Locus 4234

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	11,374,629 – 11,374,829
Length	200
Max. P	0.942877

overview

Window 1

Location	11,374,629 – 11,374,749
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.67
Mean single sequence MFE	-50.14
Consensus MFE	-47.04
Energy contribution	-47.00
Covariance contribution	-0.04
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.41
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	1.24
SVM RNA-class probability	0.935111
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11374629 120 - 27905053
UCCCUGGAUAGAUGUCGGUCAGGUGGAGGGCGCCUUCGUCAUGGGCCUGGGCUACUGGCUCAGCGAACUGCUCAUCUACGAGGGCGACAAUGGUCGCCUGCUGACUAACCGCACAUGGAA
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>DroSec_CAF1 122267 120 - 1
UCCCUGGAUAGAUGUCGGCCAGGUGGAGGGCGCCUUCGUCAUGGGCCUGGGCUACUGGCUCAGUGAACUGCUCAUCUACGAGGGCGACAAUGGUCGCCUGCUGACCAACCGCACAUGGAA
(((.(((......((((((.((((((...((((((((((.((((((((((((.....))))))......))))))..))))))))).).....))))))))))))......).)).))). ( -51.60)
>DroSim_CAF1 113271 120 - 1
UCCCUGGAUAGAUGUCGGCCAGGUGGAGGGCGCCUUCGUCAUGGGCCUGGGCUACUGGCUCAGCGAACUGCUCAUCUACGAGGGCGACAAUGGUCGCCUGCUAACCAACCGCACAUGGAA
..(((((...(....)..)))))(((.((((((((((((.((((((((((((.....))))))......))))))..))))))))(((....))))))).))).(((........))).. ( -48.80)
>DroEre_CAF1 109822 120 - 1
UCCCUGGAUAGAUGUCGGCCAGGUGGAAGGUGCCUUCGUCAUGGGCCUGGGCUACUGGCUCAGCGAACUGCUCGUCUACGAGGGCGACAACGGUCGCCUCCUGACCAACCGCACCUGGAA
......(((....)))..(((((((...(((((((((((.((((((((((((.....))))))......))))))..))))))))......(((((.....))))).))).))))))).. ( -49.70)
>DroYak_CAF1 112360 120 - 1
UCCCUGGAUAGAUGUCGGCCAGGUGGAGGGUGCCUUCGUCAUGGGCCUGGGCUACUGGCUCAGCGAACUGCUCAUCUACGAGGGCGACAAUGGUCGCCUUUUGACCAACCGCACGUGGAA
(((((((...(....)..))))((((...((((((((((.((((((((((((.....))))))......))))))..)))))))).))..((((((.....)))))).))))....))). ( -48.30)
>consensus
UCCCUGGAUAGAUGUCGGCCAGGUGGAGGGCGCCUUCGUCAUGGGCCUGGGCUACUGGCUCAGCGAACUGCUCAUCUACGAGGGCGACAAUGGUCGCCUGCUGACCAACCGCACAUGGAA
(((.(((......(((((.(((((((..(.(((((((((.((((((((((((.....))))))......))))))..)))))))))....)..))))))))))))......).)).))). (-47.04 = -47.00 +  -0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	11,374,669 – 11,374,789
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.00
Mean single sequence MFE	-53.20
Consensus MFE	-52.42
Energy contribution	-51.54
Covariance contribution	-0.88
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-1.32
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	1.33
SVM RNA-class probability	0.942877
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11374669 120 - 27905053
GGCGGGUGGACAUCCUAGAGGACGCCGGUGAGAGCCUGAGUCCCUGGAUAGAUGUCGGUCAGGUGGAGGGCGCCUUCGUCAUGGGCCUGGGCUACUGGCUCAGCGAACUGCUCAUCUACG
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>DroSec_CAF1 122307 120 - 1
GGCGGGUGGACAUCCUAGAGGACGCCGGCGAAAGCUUGAGUCCCUGGAUAGAUGUCGGCCAGGUGGAGGGCGCCUUCGUCAUGGGCCUGGGCUACUGGCUCAGUGAACUGCUCAUCUACG
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>DroSim_CAF1 113311 120 - 1
