Locus 4224

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	11,366,009 – 11,366,209
Length	200
Max. P	0.994275

overview

Window 0

Location	11,366,009 – 11,366,129
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.00
Mean single sequence MFE	-48.28
Consensus MFE	-36.94
Energy contribution	-38.38
Covariance contribution	1.44
Combinations/Pair	1.02
Mean z-score	-1.77
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	0.26
SVM RNA-class probability	0.656315
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11366009 120 + 27905053
AACUUGUAAAGCAAGGAGCAGGCUAGCAUUUGGCGAUAUUCCGGGGAGGCCUCCGGAGGACGCUCCUCGGGUUGCAAGCUAGCUGGGAGUUCCUGAAAGAUCUGCGCAACUGUGGCGGGA
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>DroSec_CAF1 113644 120 + 1
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..(((((...(((..(.((((((((((.....(((((...((((((((((((....))).).)))))))))))))..)))))).(((....))).......)))).)...))).))))). ( -47.60)
>DroSim_CAF1 104674 120 + 1
AACUUGUAAAGCAAGGAGCAGGCUAGCAUCUGGCGAUAUUCCGGGGAAGCCUCCGGCGGACGCUCCUCGGGUUGCAAGCUAGCUGGGAGUUCCUGAAAGAUCUGCGCAACUGUGGCGGGA
..(((((...(((..(.((((((((((.....(((((...(((((((.((.(((...))).))))))))))))))..)))))).(((....))).......)))).)...))).))))). ( -46.00)
>DroEre_CAF1 100999 120 + 1
AACUUGUAGAGCAAGGAGCAGGCUAGCAUCUGGCGAUAUUCCGGGGAGGCUUCCGGUGGCCGCUCCUCCGGCUGCAGACUAGCUGGAAGUUGCUGAAAUAUCUGGGCAACUGUGGCGGGA
..(((((...((..(((((.(((((((.....))......((((((....))))))))))))))))((((((((.....))))))))(((((((.(......).))))))))).))))). ( -49.50)
>DroYak_CAF1 103722 120 + 1
AACUUGUAGAGCAAGGAGCAGGCUAGCAACUGGCGAUAUUCCGGGGAGGCUUCCGGAGGCCGCUCCUCGGGCUGCAGGCUAGCUGGAAGUUGCUGGAAGAUCUGAGCAACUGUGGCGGGA
..(((((((..(.((((((.((((.((.....)).....(((((((....))))))))))))))))).)..)))))))((.((((..(((((((((.....)).))))))).)))).)). ( -50.70)
>consensus
AACUUGUAAAGCAAGGAGCAGGCUAGCAUCUGGCGAUAUUCCGGGGAGGCCUCCGGAGGACGCUCCUCGGGUUGCAAGCUAGCUGGGAGUUCCUGAAAGAUCUGCGCAACUGUGGCGGGA
..(((((...(((((((((.(((((((.....((((...((((((((.((.(((...))).))))))))))))))..)))))))....))))))((....))........))).))))). (-36.94 = -38.38 +   1.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	11,366,049 – 11,366,169
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.50
Mean single sequence MFE	-54.70
Consensus MFE	-46.30
Energy contribution	-46.66
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.98
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	1.90
SVM RNA-class probability	0.982030
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11366049 120 + 27905053
CCGGGGAGGCCUCCGGAGGACGCUCCUCGGGUUGCAAGCUAGCUGGGAGUUCCUGAAAGAUCUGCGCAACUGUGGCGGGAUCGUACAGAUCCCUGCCAGGAAGCAGUUGCUCCACUUGGU
((((((((((((....))).).)))))))).......(((((.((((((.((......)).))..(((((((((((((((((.....)))))).))).....)))))))))))).))))) ( -51.90)
>DroSec_CAF1 113684 120 + 1
