAAUCAGCAGCAUGAGGCCA
((((((.(((........))--).))))))........(((...(((.(((......)))..)))....(((((.(((((((((((.........))))).))))))..)))))..))). ( -30.10)
>DroSim_CAF1 147687 118 + 1
UCGGACGUGGACAUGGGAUC--GGGUUUGACUAAUAAAGGUAACCAGAAAUUAACAUAUUCCCAGCUCCCAUGCAUUGAUUGCUGCAACUUAUCAGCAGCUAAUCAGCAGCAUGAGGCCA
..((.(..(((..(((((((--.((((...((.....))..)))).))...........)))))..)))(((((.(((((((((((.........))))).))))))..))))).).)). ( -34.50)
>DroEre_CAF1 143921 118 + 1
UCGGACGUGGACAUGGGAUC--GGGUUCGACUAAUAAAGGUAACCAGAAAUUAACAUAUUCCCAGCUCCCAUGCAUUGAUUGCUGCAACUUAUCAGCAGCUAAUCAGCAGCAUGAGGCCA
..((.(..(((..(((((((--.((((..(((......))))))).))...........)))))..)))(((((.(((((((((((.........))))).))))))..))))).).)). ( -34.30)
>DroYak_CAF1 147747 120 + 1
UCGGACGUGGACAUGGGAUCUUUGCUCCGACUAAUAAAGGUAACCAGAAAUUAACAUAUUCCCAGCUCCCAUGCAUUGAUUGCUGCAACUUAUCAGCAGCUAAUCAUCAGCAUGCGGCCG
.(((.((.(((..((((((((.....((..........)).....)))...........)))))..)))(((((..((((((((((.........))))).)))))...))))))).))) ( -32.40)
>consensus
UCGGACGUGGACAUGGGAUC__GGGUUUGACUAAUAAAGGUAACCAGAAAUUAACAUAUUCCCAGCUCCCAUGCAUUGAUUGCUGCAACUUAUCAGCAGCUAAUCAGCAGCAUGAGGCCA
..((.(..(((..(((((.....((((...((.....))..))))..............)))))..)))(((((..((((((((((.........))))).)))))...))))).).)). (-26.91 = -27.91 +   1.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 11,408,589 – 11,408,707
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.12
Mean single sequence MFE -36.08
Consensus MFE -32.28
Energy contribution -32.08
Covariance contribution -0.20
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.71
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 1.78
SVM RNA-class probability 0.977129
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11408589 118 - 27905053
UGGCCUCAUGCUGCUGAUUAGCUGCUGAUAAGUUGCAGCAAUCAAUGCAUGGGAGCUGGGAAUAUGUUAAUUUCUGGUUACCUUUAUUAGUCAAACUC--GAUCCCAUGUCCACGUCCGC
.((((((((((...(((((.(((((.........))))))))))..))))))).)))((((....(((.....(((((.......)))))...)))..--..)))).............. ( -34.90)
>DroSec_CAF1 156215 118 - 1
UGGCCUCAUGCUGCUGAUUAGCUGCUGAUAAGUUGCAGCAAUCAAUGCAUGGGAGCAGGGAAUAUGUUAAUUUCUGGUUGCCUUUAUUAGUCAAACCC--GAUACCAUGUCCACGUCCGA
..(((((((((...(((((.(((((.........))))))))))..))))))).))..(((.((((......((.((((..((.....))...)))).--))...)))))))........ ( -35.10)
>DroSim_CAF1 147687 118 - 1
UGGCCUCAUGCUGCUGAUUAGCUGCUGAUAAGUUGCAGCAAUCAAUGCAUGGGAGCUGGGAAUAUGUUAAUUUCUGGUUACCUUUAUUAGUCAAACCC--GAUCCCAUGUCCACGUCCGA
.((((((((((...(((((.(((((.........))))))))))..))))))).))).(((.((((......((.((((..((.....))...)))).--))...)))))))........ ( -34.80)
