Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,365,621 – 11,365,741 |
Length | 120 |
Max. P | 0.988410 |
Location | 11,365,621 – 11,365,741 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 92.58 |
Mean single sequence MFE | -44.14 |
Consensus MFE | -37.48 |
Energy contribution | -38.16 |
Covariance contribution | 0.68 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.06 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 2.12 |
SVM RNA-class probability | 0.988410 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11365621 120 - 27905053 AAUGCCGUCCAUUGUGCGUUUGUAACUGCGAAGAGAGUGGGUGCCACCAUUGAGCAGAUCGAUCCUUCUGCUGCCCUUCAGUGCAAGGGAGUGGUGGCCUUCUAUUCGGCCGAAGAUAUC ...(((............(((((....)))))..(((((((.(((((((((.((((((........)))))).(((((......))))))))))))))..)))))))))).......... ( -43.40) >DroSec_CAF1 113252 120 - 1 AAUGCCGUCCACUGUGCCUUUGUAACUGCAAAACGAGUGGGUGCCACCAUCGAGCAGAUUGAUCCCUCCGCUGCUCUUCAGUGCAAGGGAGUGGUGGCCUUCUAUUCGGCCAAGGAUAUC ......((((..((.((((((((....)))))..(((((((.(((((((((((.....))))(((((.(((((.....)))))..))))).)))))))..)))))))))))).))))... ( -45.20) >DroSim_CAF1 104286 120 - 1 AAUGCCAUCCACUGUGCCUUUGUAACUGCAAAACGAGUGGGUGCCACCAUCGAGCAGAUUGAUCCUUCCGCUGCUCUUCAGUGCAAGGGAGUGGUGGCCUUCUAUUCGGCCAAGGAUAUC ......((((..((.((((((((....)))))..(((((((.(((((((((((.....))))(((((.(((((.....))))).)))))..)))))))..)))))))))))).))))... ( -43.50) >DroEre_CAF1 100603 120 - 1 AAUGCCGUCCAUUGUGCCUUUGUAACUGCUAAACGAGUUGGUGCCACCAUCGAGCAGAUAGAUCCUUCCGCUGCUCUCCAGUGCAAAGGCGUGGUGGCCUUCUAUUCGGCCAAGGAUAUC ......((((((..((((((((((.(((........(.(((.....))).)((((((...((....))..))))))..)))))))))))))..))((((........))))..))))... ( -46.00) >DroYak_CAF1 103333 120 - 1 AAUGCCGUCCAUUGUGCCUUUGUAACUGCUAAGCGAGUUGGUGCCACCAUCGAGCAGAUUGAUCCUUCCGCUGCCCUCCAGUGCAAGGGAGUGGUGGCCUUCUACUCGGCCAAGGAUAUC ......((((.(((.(((.........((...))((((.((.(((((((((((.....))))(((((.(((((.....))))).)))))..)))))))))...))))))))))))))... ( -42.60) >consensus AAUGCCGUCCAUUGUGCCUUUGUAACUGCAAAACGAGUGGGUGCCACCAUCGAGCAGAUUGAUCCUUCCGCUGCUCUUCAGUGCAAGGGAGUGGUGGCCUUCUAUUCGGCCAAGGAUAUC ......((((.(((.((((((((....)))))..(((((((.(((((((((((.....))))(((((.(((((.....)))))..))))).)))))))..)))))))))))))))))... (-37.48 = -38.16 + 0.68)
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