Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,570,911 – 1,571,031 |
Length | 120 |
Max. P | 0.647937 |
Location | 1,570,911 – 1,571,031 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.72 |
Mean single sequence MFE | -53.30 |
Consensus MFE | -37.43 |
Energy contribution | -37.55 |
Covariance contribution | 0.12 |
Combinations/Pair | 1.42 |
Mean z-score | -1.84 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.24 |
SVM RNA-class probability | 0.647937 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 1570911 120 - 27905053 CUCCGUGUCCACAGGCUCCGGCGUGGCCGAUUUUACGGAGUCAGCCCGUUCCGGGGAGGCGGCCCGGGAACGGAAGUUGGGCGGCUUCUUGCCGCUGUACGUAAUUAGCGGAUACACACC ....((((((...(((.((((((.(((.(((((....))))).)))))..))))((((((.(((((...((....))))))).)))))).)))((((........))))))))))..... ( -56.40) >DroVir_CAF1 2009 120 - 1 CUCAGUGUCCACCGGCUCCGGCGUUGCCGACUUGACCGAGUCGGCACGUUCGGGCGAGGCAGCGCGCGAACGAAAAUGUGGCGGCUUCUUGCCACUGUACGUGAUUAGCGGAUAGACACC ....(((((..(((.((...(((((((((((((....)))))))))((((((.(((......))).)))))).....(((((((....)))))))...))))....)))))...))))). ( -51.80) >DroGri_CAF1 1668 120 - 1 CUCGGUGUCCACAGGUUCUGGCGUGGCCGAUUUGACCGAAUCGGCACGCUCUGGUGAAGCGGCACGCGACCGAAAAUGAGGCGGCUUCUUGCCGCUGUAUGUUAUCAGUGGAUAGACACC ...(((((((((.((((...(((((((((((((....)))))))).(((((....).)))).)))))))))((.((((.((((((.....))))))...)))).)).)))))....)))) ( -52.60) >DroWil_CAF1 1746 120 - 1 UUCCGUGUCCACCGGCUCCGGAGUGGCUGAUUUCACAGAAUCAGCACGCUCCGGUGACGCGGCUCGUGAUCGGAAAUUCGGCGGCUUUUUGCCGCUGUACGUGAUCAGCGGAUAGACGCC ..(((((((.((((....)((((((((((((((....)))))))).))))))))))))))))....((((((......(((((((.....)))))))....))))))(((......))). ( -58.90) >DroMoj_CAF1 1846 120 - 1 UUCGGUAUCCACUGGCUCCGGCGUCUCCGAUUUGACUGAGUCGGCGCGUUCCGGGGACGCGGCACGCGAACGAAAAUGUGGCGGCUUCUUGCCGCUGUACGUGAUCAGCGGAUAGACACC .....(((((.((((.((((((((..(((((((....)))))))((((((.....))))))..)))).........((..(((((.....)))))..)))).)))))).)))))...... ( -48.40) >DroAna_CAF1 1694 120 - 1 CUCGGUGUCCACCGGUUCCGGUGAGGCCGAUUUCACGGAGUCAGCCCGUUCUGGCGAGGCGGCCCGCGAACGGAAAGUUGGCGGCUUCUUGCCGCUGUACGUGAUCAGCGGAUAUACCCC .(((((....))))).((((.((((((((((((....))))).((((((....))).)))))))(((((((.....)))((((((.....))))))...)))).))).))))........ ( -51.70) >consensus CUCGGUGUCCACCGGCUCCGGCGUGGCCGAUUUGACCGAGUCAGCACGUUCCGGCGAGGCGGCACGCGAACGAAAAUGUGGCGGCUUCUUGCCGCUGUACGUGAUCAGCGGAUAGACACC .....(((((...(((.((((((.(((((((((....)))))))))))..)))).(((((.((.((((........)))))).)))))..)))((((........)))))))))...... (-37.43 = -37.55 + 0.12)
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