>DroEre_CAF1 143921 118 - 1
UGGCCUCAUGCUGCUGAUUAGCUGCUGAUAAGUUGCAGCAAUCAAUGCAUGGGAGCUGGGAAUAUGUUAAUUUCUGGUUACCUUUAUUAGUCGAACCC--GAUCCCAUGUCCACGUCCGA
.((((((((((...(((((.(((((.........))))))))))..))))))).))).(((.((((......((.((((..((.....))...)))).--))...)))))))........ ( -35.90)
>DroYak_CAF1 147747 120 - 1
CGGCCGCAUGCUGAUGAUUAGCUGCUGAUAAGUUGCAGCAAUCAAUGCAUGGGAGCUGGGAAUAUGUUAAUUUCUGGUUACCUUUAUUAGUCGGAGCAAAGAUCCCAUGUCCACGUCCGA
(((.(((((((...(((((.(((((.........))))))))))..)))))(((..(((((...((((.....(((((.......)))))....))))....)))))..))).)).))). ( -39.70)
>consensus
UGGCCUCAUGCUGCUGAUUAGCUGCUGAUAAGUUGCAGCAAUCAAUGCAUGGGAGCUGGGAAUAUGUUAAUUUCUGGUUACCUUUAUUAGUCAAACCC__GAUCCCAUGUCCACGUCCGA
(((((((((((...(((((.(((((.........))))))))))..)))))))(((..(((((......)))))..)))..........))))........................... (-32.28 = -32.08 +  -0.20)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 7

Location 11,408,627 – 11,408,741
Length 114
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.85
Mean single sequence MFE -27.86
Consensus MFE -26.80
Energy contribution -26.80
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -3.50
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 5.60
SVM RNA-class probability 0.999991
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11408627 114 + 27905053
UAACCAGAAAUUAACAUAUUCCCAGCUCCCAUGCAUUGAUUGCUGCAACUUAUCAGCAGCUAAUCAGCAGCAUGAGGCCAUAGAC------GAUCUGAAAUCUCAGCACCUAAUUUCCUC
......(((((((...........(((..(((((.(((((((((((.........))))).))))))..))))).))).......------...((((....))))....)))))))... ( -27.60)
>DroSec_CAF1 156253 114 + 1
CAACCAGAAAUUAACAUAUUCCCUGCUCCCAUGCAUUGAUUGCUGCAACUUAUCAGCAGCUAAUCAGCAGCAUGAGGCCAUAGAC------GAUCUGAAAUCUCAGCACCUAAUUUCCUC
......(((((((.........(((..(((((((.(((((((((((.........))))).))))))..))))).))...)))..------...((((....))))....)))))))... ( -27.90)
>DroSim_CAF1 147725 114 + 1
UAACCAGAAAUUAACAUAUUCCCAGCUCCCAUGCAUUGAUUGCUGCAACUUAUCAGCAGCUAAUCAGCAGCAUGAGGCCAUAGAC------UAUCUGAAAUCUCAGCACCUAAUUUCCUC
......(((((((...........(((..(((((.(((((((((((.........))))).))))))..))))).))).......------...((((....))))....)))))))... ( -27.60)
>DroEre_CAF1 143959 114 + 1
UAACCAGAAAUUAACAUAUUCCCAGCUCCCAUGCAUUGAUUGCUGCAACUUAUCAGCAGCUAAUCAGCAGCAUGAGGCCACAGAC------GCUCUGAAAUCUCAGCACCUAAUUUCCUC
......(((((((...........(((..(((((.(((((((((((.........))))).))))))..))))).))).......------(((..(....)..)))...)))))))... ( -28.40)
>DroYak_CAF1 147787 120 + 1
UAACCAGAAAUUAACAUAUUCCCAGCUCCCAUGCAUUGAUUGCUGCAACUUAUCAGCAGCUAAUCAUCAGCAUGCGGCCGUAGACCUGAUAGAUCUGAUAUCUCAGCACCUAAUUUCCUC
