Locus 4122

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	11,243,104 – 11,243,212
Length	108
Max. P	0.993010

overview

Window 4

Location	11,243,104 – 11,243,212
Length	108
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.19
Mean single sequence MFE	-26.89
Consensus MFE	-20.42
Energy contribution	-20.59
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.40
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	0.71
SVM RNA-class probability	0.829763
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11243104 108 + 27905053
----CCGUUCAAUGUUGAGAUUUCUUUACCCAAACUCGUCAAAAUGGCUGUGAUAUGAUUG-UGA--AUACAUAAGUUCACAAACAUUUUAACGACAUGGUAUAAGAAAGAC-----GUG
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>DroVir_CAF1 2228 108 + 1
----GUGUGCUCUGUUGAGAUUUCUUUACCCAAACUCGUCAAAAUGGCUGUGAUAUGAUAU-AAA--AUACAUAAGGUCACAGGCAUUUUAACGACAUGGUAUAAGAAAAUU-----GCA
----.(((.(((....))).((((((((((.....((((.((((((.(((((((...((..-...--....))...))))))).)))))).))))...)))).))))))...-----))) ( -29.40)
>DroGri_CAF1 2338 113 + 1
----CUGUUUUCUGUUGACAUUUCUUUACCCAAACUCGUCAAAAUGGCUGUGAUAUGAUAU-AAA--AUACAUAAGGUCACAAGCAUUUUAACGACAUGGUAUAAGAAAGAAAGAAAGAA
----...((((((.......((((((((((.....((((.((((((..((((((...((..-...--....))...))))))..)))))).))))...)))).))))))...)))))).. ( -24.40)
>DroWil_CAF1 2426 115 + 1
UAGGAACUACAAUGUUGAGAUUUCUUUACCCAAACUCGUCAAAAUGGCUGUGAUAUGAAUAGAGACACAACAUAAAGUCACAAACAUUUUAACGACAUGGUAUAAGAAAGUU-----GCA
..(.((((.((....))....(((((((((.....((((.((((((..(((((((((.............)))...))))))..)))))).))))...)))).)))))))))-----.). ( -23.82)
>DroMoj_CAF1 2205 108 + 1
----GCGAGCUCUGUUGAGAUUUCUUUACCCAAACUCGUCAAAAUGGCUGUGAUAUGAUAG-UGA--AUACAUACGGUCACAGACAUUUUAACGACAUGGUAUAAGAAAAUU-----GCA
----((((.(((....))).((((((((((.....((((.((((((.(((((((...((.(-(..--..))))...))))))).)))))).))))...)))).)))))).))-----)). ( -31.80)
>DroAna_CAF1 2337 108 + 1
----GCGUCGAAUGGUGAGAUUUCUUUACCCAAACUCGUCAAAAUGGCUGUGAUAUGAUUG-CGAA-AUACAUAAGGUCACAAGCCUUUUAACGACAUGGUAUAAGAAAGAU-----GA-
----.((((...........((((((((((.....((((.((((.(((((((((((((((.-...)-)).)))...))))).)))))))).))))...)))).)))))))))-----).- ( -25.00)
>consensus
____GCGUGCAAUGUUGAGAUUUCUUUACCCAAACUCGUCAAAAUGGCUGUGAUAUGAUAG_AGA__AUACAUAAGGUCACAAACAUUUUAACGACAUGGUAUAAGAAAGAU_____GCA
....................((((((((((.....((((.((((((..(((((((((.............))))...)))))..)))))).))))...)))).))))))........... (-20.42 = -20.59 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	11,243,104 – 11,243,212
Length	108
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.19
Mean single sequence MFE	-29.21
Consensus MFE	-27.21
Energy contribution	-27.15
Covariance contribution	-0.06
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-3.41
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	2.37
SVM RNA-class probability	0.993010
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11243104 108 - 27905053
CAC-----GUCUUUCUUAUACCAUGUCGUUAAAAUGUUUGUGAACUUAUGUAU--UCA-CAAUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGGGUAAAGAAAUCUCAACAUUGAACGG----
..(-----((.((((((.((((...(((((((((((.((((((...((((...--...-....)))))))))).))))))))))).....))))))))))..(((....)))))).---- ( -28.50)
>DroVir_CAF1 2228 108 - 1
UGC-----AAUUUUCUUAUACCAUGUCGUUAAAAUGCCUGUGACCUUAUGUAU--UUU-AUAUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGGGUAAAGAAAUCUCAACAGAGCACAC----
(((-----...((((((.((((...(((((((((((.((((((...((((...--...-....)))))))))).))))))))))).....))))))))))(((....))))))...---- ( -31.90)
>DroGri_CAF1 2338 113 - 1
UUCUUUCUUUCUUUCUUAUACCAUGUCGUUAAAAUGCUUGUGACCUUAUGUAU--UUU-AUAUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGGGUAAAGAAAUGUCAACAGAAAACAG----
((((.......((((((.((((...(((((((((((.((((((...((((...--...-....)))))))))).))))))))))).....)))))))))).......)))).....---- ( -28.44)
>DroWil_CAF1 2426 115 - 1
UGC-----AACUUUCUUAUACCAUGUCGUUAAAAUGUUUGUGACUUUAUGUUGUGUCUCUAUUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGGGUAAAGAAAUCUCAACAUUGUAGUUCCUA
...-----...((((((.((((...(((((((((((.((((((...((((..(((....))).)))))))))).))))))))))).....)))))))))).................... ( -27.30)
>DroMoj_CAF1 2205 108 - 1
UGC-----AAUUUUCUUAUACCAUGUCGUUAAAAUGUCUGUGACCGUAUGUAU--UCA-CUAUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGGGUAAAGAAAUCUCAACAGAGCUCGC----
.((-----...((((((.((((...(((((((((((.((((((...((((...--...-....)))))))))).))))))))))).....)))))))))).(((....)))...))---- ( -31.20)
>DroAna_CAF1 2337 108 - 1
-UC-----AUCUUUCUUAUACCAUGUCGUUAAAAGGCUUGUGACCUUAUGUAU-UUCG-CAAUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGGGUAAAGAAAUCUCACCAUUCGACGC----
-..-----...((((((.((((...(((((((((((((.((((...((((.((-(...-.))))))))))))))).))))))))).....))))))))))................---- ( -27.90)
>consensus
UGC_____AACUUUCUUAUACCAUGUCGUUAAAAUGCUUGUGACCUUAUGUAU__UCU_CAAUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGGGUAAAGAAAUCUCAACAGAGAACGC____
...........((((((.((((...(((((((((((.((((((...((((.............)))))))))).))))))))))).....)))))))))).................... (-27.21 = -27.15 +  -0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

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