Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,374,949 – 11,375,069 |
Length | 120 |
Max. P | 0.993152 |
Location | 11,374,949 – 11,375,069 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.50 |
Mean single sequence MFE | -43.66 |
Consensus MFE | -36.76 |
Energy contribution | -37.92 |
Covariance contribution | 1.16 |
Combinations/Pair | 1.13 |
Mean z-score | -1.81 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 1.42 |
SVM RNA-class probability | 0.952408 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11374949 120 + 27905053 GGCCUUCCUCACUGGCUUCAAUCGGGCAUUGAGCGUCUCGCAGAUCUUACGGACUGCGUAGCAGACACUCUCGCUUCCGAUGGCAUAGCCAGUGACCAUUGAAUUGGCUCCAUUGAUGCU (((((((.(((((((((...(((((((...(((.(((((((((.((.....)))))))....)))).)))..))..))))).....))))))))).....)))..))))........... ( -43.20) >DroSec_CAF1 122587 120 + 1 GGCCCUUUUCACUGGCUUCAAUCGGGCAUUGAGCGUUUCGCAGAUCUUACUGACUGCAUAGCAGACACUCUCGCUUCCGAUGGCAUAGCCAGUGACCAUCGAAUUGGCUCCAUUGAUGGU ........(((((((((...(((((((...(((.(((((((((.((.....))))))...).)))).)))..))..))))).....)))))))))(((((((..((....))))))))). ( -42.70) >DroSim_CAF1 113591 120 + 1 GGCCUUUCUCACUGGCUUCAAUCGGGCAUUGAGCGUUUCGCAGAUCUUACGGACUGCGUAGCAAACACUCUCGCUUCCGAUGGCAUAGCCAGUGACCAUCGAAUUGGCUCCAUUGAUGGU ........(((((((((...(((((((...(((.(((((((((.((.....)))))))....)))).)))..))..))))).....)))))))))(((((((..((....))))))))). ( -45.20) >DroEre_CAF1 110142 120 + 1 GGCCUUCCUCACUGGCUUCAAGCGGGCGUUGAGCGUCUCGCAGGUCUUACGGACGGCAUAGCAGACACUCUCACUACCGAUGGCGUAGCCCGUGACCAUUGAGUUGGCUCCAUUGAUGGU ((((...((((.(((......((((((...(((.((((.((..(((........)))...)))))).)))....((((....).)))))))))..))).))))..))))(((....))). ( -38.70) >DroYak_CAF1 112680 120 + 1 GGCCUUCCUCACUGGCUUCAGCCGGGCAUUGAGCGUCUCGCAGAUCUUACGGACUGCGUAGCAGACACUCUCACUUCCGAUGGCGUAGCCGGUGACCAUGGAGUUCGCUCCAUUGAUGGU .(((.((.(((((((((...((((((....(((.(((((((((.((.....)))))))....)))).))).....)))...)))..)))))))))..((((((....)))))).)).))) ( -48.50) >consensus GGCCUUCCUCACUGGCUUCAAUCGGGCAUUGAGCGUCUCGCAGAUCUUACGGACUGCGUAGCAGACACUCUCGCUUCCGAUGGCAUAGCCAGUGACCAUCGAAUUGGCUCCAUUGAUGGU ........(((((((((...((((((....(((.(((((((((.((.....)))))))....)))).))).....)))))).....)))))))))(((((((..((....))))))))). (-36.76 = -37.92 + 1.16)
Location | 11,374,949 – 11,375,069 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 91.50 |
Mean single sequence MFE | -45.60 |
Consensus MFE | -37.74 |
Energy contribution | -37.90 |
Covariance contribution | 0.16 |
Combinations/Pair | 1.20 |
Mean z-score | -2.38 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 2.38 |
SVM RNA-class probability | 0.993152 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11374949 120 - 27905053 AGCAUCAAUGGAGCCAAUUCAAUGGUCACUGGCUAUGCCAUCGGAAGCGAGAGUGUCUGCUACGCAGUCCGUAAGAUCUGCGAGACGCUCAAUGCCCGAUUGAAGCCAGUGAGGAAGGCC .((.(((.((((.....)))).)))(((((((((...(.(((((..(((.((((((((....(((((..(....)..)))))))))))))..)))))))).).))))))))).....)). ( -48.40) >DroSec_CAF1 122587 120 - 1 ACCAUCAAUGGAGCCAAUUCGAUGGUCACUGGCUAUGCCAUCGGAAGCGAGAGUGUCUGCUAUGCAGUCAGUAAGAUCUGCGAAACGCUCAAUGCCCGAUUGAAGCCAGUGAAAAGGGCC .(((((((((....).))).)))))(((((((((...(.(((((..(((.((((((......(((((((.....)).)))))..))))))..)))))))).).)))))))))........ ( -41.30) >DroSim_CAF1 113591 120 - 1 ACCAUCAAUGGAGCCAAUUCGAUGGUCACUGGCUAUGCCAUCGGAAGCGAGAGUGUUUGCUACGCAGUCCGUAAGAUCUGCGAAACGCUCAAUGCCCGAUUGAAGCCAGUGAGAAAGGCC .(((((((((....).))).)))))(((((((((...(.(((((..(((.((((((((....(((((..(....)..)))))))))))))..)))))))).).)))))))))........ ( -47.40) >DroEre_CAF1 110142 120 - 1 ACCAUCAAUGGAGCCAACUCAAUGGUCACGGGCUACGCCAUCGGUAGUGAGAGUGUCUGCUAUGCCGUCCGUAAGACCUGCGAGACGCUCAACGCCCGCUUGAAGCCAGUGAGGAAGGCC .(((....))).(((..((((.(((((((((((((((((...))).))).((((((((....(((.(..(....)..).)))))))))))...)))))..))..)))).))))...))). ( -42.50) >DroYak_CAF1 112680 120 - 1 ACCAUCAAUGGAGCGAACUCCAUGGUCACCGGCUACGCCAUCGGAAGUGAGAGUGUCUGCUACGCAGUCCGUAAGAUCUGCGAGACGCUCAAUGCCCGGCUGAAGCCAGUGAGGAAGGCC .((.((.((((((....))))))..((((.((((.((((..(....)...((((((((....(((((..(....)..))))))))))))).......))).).)))).)))).)).)).. ( -48.40) >consensus ACCAUCAAUGGAGCCAAUUCAAUGGUCACUGGCUAUGCCAUCGGAAGCGAGAGUGUCUGCUACGCAGUCCGUAAGAUCUGCGAGACGCUCAAUGCCCGAUUGAAGCCAGUGAGGAAGGCC .(((....))).(((..((......(((((((((...(.(((((..(((.((((((((....(((((..(....)..)))))))))))))..)))))))).).)))))))))))..))). (-37.74 = -37.90 + 0.16)
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