Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,273,186 – 11,273,297 |
Length | 111 |
Max. P | 0.700126 |
Location | 11,273,186 – 11,273,297 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 74.29 |
Mean single sequence MFE | -53.08 |
Consensus MFE | -16.45 |
Energy contribution | -16.24 |
Covariance contribution | -0.22 |
Combinations/Pair | 1.43 |
Mean z-score | -2.31 |
Structure conservation index | 0.31 |
SVM decision value | 0.35 |
SVM RNA-class probability | 0.700126 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11273186 111 - 27905053 ACGCCCUGCGGCUCCAGUGGCCACUGGUGUCAGCGGGGCAAGUGUGUAUCCAACAAGCAUGGAUACGGACGCCAGGUGAACGGUGGAUGGGGACCAUGGACGCCAUUCACG ..((((((((((.(((((....))))).))).)))))))..((.((((((((.......)))))))).)).....(((((.((((.((((...))))...)))).))))). ( -53.70) >DroPse_CAF1 13563 111 - 1 ACGCCGUGCAACCAAAACCGACACUGGUGCCAAAAGGGCAAGUGCGUGCCCCGGAAGGGGGGCCAGCUGCGCAAGGUGAACGGCGGAUGGGGGCCUUGGACGGUGUUCACG .((((((...(((...((((....))))(((.....)))..((((((.((((....)))).)).....))))..)))..))))))..((((.(((......))).)))).. ( -47.70) >DroEre_CAF1 7087 111 - 1 ACGCCCUGCGGCACCAGCGGCCACUGGUGUCAGCGGGGCAGGUGUGUGUCCAACAUGCUCGGAUACGGACUGCAGGUGAACGGUGGAUGGGGACCCUGGACGCCCUUCACG ..(((((((((((((((......)))))))).))))))).(((.(((((((.........))))))).)))....(((((.((((..((((...))))..)))).))))). ( -56.90) >DroYak_CAF1 6870 111 - 1 ACGCCCUGCGGCUCCAGUGGCCACUGGUGUCAGAGGGGCAGGUGUGUGUCGAACAAGCACGGCUACGGACGCCAGGUGAACGGCGGAUGGGGACCCUGGACGCCGUUCACG ..(((((..(((.(((((....))))).)))...))))).(((((((((((........)))).))..)))))..((((((((((..((((...))))..)))))))))). ( -55.70) >DroAna_CAF1 7157 111 - 1 ACCCCCUGCGGUUACAGUGAUCACUGGUGCCUGAAGGGCCGAUGUGUGCCGCGCCAGGGAAGCAACCAGCCAAAGGUGAGCGGUGGCUGGGGCCCCUGGUCGGCAUUCACU ...((((..(((..((((....))))..)))...))))....((.((((((.(((((((..((..(((((((..(.....)..))))))).))))))))))))))).)).. ( -53.60) >DroPer_CAF1 13681 111 - 1 ACGCCGUGCAACCAAAACCGACACUGGUGCCAAAAGGGCAAGUGCGUGCCCCGGAAGGGGGGCCAGCUGCGCAAGGUGAACGGCGGAUGGGGGCCUUGGACGGUCUUCACG .((((((...(((...((((....))))(((.....)))..((((((.((((....)))).)).....))))..)))..))))))..((((((((......)))))))).. ( -50.90) >consensus ACGCCCUGCGGCUACAGCGGCCACUGGUGCCAGAAGGGCAAGUGUGUGCCCAACAAGCGCGGCUACCGACGCAAGGUGAACGGCGGAUGGGGACCCUGGACGCCAUUCACG ..((((((((.(.............).)))....)))))..(((((((.((.........)).)))..))))...(((((.(.((...((....))....)).).))))). (-16.45 = -16.24 + -0.22)
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