Locus 4208

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 11,354,255 – 11,354,481
Length 226
Max. P 0.963927
window6789 window6790 window6791 window6792

overview

Window 9

Location 11,354,255 – 11,354,365
Length 110
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.28
Mean single sequence MFE -44.78
Consensus MFE -36.56
Energy contribution -36.72
Covariance contribution 0.16
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.00
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 1.49
SVM RNA-class probability 0.958607
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11354255 110 + 27905053
ACUGCAAGGACGAAGGAGCAACGGAGAGCGAAAUCGUUGGCGCUGCCACCAGCUGCACCGCAGGAGUCUAGAGUCUAGACCUUGACGGCCACAUCGUCGUCCUUGUCGUU----------
((.((((((((((..(((((...(..((((....))))..)((((....))))))).(((((((.((((((...)))))))))).))).....)).)))))))))).)).---------- ( -43.70)
>DroSec_CAF1 101812 110 + 1
ACUGCAAGGACGAAGGAGCAACGGAGAGCGAAAUCCUGGGCGCUGCCACCAGCUGCACCACAGGAGUCUAGAGUCUAGACCUUGACGGCCACAUCGCCGUCCUUGUCGUU----------
((.((((((((...........(..(((.....(((((((.((.((.....)).)).)).)))))((((((...)))))))))..)(((......))))))))))).)).---------- ( -41.10)
>DroSim_CAF1 92588 110 + 1
ACUGCAAGGACGAAGCAGCGACGGAGAGCGAAAUCCUUGGCGCUGCCACCAGCUGCACCGCAGGAGUCUAGAGUCUAGACCUUGACGGCCACAUCGCCGUCCUUGUCGUU----------
((.(((((((((..(((((...((..((((..(....)..)))).))....))))).(((((((.((((((...)))))))))).))).........))))))))).)).---------- ( -47.00)
>DroEre_CAF1 89291 110 + 1
ACUGCAAGGACGAAGGACCAACGGAGUGCGAAUUCCUUGGCGCUGCCACCAGCUGCACCGCAGGAGUCUAGAGUCUAGACCUUGACGGCCACAUCGUCGUCCUUGUCGUU----------
((.((((((((((..((((((.(((((....))))))))).((((....))))....(((((((.((((((...)))))))))).))).....)).)))))))))).)).---------- ( -45.20)
>DroYak_CAF1 91793 120 + 1
ACUGCAAGGACGAAGGACCAGCGGAGAGCGAAAUCCUUGCCGCUGCCACCAGCUGCACCGCAGGAGUCUAGAGUCUAGACCUUGACGGCCACAUCGUCGUCCUUGUCGUUGUGGCGAUGG
.(..(((.(((.((((((((((((..((.(....)))..))))))............(((((((.((((((...)))))))))).)))..........))))))))).)))..)...... ( -46.90)
>consensus
ACUGCAAGGACGAAGGAGCAACGGAGAGCGAAAUCCUUGGCGCUGCCACCAGCUGCACCGCAGGAGUCUAGAGUCUAGACCUUGACGGCCACAUCGUCGUCCUUGUCGUU__________
((.(((((((((..(......).....((((........((((((....)))).)).(((((((.((((((...)))))))))).))).....))))))))))))).))........... (-36.56 = -36.72 +   0.16)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 0