CCGGGGAGGCCUCCGGAGGACGCUCCUCGGGUUGCAAGCUAGCUGGGAGUUCCUGAAAGAUCUGCGCAACUGUGGCGGGAUCGUACAGAUCCCUGCCAGGAAGCAGUUGCUCCACUUGGU
((((((((((((....))).).)))))))).......(((((.((((((.((......)).))..(((((((((((((((((.....)))))).))).....)))))))))))).))))) ( -51.90)
>DroSim_CAF1 104714 120 + 1
CCGGGGAAGCCUCCGGCGGACGCUCCUCGGGUUGCAAGCUAGCUGGGAGUUCCUGAAAGAUCUGCGCAACUGUGGCGGGAUCGUACAGAUCCCUGCCAGGAAGCAGUUGCUCCACUUGGU
(((((((.((.(((...))).))))))))).......(((((.((((((.((......)).))..(((((((((((((((((.....)))))).))).....)))))))))))).))))) ( -50.30)
>DroEre_CAF1 101039 120 + 1
CCGGGGAGGCUUCCGGUGGCCGCUCCUCCGGCUGCAGACUAGCUGGAAGUUGCUGAAAUAUCUGGGCAACUGUGGCGGGAUCGUACAGAUCCCUGCCAGGGAGCAGUUGCUCCAGUUGGU
..((((.((((......)))).))))((((((((.....))))))))(((((((.(......).))))))).((((((((((.....)))))).)))).(((((....)))))....... ( -58.30)
>DroYak_CAF1 103762 120 + 1
CCGGGGAGGCUUCCGGAGGCCGCUCCUCGGGCUGCAGGCUAGCUGGAAGUUGCUGGAAGAUCUGAGCAACUGUGGCGGGAUCGUAGAGAUCCCUGCCAGGGAGCAGCUGCUCCAGUUGGU
((((((((((((....)))))..))))))).......(((((((((((((((((((.....))......((.((((((((((.....)))))).)))).)))))))))..)))))))))) ( -61.10)
>consensus
CCGGGGAGGCCUCCGGAGGACGCUCCUCGGGUUGCAAGCUAGCUGGGAGUUCCUGAAAGAUCUGCGCAACUGUGGCGGGAUCGUACAGAUCCCUGCCAGGAAGCAGUUGCUCCACUUGGU
(((((((.((.(((...))).))))))))).......(((((.((((((.((......)).))..(((((((((((((((((.....)))))).))).....)))))))))))).))))) (-46.30 = -46.66 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	11,366,049 – 11,366,169
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.50
Mean single sequence MFE	-48.42
Consensus MFE	-39.72
Energy contribution	-40.36
Covariance contribution	0.64
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.19
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	1.89
SVM RNA-class probability	0.981668
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11366049 120 - 27905053
ACCAAGUGGAGCAACUGCUUCCUGGCAGGGAUCUGUACGAUCCCGCCACAGUUGCGCAGAUCUUUCAGGAACUCCCAGCUAGCUUGCAACCCGAGGAGCGUCCUCCGGAGGCCUCCCCGG
..(((((...(((((((.....((((.((((((.....)))))))))))))))))((.((....)).((.....)).))..)))))....(((.(((((.(((...))).).)))).))) ( -47.30)
>DroSec_CAF1 113684 120 - 1
ACCAAGUGGAGCAACUGCUUCCUGGCAGGGAUCUGUACGAUCCCGCCACAGUUGCGCAGAUCUUUCAGGAACUCCCAGCUAGCUUGCAACCCGAGGAGCGUCCUCCGGAGGCCUCCCCGG
..(((((...(((((((.....((((.((((((.....)))))))))))))))))((.((....)).((.....)).))..)))))....(((.(((((.(((...))).).)))).))) ( -47.30)
>DroSim_CAF1 104714 120 - 1
ACCAAGUGGAGCAACUGCUUCCUGGCAGGGAUCUGUACGAUCCCGCCACAGUUGCGCAGAUCUUUCAGGAACUCCCAGCUAGCUUGCAACCCGAGGAGCGUCCGCCGGAGGCUUCCCCGG
..(((((...(((((((.....((((.((((((.....)))))))))))))))))((.((....)).((.....)).))..)))))....(((.(((((.(((...))).)).))).))) ( -47.30)
>DroEre_CAF1 101039 120 - 1
ACCAACUGGAGCAACUGCUCCCUGGCAGGGAUCUGUACGAUCCCGCCACAGUUGCCCAGAUAUUUCAGCAACUUCCAGCUAGUCUGCAGCCGGAGGAGCGGCCACCGGAAGCCUCCCCGG
