Locus 4118

Window 8

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11229688 108 + 27905053
AUGCGCA-CCAUUAUAGACAAAC---UGCAUUUACGCCCAAUAUUACGUAUACGCACCGAAGGCUUUGGCAAUGGCCACAUUGGCCAAAACCGCCACAAUUGGCACCACAAC
.((((((-...............---)))...((((..........))))...))).....((.((((((((((....)))).)))))).))((((....))))........ ( -24.06)
>DroSec_CAF1 943 101 + 1
--------UCCUUAUAGACAAAC---UGCACUUACGCCCUAUAUUACGUAUACGCACCGAAGGCUUUGGCAAUGGCCACAUUGGCCAAAACCGCCACAAUUGGCACCACAAC
--------...............---(((...((((..........))))...))).....((.((((((((((....)))).)))))).))((((....))))........ ( -23.40)
>DroSim_CAF1 2142 108 + 1
AUGCGCA-CCCUUAUAGACAAAC---UGCACUUACGCCCUAUAUUACGUAUACGCACCGAAGGCUUUGGCAAUGGCCACAUUGGCCAAAACCGCCACAAUUGGCACCACAAC
.((((((-...............---)))...((((..........))))...))).....((.((((((((((....)))).)))))).))((((....))))........ ( -24.06)
>DroEre_CAF1 945 108 + 1
AUGCCCA-UCAUUAUAGGCAGAC---UGCAUUCCCGCCUGAUAUUGCGUAUACGCACCGAAGGCUUUGGCAAUGGCCACAUUGGCCAGAACCGCCACAAUGGGCACCACAAC
.((((((-(.......(((....---.........((((.....((((....))))....))))...((...(((((.....)))))...)))))...)))))))....... ( -37.50)
>DroYak_CAF1 2215 108 + 1
AGGUUCA-CCAUUAUAGGCAGAC---UGCAUUUUCGUCUGAUAUCACGUAUACGCACCGAAGGCUUUGGCAAUGGCCACAUUGGCCAGAACCGCCACAAUGGGCACCACAAC
.(((.(.-(((((...(((....---(((.....(((........))).....))).....((.((((((((((....)))).)))))).)))))..)))))).)))..... ( -31.20)
>DroMoj_CAF1 916 109 + 1
AUACAUAUAUAUGAUGAGCAAAUCAGUUCAAU-UGCUC--UUAUUACGUAUACGCACCGAAGGCCUUGGCAAUGGCCACAUUCGCCAGGACGGCCACAAUAGGCACCAGAAU
.....((((..((((((((((..........)-)))))--..))))..)))).((......(((((((((((((....)))).)))))...)))).......))........ ( -26.82)
>consensus
AUGCGCA_CCAUUAUAGACAAAC___UGCAUUUACGCCCGAUAUUACGUAUACGCACCGAAGGCUUUGGCAAUGGCCACAUUGGCCAAAACCGCCACAAUUGGCACCACAAC
.............................................................((.((((((((((....)))).)))))).))(((......)))........ (-18.48 = -18.12 +  -0.36) 

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Window 9

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>3R_DroMel_CAF1 11229688 108 - 27905053
GUUGUGGUGCCAAUUGUGGCGGUUUUGGCCAAUGUGGCCAUUGCCAAAGCCUUCGGUGCGUAUACGUAAUAUUGGGCGUAAAUGCA---GUUUGUCUAUAAUGG-UGCGCAU
...((((..(((.((((((((((..(((((.....)))))..))).(((((....)(((((.(((((........))))).)))))---))))).)))))))))-..).))) ( -40.20)
>DroSec_CAF1 943 101 - 1
GUUGUGGUGCCAAUUGUGGCGGUUUUGGCCAAUGUGGCCAUUGCCAAAGCCUUCGGUGCGUAUACGUAAUAUAGGGCGUAAGUGCA---GUUUGUCUAUAAGGA--------
.((((((.((.((((((.(((((..(((((.....)))))..)))...(((((...((((....))))....)))))))....)))---))).))))))))...-------- ( -35.60)
>DroSim_CAF1 2142 108 - 1
GUUGUGGUGCCAAUUGUGGCGGUUUUGGCCAAUGUGGCCAUUGCCAAAGCCUUCGGUGCGUAUACGUAAUAUAGGGCGUAAGUGCA---GUUUGUCUAUAAGGG-UGCGCAU
........((((....))))(((..(((((.....)))))..)))...(((((...((((....))))....)))))....(((((---.(((.......))).-))))).. ( -39.30)
>DroEre_CAF1 945 108 - 1
GUUGUGGUGCCCAUUGUGGCGGUUCUGGCCAAUGUGGCCAUUGCCAAAGCCUUCGGUGCGUAUACGCAAUAUCAGGCGGGAAUGCA---GUCUGCCUAUAAUGA-UGGGCAU
......((((((((..(((((((..(((((.....)))))..)))...))).....((((....)))).....(((((((......---.)))))))...)..)-))))))) ( -45.20)
>DroYak_CAF1 2215 108 - 1
GUUGUGGUGCCCAUUGUGGCGGUUCUGGCCAAUGUGGCCAUUGCCAAAGCCUUCGGUGCGUAUACGUGAUAUCAGACGAAAAUGCA---GUCUGCCUAUAAUGG-UGAACCU
.....(((.((((((((((((((..(((((.....)))))..)))...(((....).))..............((((.........---))))))).)))))))-.).))). ( -38.10)
>DroMoj_CAF1 916 109 - 1
AUUCUGGUGCCUAUUGUGGCCGUCCUGGCGAAUGUGGCCAUUGCCAAGGCCUUCGGUGCGUAUACGUAAUAA--GAGCA-AUUGAACUGAUUUGCUCAUCAUAUAUAUGUAU
......(..((......((((....((((.((((....)))))))).))))...))..)..((((((((((.--(((((-(..........))))))....))).))))))) ( -29.80)
>consensus
GUUGUGGUGCCAAUUGUGGCGGUUCUGGCCAAUGUGGCCAUUGCCAAAGCCUUCGGUGCGUAUACGUAAUAUAGGGCGUAAAUGCA___GUUUGCCUAUAAUGG_UGCGCAU
(((((((.(((......)))(((..(((((.....)))))..)))...((((....((((....)))).....))))..................))))))).......... (-25.85 = -26.72 +   0.86) 

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