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>DroEre_CAF1 109862 120 - 1
GGCGGGUGGACAUCCUGGAGGAUGCCGGCGAGAGCCUGAGUCCCUGGAUAGAUGUCGGCCAGGUGGAAGGUGCCUUCGUCAUGGGCCUGGGCUACUGGCUCAGCGAACUGCUCGUCUACG
(((((((((.(((((....))))))).((..(((((..(((((...(((....)))((((..(((((((....))))..))).)))).)))))...))))).)).....))))))).... ( -52.50)
>DroYak_CAF1 112400 120 - 1
GGCGGGUGGACAUCCUAGAGGAUGCCGGCGAGAGCCUGAGUCCCUGGAUAGAUGUCGGCCAGGUGGAGGGUGCCUUCGUCAUGGGCCUGGGCUACUGGCUCAGCGAACUGCUCAUCUACG
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>consensus
GGCGGGUGGACAUCCUAGAGGACGCCGGCGAGAGCCUGAGUCCCUGGAUAGAUGUCGGCCAGGUGGAGGGCGCCUUCGUCAUGGGCCUGGGCUACUGGCUCAGCGAACUGCUCAUCUACG
....(((.((((((((((.((((.(.(((....))).).))))))))...)))))).)))..(((((((((((((.......))))((((((.....))))))......)))).))))). (-52.42 = -51.54 +  -0.88)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	11,374,709 – 11,374,829
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.00
Mean single sequence MFE	-46.92
Consensus MFE	-44.68
Energy contribution	-44.04
Covariance contribution	-0.64
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-1.07
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	0.16
SVM RNA-class probability	0.611432
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11374709 120 - 27905053
GAGGUGGAGAUCGAUGUGCUGACCGGCAACAUUCUGAUCAGGCGGGUGGACAUCCUAGAGGACGCCGGUGAGAGCCUGAGUCCCUGGAUAGAUGUCGGUCAGGUGGAGGGCGCCUUCGUC
((((((....((.((...((((((((((....((((.((((..((((....))))....((((.(.(((....))).).)))))))).)))))))))))))))).))...)))))).... ( -46.90)
>DroSec_CAF1 122347 120 - 1
GAGGUGGAGAUGGAUGUGCUGACCGGCAACAUUCUGAUCAGGCGGGUGGACAUCCUAGAGGACGCCGGCGAAAGCUUGAGUCCCUGGAUAGAUGUCGGCCAGGUGGAGGGCGCCUUCGUC
......((...(((((((((....))).))))))...)).(((((((.((((((((((.((((.(.(((....))).).))))))))...)))))).)))(((((.....))))).)))) ( -51.40)
>DroSim_CAF1 113351 120 - 1
GAAGUGGAGAUGGAUGUGCUGACCGGGAACAUUCUGAUCAGACGGGUGGACAUCCUAGAAGACGCUGGCGAGAGUCUGAGUCCCUGGAUAGAUGUCGGCCAGGUGGAGGGCGCCUUCGUC
......((...((((((.((....))..))))))...)).(((((((.((((((((((..(((...(((....)))...))).))))...)))))).)))(((((.....))))).)))) ( -41.90)
>DroEre_CAF1 109902 120 - 1
GAGUUGGAGAUGGAUGUGCUGACCGGCAACAUUCUGAUCAGGCGGGUGGACAUCCUGGAGGAUGCCGGCGAGAGCCUGAGUCCCUGGAUAGAUGUCGGCCAGGUGGAAGGUGCCUUCGUC
..((..((...(((((((((....))).))))))...))..)).(((.(((((((..(.((((.(.(((....))).).)))))..)...)))))).))).....((((....))))... ( -48.00)
>DroYak_CAF1 112440 120 - 1
GAGGUGGAGAUGGAUGUUCUGACCGGCAACAUUCUGAUCAGGCGGGUGGACAUCCUAGAGGAUGCCGGCGAGAGCCUGAGUCCCUGGAUAGAUGUCGGCCAGGUGGAGGGUGCCUUCGUC
..(..((((..(.((.((((.((((((.((((.(((.(((((.((.(((.(((((....)))))))(((....)))..).))))))).)))))))..))).))))))).)).)))))..) ( -46.40)
>consensus
GAGGUGGAGAUGGAUGUGCUGACCGGCAACAUUCUGAUCAGGCGGGUGGACAUCCUAGAGGACGCCGGCGAGAGCCUGAGUCCCUGGAUAGAUGUCGGCCAGGUGGAGGGCGCCUUCGUC
......((...(((((((((....))).))))))...)).(((((((.((((((((((.((((.(.(((....))).).))))))))...)))))).)))(((((.....))))).)))) (-44.68 = -44.04 +  -0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

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