Location 11,354,255 – 11,354,365
Length 110
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.28
Mean single sequence MFE -44.60
Consensus MFE -37.86
Energy contribution -38.10
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.56
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.90
SVM RNA-class probability 0.877798
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11354255 110 - 27905053
----------AACGACAAGGACGACGAUGUGGCCGUCAAGGUCUAGACUCUAGACUCCUGCGGUGCAGCUGGUGGCAGCGCCAACGAUUUCGCUCUCCGUUGCUCCUUCGUCCUUGCAGU
----------.((..(((((((((.(.....(((((...(((((((...)))))))...)))))(((((.((.((.((((..........)))))))))))))..).)))))))))..)) ( -42.30)
>DroSec_CAF1 101812 110 - 1
----------AACGACAAGGACGGCGAUGUGGCCGUCAAGGUCUAGACUCUAGACUCCUGUGGUGCAGCUGGUGGCAGCGCCCAGGAUUUCGCUCUCCGUUGCUCCUUCGUCCUUGCAGU
----------.((..((((((((((((((.(((.......((((((...))))))(((((.(((((.((.....)).))))))))))....)))...)))))).....))))))))..)) ( -45.60)
>DroSim_CAF1 92588 110 - 1
----------AACGACAAGGACGGCGAUGUGGCCGUCAAGGUCUAGACUCUAGACUCCUGCGGUGCAGCUGGUGGCAGCGCCAAGGAUUUCGCUCUCCGUCGCUGCUUCGUCCUUGCAGU
----------.((..(((((((((.......(((((...(((((((...)))))))...)))))((((((((((....))))).(((........)))...))))).)))))))))..)) ( -46.20)
>DroEre_CAF1 89291 110 - 1
----------AACGACAAGGACGACGAUGUGGCCGUCAAGGUCUAGACUCUAGACUCCUGCGGUGCAGCUGGUGGCAGCGCCAAGGAAUUCGCACUCCGUUGGUCCUUCGUCCUUGCAGU
----------.((..(((((((((.(.((((.((((...(((((((...)))))))...))))))))((((....))))((((((((........))).))))).).)))))))))..)) ( -43.30)
>DroYak_CAF1 91793 120 - 1
CCAUCGCCACAACGACAAGGACGACGAUGUGGCCGUCAAGGUCUAGACUCUAGACUCCUGCGGUGCAGCUGGUGGCAGCGGCAAGGAUUUCGCUCUCCGCUGGUCCUUCGUCCUUGCAGU
...........((..(((((((((.(.((((.((((...(((((((...)))))))...))))))))((..((((.(((((........)))))..))))..)).).)))))))))..)) ( -45.60)
>consensus
__________AACGACAAGGACGACGAUGUGGCCGUCAAGGUCUAGACUCUAGACUCCUGCGGUGCAGCUGGUGGCAGCGCCAAGGAUUUCGCUCUCCGUUGCUCCUUCGUCCUUGCAGU
...........((..(((((((((.(.....(((((...(((((((...)))))))...)))))(((((.((.((.((((..........)))))))))))))..).)))))))))..)) (-37.86 = -38.10 +   0.24)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 1

Location 11,354,365 – 11,354,481
Length 116
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 98.30
Mean single sequence MFE -42.30
Consensus MFE -42.10
Energy contribution -42.10
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.24
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 0.49
SVM RNA-class probability 0.755778
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11354365 116 + 27905053
----GGCGGUGUCGUCUCCGAUAAGCAUACGCCCUGUGGGCGCGCCAGAUAUUAUAAUACGUGGCCAUUAUCCCGGCUCUGCCGGCGAUAAAUCACACCGGGACAUCUUUGUGUGCCAGC
----((((.(((((....)))))......(((((...)))))))))...............((((..((((((((((...))))).)))))...((((..((....))..)))))))).. ( -41.70)
>DroSec_CAF1 101922 116 + 1
----GGCGGUGUCGACUCCGAUAAGCAUACGCCCUGUGGGCGCGCCAGAUAUUAUAAUACGUGGCCAUUAUCCCGGCUCUGCCGGCGAUAAAUCACACCGGGACAUCUUUGUGUGCCAGC
----((((.(((((....)))))......(((((...)))))))))...............((((..((((((((((...))))).)))))...((((..((....))..)))))))).. ( -42.20)
>DroSim_CAF1 92698 116 + 1
----GGCGGUGUCGACUCCGAUAAGCAUACGCCCUGUGGGCGCGCCAGAUAUUAUAAUACGUGGCCAUUAUCCCGGCUCUGCCGGCGAUAAAUCACACCGGGACAUCUUUGUGUGCCAGC
----((((.(((((....)))))......(((((...)))))))))...............((((..((((((((((...))))).)))))...((((..((....))..)))))))).. ( -42.20)
>DroEre_CAF1 89401 116 + 1
----GGCGGUGUCGACUCCGAUAAGCAUACGCCCUGUGGGCGCGCCAGAUAUUAUAAUACGUGGCCAUUAUCCCGGCUCUGCCGGCGAUAAAUCACACCGGGACAUCUUUGUGUGCCAGC
----((((.(((((....)))))......(((((...)))))))))...............((((..((((((((((...))))).)))))...((((..((....))..)))))))).. ( -42.20)
>DroYak_CAF1 91913 120 + 1
CGAUGGCGGUGUCGACUCCGAUAAGCAUACGCCCUGUGGGCGCGCCAGAUAUUAUAAUACGUGGCCAUUAUCCCGGCUCUGCCGGCGAUAAAUCACACCGGGACAUCUUUGUGUGCCAGC
...(((((.(((((....)))))......(((((...))))))))))..............((((..((((((((((...))))).)))))...((((..((....))..)))))))).. ( -43.20)
>consensus
____GGCGGUGUCGACUCCGAUAAGCAUACGCCCUGUGGGCGCGCCAGAUAUUAUAAUACGUGGCCAUUAUCCCGGCUCUGCCGGCGAUAAAUCACACCGGGACAUCUUUGUGUGCCAGC
....((((.(((((....)))))......(((((...)))))))))...............((((..((((((((((...))))).)))))...((((..((....))..)))))))).. (-42.10 = -42.10 +   0.00)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 2