......(((((((.((..((..(.((.(.(((((..((((((((((.........))))).)))))...))))).))).)..))..))......((((....))))....)))))))... ( -27.80)
>consensus
UAACCAGAAAUUAACAUAUUCCCAGCUCCCAUGCAUUGAUUGCUGCAACUUAUCAGCAGCUAAUCAGCAGCAUGAGGCCAUAGAC______GAUCUGAAAUCUCAGCACCUAAUUUCCUC
......(((((((...........(((..(((((..((((((((((.........))))).)))))...))))).)))................((((....))))....)))))))... (-26.80 = -26.80 +   0.00)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 11,408,627 – 11,408,741
Length 114
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.85
Mean single sequence MFE -38.62
Consensus MFE -35.98
Energy contribution -36.22
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -3.17
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 5.08
SVM RNA-class probability 0.999972
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11408627 114 - 27905053
GAGGAAAUUAGGUGCUGAGAUUUCAGAUC------GUCUAUGGCCUCAUGCUGCUGAUUAGCUGCUGAUAAGUUGCAGCAAUCAAUGCAUGGGAGCUGGGAAUAUGUUAAUUUCUGGUUA
..(((((((((((.(((......))))))------.(((.(((((((((((...(((((.(((((.........))))))))))..))))))).)))))))......))))))))..... ( -38.10)
>DroSec_CAF1 156253 114 - 1
GAGGAAAUUAGGUGCUGAGAUUUCAGAUC------GUCUAUGGCCUCAUGCUGCUGAUUAGCUGCUGAUAAGUUGCAGCAAUCAAUGCAUGGGAGCAGGGAAUAUGUUAAUUUCUGGUUG
..(((((((((((.(((......))))))------.(((...(((((((((...(((((.(((((.........))))))))))..))))))).))..)))......))))))))..... ( -38.80)
>DroSim_CAF1 147725 114 - 1
GAGGAAAUUAGGUGCUGAGAUUUCAGAUA------GUCUAUGGCCUCAUGCUGCUGAUUAGCUGCUGAUAAGUUGCAGCAAUCAAUGCAUGGGAGCUGGGAAUAUGUUAAUUUCUGGUUA
..(((((((((...(((......)))(((------.(((.(((((((((((...(((((.(((((.........))))))))))..))))))).))))))).))).)))))))))..... ( -37.40)
>DroEre_CAF1 143959 114 - 1
GAGGAAAUUAGGUGCUGAGAUUUCAGAGC------GUCUGUGGCCUCAUGCUGCUGAUUAGCUGCUGAUAAGUUGCAGCAAUCAAUGCAUGGGAGCUGGGAAUAUGUUAAUUUCUGGUUA
..(((((((((((.(((......))).))------.(((.(((((((((((...(((((.(((((.........))))))))))..))))))).))))))).....)))))))))..... ( -38.40)
>DroYak_CAF1 147787 120 - 1
GAGGAAAUUAGGUGCUGAGAUAUCAGAUCUAUCAGGUCUACGGCCGCAUGCUGAUGAUUAGCUGCUGAUAAGUUGCAGCAAUCAAUGCAUGGGAGCUGGGAAUAUGUUAAUUUCUGGUUA
..(((((((((((.((((....)))))))...((..(((.(((((.(((((...(((((.(((((.........))))))))))..))))).).)))))))...)).))))))))..... ( -40.40)
>consensus
GAGGAAAUUAGGUGCUGAGAUUUCAGAUC______GUCUAUGGCCUCAUGCUGCUGAUUAGCUGCUGAUAAGUUGCAGCAAUCAAUGCAUGGGAGCUGGGAAUAUGUUAAUUUCUGGUUA
..(((((((((...((((....))))..........(((.(((((((((((...(((((.(((((.........))))))))))..))))))).))))))).....)))))))))..... (-35.98 = -36.22 +   0.24)

alignment

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