.((..((((.(((((((.....((((.((((((.....)))))))))))))))))))))........((..(((((.(((.(....)))).))))).))))...((((........)))) ( -50.80)
>DroYak_CAF1 103762 120 - 1
ACCAACUGGAGCAGCUGCUCCCUGGCAGGGAUCUCUACGAUCCCGCCACAGUUGCUCAGAUCUUCCAGCAACUUCCAGCUAGCCUGCAGCCCGAGGAGCGGCCUCCGGAAGCCUCCCCGG
.....((((((..(((((((((.(((.((((((.....))))))((...(((((((..........)))))))....)).........))).).))))))))))))))............ ( -49.40)
>consensus
ACCAAGUGGAGCAACUGCUUCCUGGCAGGGAUCUGUACGAUCCCGCCACAGUUGCGCAGAUCUUUCAGGAACUCCCAGCUAGCUUGCAACCCGAGGAGCGUCCUCCGGAGGCCUCCCCGG
......(((.(((((((.....((((.((((((.....)))))))))))))))))...((....))........)))((......))...(((.(((((.(((...))).)).))).))) (-39.72 = -40.36 +   0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	11,366,089 – 11,366,209
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.25
Mean single sequence MFE	-37.83
Consensus MFE	-31.76
Energy contribution	-32.08
Covariance contribution	0.32
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.38
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	2.46
SVM RNA-class probability	0.994275
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11366089 120 - 27905053
AUAUGUUUCGGCAACAUUCGACCAGAUUACAUACACGAUGACCAAGUGGAGCAACUGCUUCCUGGCAGGGAUCUGUACGAUCCCGCCACAGUUGCGCAGAUCUUUCAGGAACUCCCAGCU
....((((((....)....((..(((((.....(((.........)))..(((((((.....((((.((((((.....)))))))))))))))))...))))).)).)))))........ ( -37.00)
>DroSec_CAF1 113724 120 - 1
AUAUGUUUUGGCAACAUCCGACCAGAUUACAUACACGAUGACCAAGUGGAGCAACUGCUUCCUGGCAGGGAUCUGUACGAUCCCGCCACAGUUGCGCAGAUCUUUCAGGAACUCCCAGCU
.......((((.....(((....(((((.....(((.........)))..(((((((.....((((.((((((.....)))))))))))))))))...)))))....)))....)))).. ( -37.00)
>DroSim_CAF1 104754 120 - 1
AUAUGUUUCGGCAACAUCCGACCAGAUUACAUACACGAUGACCAAGUGGAGCAACUGCUUCCUGGCAGGGAUCUGUACGAUCCCGCCACAGUUGCGCAGAUCUUUCAGGAACUCCCAGCU
....((((((....)....((..(((((.....(((.........)))..(((((((.....((((.((((((.....)))))))))))))))))...))))).)).)))))........ ( -37.00)
>DroEre_CAF1 101079 120 - 1
AUAUGUUUCGGCAACAUCCGUCCAGAUUACAUACACGAUGACCAACUGGAGCAACUGCUCCCUGGCAGGGAUCUGUACGAUCCCGCCACAGUUGCCCAGAUAUUUCAGCAACUUCCAGCU
..((((((.((((((...((((..............)))).......(((((....))))).((((.((((((.....))))))))))..)))))).))))))...(((........))) ( -38.74)
>DroYak_CAF1 103802 120 - 1
AUAUGUUUCGGCAACAUCCGUCCGGACUACAUACACGAUGACCAACUGGAGCAGCUGCUCCCUGGCAGGGAUCUCUACGAUCCCGCCACAGUUGCUCAGAUCUUCCAGCAACUUCCAGCU
.(((((((((((.......).)))))..))))).....(((.((((((((((....))))..((((.((((((.....)))))))))))))))).)))........(((........))) ( -39.40)
>consensus
AUAUGUUUCGGCAACAUCCGACCAGAUUACAUACACGAUGACCAAGUGGAGCAACUGCUUCCUGGCAGGGAUCUGUACGAUCCCGCCACAGUUGCGCAGAUCUUUCAGGAACUCCCAGCU
....((((((....)........(((((.............((....)).(((((((.....((((.((((((.....)))))))))))))))))...)))))....)))))........ (-31.76 = -32.08 +   0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:22:26 2006