Location 11,354,365 – 11,354,481
Length 116
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 98.30
Mean single sequence MFE -44.26
Consensus MFE -43.04
Energy contribution -43.24
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 1.56
SVM RNA-class probability 0.963927
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11354365 116 - 27905053
GCUGGCACACAAAGAUGUCCCGGUGUGAUUUAUCGCCGGCAGAGCCGGGAUAAUGGCCACGUAUUAUAAUAUCUGGCGCGCCCACAGGGCGUAUGCUUAUCGGAGACGACACCGCC----
((.((.(((......))).))(((((...(((((.(((((...))))))))))..((((.((((....)))).))))((((((...))))))........((....))))))))).---- ( -43.60)
>DroSec_CAF1 101922 116 - 1
GCUGGCACACAAAGAUGUCCCGGUGUGAUUUAUCGCCGGCAGAGCCGGGAUAAUGGCCACGUAUUAUAAUAUCUGGCGCGCCCACAGGGCGUAUGCUUAUCGGAGUCGACACCGCC----
((.((.(((......))).))((((((((((....(((((...)))))(((((..((((.((((....)))).))))((((((...))))))....))))).))))).))))))).---- ( -44.00)
>DroSim_CAF1 92698 116 - 1
GCUGGCACACAAAGAUGUCCCGGUGUGAUUUAUCGCCGGCAGAGCCGGGAUAAUGGCCACGUAUUAUAAUAUCUGGCGCGCCCACAGGGCGUAUGCUUAUCGGAGUCGACACCGCC----
((.((.(((......))).))((((((((((....(((((...)))))(((((..((((.((((....)))).))))((((((...))))))....))))).))))).))))))).---- ( -44.00)
>DroEre_CAF1 89401 116 - 1
GCUGGCACACAAAGAUGUCCCGGUGUGAUUUAUCGCCGGCAGAGCCGGGAUAAUGGCCACGUAUUAUAAUAUCUGGCGCGCCCACAGGGCGUAUGCUUAUCGGAGUCGACACCGCC----
((.((.(((......))).))((((((((((....(((((...)))))(((((..((((.((((....)))).))))((((((...))))))....))))).))))).))))))).---- ( -44.00)
>DroYak_CAF1 91913 120 - 1
GCUGGCACACAAAGAUGUCCCGGUGUGAUUUAUCGCCGGCAGAGCCGGGAUAAUGGCCACGUAUUAUAAUAUCUGGCGCGCCCACAGGGCGUAUGCUUAUCGGAGUCGACACCGCCAUCG
(.((((..(((....)))...((((((((((....(((((...)))))(((((..((((.((((....)))).))))((((((...))))))....))))).))))).))))))))).). ( -45.70)
>consensus
GCUGGCACACAAAGAUGUCCCGGUGUGAUUUAUCGCCGGCAGAGCCGGGAUAAUGGCCACGUAUUAUAAUAUCUGGCGCGCCCACAGGGCGUAUGCUUAUCGGAGUCGACACCGCC____
((.((.(((......))).))((((((((((....(((((...)))))(((((..((((.((((....)))).))))((((((...))))))....))))).))))).)))))))..... (-43.04 = -43.24 +   0.20)

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